可以應用中醫中藥治療肛瘺，減輕患者的癥狀，但是不能夠治好此病。通過藥物可以控制感染，控制病情的發展，但不能徹底的治愈，可以口服壹些中藥進行調理，應用托裏消毒散起到托裏透毒的作用，口服青蒿鱉甲湯起到養陰清熱的作用。還可以應用壹些中成藥物，比如補中益氣丸，增強機體的免疫力，提高機體的抗病能力。
如果肛瘺瘺管感染，還應當積極的給予西藥治療，可以應用針對革蘭(-)菌的抗生素和廣譜抗生素。還可以應用壹些中藥坐浴或熏洗，可以起到軟堅散結、消腫止痛的作用，常用的中藥有五倍子湯或止痛如神湯。
以上方案僅供參考，具體藥品使用請結合自身情況在專業醫生指導下用藥