1、單純性膿腫的治療可在截石位或側臥下，用局麻或腰麻，在膿腫部位做放射狀切口，放出膿液後，伸入食指探查膿腔大小，分開其間隔。必要時將切口邊緣皮膚切開少許，以利引流，最後用凡士林紗條放入膿腔做引流。
2、膿腔與肛瘺相通的膿腫可在切開膿腫後，用探針仔細檢查內口，然後切開瘺管，適當切除皮膚和皮下組織，內口周圍組織也稍加切除，使引流通暢。如內口較深，瘺管通過肛管括約肌，可采用掛線療法。以上手術優點是膿腫壹期治愈，不再形成肛瘺。但在急性炎癥中，找內口有困難時，不應盲目尋找，以免炎癥蔓延或形成假道，僅做切開排膿，待形成肛瘺後，再做肛瘺手術。二期手術優點是效果準確，治愈率高。