納豆好吃的常見吃法有兩種，分別是拌納豆和納豆飯團。
1、拌納豆
將納豆放入壹個小碗中，在其中加入壹小勺醬油，少量的芥末，再加入少許的切好的蔥花，然後使勁的攪拌，不停的攪拌，直到基本上沒有分離的納豆存在，使全部納豆都混合在壹起，看起來黏乎乎的，並且能夠用筷子拉出長長的絲就說明攪拌完成了，將攪拌好的納豆放在盛好的米飯上，搭配著日常食用的小菜或者日本人常喝的味增湯來吃，是壹頓很美味的菜肴。
2、納豆飯團
做納豆飯團首先註意要用剛剛蒸好的米飯，趁熱多多攪拌壹下來增加米飯的粘性，等到稍微不那麽燙手的時候取出適量大小，用手捏出壹個餅狀，將納豆放在中心包起來，捏成三角形或者任意形狀，在吃的時候可以用海苔片包住，或者放入烤箱中稍微烤制壹下就可以食用了。
納豆飯團中的納豆不需要攪拌，否則攪拌成十分粘稠的狀態，就很難用米飯包好，會發現全部都是納豆分離所拉出來的絲。
納豆的制作方式
傳統制法將蒸熟的黃豆用稻草包裹起來，稻草浸泡在100度的沸水中以殺菌消毒，並保持在攝氏40度放置壹日，稻草上常見的枯草桿菌（納豆菌）因可產生芽孢而耐熱度高，殺菌過程不受破壞，高溫培養速度快也能抑制其他菌種，並使黃豆發酵後產生黏稠的絲狀物，這種黏稠外觀主要來自成分中的谷氨酸，被認為是納豆美味的來源。
二十世紀後期高品質稻草取得不易，多已改用保麗龍或紙制容器盛裝販售，因此現代的制作方式，是利用蒸過的黃豆加上人工培養出的納豆菌混合後，直接放在容器中使之發酵，黃豆以外之某些食品亦能制成納豆。