2009 年對自然災害 20 年的研究工作和成果做了總結，撰寫了 《中國自然災害綜合研究的進展》［146］壹書，關於自然災害綜合研究的概況，該書在緒論中寫到:
“隨著國際減災十年活動的進程，自然災害綜合研究工作大體分三個階段進行:
第壹階段 1990 年以前，重點是進行災害自然屬性，即自然災變的研究，主要是收集、統計自然災變事件、災變強度、頻次、研究自然災變的空間分布與發展規律，並進行災變時、空、強的預測研究 。
第二階段 1990 年以後，對災害雙重屬性進行了全面的研究，重點是進行自然災度的研究，除繼續災害自然屬性的研究外，加強了災變對社會的影響研究，包括人口傷亡、經濟損失等; 重視了災害損失的時空分布規律和大災、巨災區的分布; 同時開展了減災能力的初步調查和統計; 開始重視自然災害對社會與環境的影響和人類社會活動及環境變化對災害和減災的互饋影響，相繼開展了減災與發展、企業減災、城市減災、區域減災工作。
第三階段 1995 年以後，重點是進行社會承災體受災程度和承災能力的研究，在對災害自然與社會雙重屬性研究的基礎上，以自然災變、社會承災體易損性、減災能力三大因素的現狀與發展為基因，開展了未來災害風險的預測研究和評估; 並在此基礎上，從定性到定量化的研究了自然災害對人類、社會、經濟、環境和可持續發展可能造成的影響和社會對災害的可接受能力，進而制定了壹系列災害防禦、災害應急規劃和計劃，推動了減災社會化與產業化的發展。
在此期間，完成了 13 項科技攻關項目，為國家、部門、地方、企業編寫了 33 份規劃、計劃、設計，編著 ( 含合著) 了 30余本專著和 100 余篇論文、編制各種全國性災害與減災區劃圖壹百多張，籌建了自然災害綜合數據庫，為建立災害科學體系和災害數字化地圖提供了基礎。獲國家科技進步二等獎和其他獎項。
……
1. 自然災情調查與綜合研究
1989 年開始，三委自然災害綜合研究組對我國地震、氣象、洪水、海洋、地質、農、林等七大類 35 種自然災害的概況、特點、規律及發展趨勢進行了綜合性的全面調研。1994 年建立了自然災害綜合信息系統。在對自然災害分布規律、成災規律和減災對策綜合研究的基礎上，1995 年編寫並出版了 《中國重大自然災害及減災對策 ( 總論) 》［72］、 《中國重大自然災害及減災對策 ( 分論) 》、《中國重大自然災害及減災對策 ( 年表) 》和七類災害的全國分布圖。
基於自然災害對社會危害情況的調查、分析和評價，2000年出版了 《災害 社會 減災 發展———中國百年自然災害態勢與 21 世紀減災策略分析》［105］; 2003 年編制了 《中國重大自然災害與社會圖集》［121］，以圖文並茂的形式系統反映了災情與災害對社會的影響及系統的減災對策。
2. 減災能力調查與評估
1989 年開始對我國各類自然災害的減災能力現狀進行了初步調研，2000 年對我國區域減災能力進行了宏觀評估，2005 年首次對我國減災基礎能力、監測預警能力、防災抗災能力、救災重建能力進行了調查與綜合評價，編寫了 《中國基礎減災能力區域分析》［128］、 《中國洪水災後重建問題和需求及對策》［103］、《自然災害評估》［135］等論著。依據區域減災基礎能力與受災程度、減災有效度、災害深度的對比對區域減災基礎能力增長需求度進行了分析與分級評估。
3. 自然災害區域危險性、危害性、風險性分析
從 1991 年開始，在對我國單類與綜合自然災害的強度、頻次、受災體易損性調查分析和預測的基礎上，對我國自然災害區域危險性 、危害性、風險性進行了多次量化研究，1994 年首次編制了中國地震、氣象、洪澇、地質災害等單類與綜合的災變區劃圖、災度區劃圖和風險區劃圖等系列區劃圖 41 幅，編寫了“中國自然災害區劃與保險區劃”［98］研究報告和 《中國自然災害區劃工作進展》［94］專著。2005 年在新編中國災害災變區劃圖、災度區劃圖、風險區劃圖的基礎上，編寫了 《中國 21 世紀初期自然災害態勢分析》［120］、 《中國自然災害風險與區域安全性分析》［127］等論著。
依據區域自然災害損失程度、區域自然災害深度、區域相對減災基礎能力、區域不可接受影響程度等，對我國區域安全性進行了評價，劃分了不同等級的風險區，圈定了對社會危害可能特別嚴重的巨災風險區。
4. 人口—資源—環境—災害互饋系統問題綜合研究
近年來，環境問題引起了世界各國的高度重視。1992 年馬宗晉、高慶華發表了 《論人口—資源—環境—災害惡性循環的嚴重性與減災工作的新階段》［64］，對黃河和長江洪災、華北地面沈降、沙漠化等面臨的嚴峻形勢提出了 “黃牌警告”。2001 年撰寫了 《環境·災害與地學》［109］、《論土地資源與地質災害的雙重屬性與發展態勢》［110］、《社會可持續發展人類自身的覺醒》［114］、《關註人口 資源 環境與自然災害》［108］等文章和專著 《自然災害與全球變化》［122］，進壹步闡述了自然變化和人類活動對自然災害的雙重影響，討論了太陽活動、地殼運動和全球變暖等因素的致災作用。提出了綜合減災要與人口政策、資源開發、經濟發展、環境保護統籌兼顧的對策意見。2006 年面對幹旱可能引起的災害和環境問題，調查並編寫了 《中國的幹旱化、荒漠化、水資源危機和藏水北調問題》( 資料摘要)［130］，指出幹旱化將是最大的災害影響，並提出了對策性建議，上報中央，受到重視。
5. 自然災害綜合預報探索
在自然災害調研過程中逐步認識到各種自然災害都不是孤立的，彼此往往形成災害鏈、災害群，構成自然災害系統。自然災害系統是地球表層系統的壹部分，其規律服從地球系統的發展演化規律和全球變化，並受著太陽及其他天體活動的影響和制約和人為因素的影響。
這壹系統性的認識，從理論上推動了單類與綜合的災害預報向深層次發展。從 1991 年開始，在國家科委國家計委國家經貿委領導下，連續開展了三個年度的自然災害發展趨勢綜合會商，除了為國家提供了年度自然災害發展趨勢總況外，也為中國可持續發展態勢分析提供了依據。根據全球變化和自然災害的發展趨勢的研究，在論著和報刊上多次指出幹旱是對我國危害最大、不良影響最深遠的自然災害，並圈定了未來旱災風險區。
6. 研究並提出與推動減災系統工程
1991 年馬宗晉高慶華***同撰寫了 《減輕自然災害系統工程初議》［50］，提出減輕自然災害是壹項包括監測、預報、防災、抗災、救災、重建等各種措施的系統工程。之後相繼提出建立全國立體監測系統和災害信息***享系統; 進行自然災害形成機制的綜合研究和綜合預報的探索及綜合減災的理論方法研究; 國家、城市、企業綜合減災系統工程的設計; 災後重建需求和對策的綜合研究; 城市和地區災害應急方案的制訂和組織; 災情統計標準、災害等級劃分標準; 災害評估模式; 災害保險; 災害管理等問題的廣泛研究; 開展了示範區研究，在社會上引起了強烈的***鳴。根據取得的成果，撰寫與編著了 《中國減災社會化的探索與推動》［83］、 《1998 年長江大洪災的反思和 21 世紀減災對策》［93］、《中國自然災害區劃研究進展》［94］、 《中國洪水災後重建問題和需求及對策》［103］、 《中國 21 世紀初期自然災害態勢分析》［120］、《中國自然災害風險與區域安全性分析》［127］、 《中國重大自然災害與社會圖集》［121］、 《中國區域減災基礎能力初步分析》［128］、《中國減災需求與綜合減災》［136］、 《自然災害系統與減災系統工程》［137］等論著和大量相關論文。
減災系統工程的理念目前已為我國減災各界廣泛接受，並已體現在減災規劃和減災活動中。
7. 建立了自然災情評估統計標準體系
1991 年提出 《關於建立自然災害評估系統的總體構思》［52］，1996 年在國家經貿委領導下，會同 20 個部局，全面調查研究了各部局、各災類災情調查統計的現狀，在統籌兼顧的原則下制定了統壹的災情評估統計標準體系和指標。編寫了 《我國部門災情統計標準化現狀調查》、 《自然災害災情統計標準化調查研究報告》和專著 《自然災害災情統計標準化研究》［86］。
提出的綜合意見已為相關部門和國家經貿委接受，並呈報國務院。在此基礎上已開始制定自然災情統計國家標準。
8. 進行了自然災害與可持續發展關系的研究
1990 年開始，提出並推動了減災與發展、城市減災、企業減災、區域減災及減災社會化與產業化，深入研究了自然災害對社會發展的影響，在自然災害對社會可持續發展影響程度研究的基礎上，完成了 《災害、社會、減災、發展》［105］、《減輕地質災害與可持續發展》［104］、《可持續發展與減災》［126］等論著、研究報告和 《關註人口、資源和自然災害》［108］、 《經濟發展與減災》［118］等論文。參與了中國 21 世紀議程管理中心主編的 《中國21 世紀議程》、 《中國可持續發展態勢分析》 和 《可持續發展:人類關懷未來》等專著的編寫。
在對經濟發展與自然災害雙向調研的基礎上，進行了各省( 市、自治區) 社會可持續發展綜合能力與自然災害影響程度綜合分類，編制了自然災害對區域經濟可持續發展影響程度圖。1999 年馬宗晉、高慶華呈報了關於開展 “國家安全保障體系建設重大科學技術問題和社會突發性災難應急管理系統示範研究”的建議，2001 年發表了 《建立社會安全保障體系，保障社會可持續發展》［115］、《初議防疫-減災綜合體制》〔124〕等論文。
9. 開展了國際災害與減災科學交流
關於自然災害綜合研究的主要成果和創新點，該書緒論中繼續寫到:
1. 提出了 ‘自然災害雙重屬性’ 的新觀念，奠定了災害社會屬性和災害科學研究的理論基礎
認為自然災害具有自然與社會雙重屬性，這就打破了單純‘天災’的概念，推動了成災過程的社會性分析，認識了人口—資源—環境—災害的互饋關系，打開了社會化減災的廣闊道路，改變了從事自然災害研究者只重視災害自然屬性研究的傳統觀念和範疇，開拓了自然災害理論研究的新領域。在自然科學與社會科學***同支撐下，初建了災害科學體系框架，撰寫了其中約 30部災害科學系列論著。
根據自然災害的自然屬性，認識了自然災變與地球表層系統和與全球變化的關系，為自然災害綜合預報提供了理論基礎; 根據災害對社會影響和社會的減災需求，在分析 ‘災害—社會—減災—發展’辯證關系的基礎上，提出了 21 世紀初的減災綜合策略，認為減少人為致災因素，轉移和保護受災體是最經濟、最有成效的減災措施; 提出社會經濟發展、環境建設、防災減災是壹項系統工程，需要統籌兼顧的策略及減災社會化、產業化。提出的加強社會減災的多方對策建議，已在管理部門領導層和成災工作人員與群眾中產生了深遠影響。
2. 界定了自然災變與自然災害的科學含義
自然災變屬於自然變異，只有自然變異對人類社會造成損失時，才稱為自然災害。從而根據成災機理提出了消滅或削弱災害源; 削弱或分流災害載體; 轉移或保護受災體的減災原則。
同時提出自然災害和減災辯證法的論點，認為自然災害既有弊也有利，減災活動既可減輕災害，也可致災; 任何減災措施既有利，也有弊。指出了 ‘興利除害’、‘避害趨利’、‘化害為利’‘害中求利’‘權衡利弊’、‘求大利棄小害’的辯證減災思想。
上述減災原則和減災指導思想已滲透到社會減災活動中，據此已為國家、地方、企業編寫規劃、計劃十多份。
3. 將系統科學引入災害科學研究
通過對各類自然災害的綜合研究，發現許多自然災害不是孤立的，往往構成災害鏈、災害群、災害系統; 減輕自然災害需要多部門的協作和多種措施的聯合運用，從而提出了自然災害系統和減災系統工程的新觀念。並於 1991 年出版的 《中國減災重大問題研究》壹書中，為我國自然災害研究和減災提出了具有導向意義的總體藍圖 ( 現在的實踐檢閱，當初提出的大部分意見是正確的) 。
基於以上理念，提出了自然災害綜合調研和綜合預報的意見，在國家科委、國家計委、國家經貿委和國家地震局、國家氣象局、國家海洋局、水利部、地礦部、農業部、林業部等部門的***同支持下，對我國地震、氣象、海洋、地質、洪澇、農、林等七大類自然災害進行了聯合調查研究，了解了我國災情總況; 聯合舉辦了三次自然災害綜合會商，推動了省市自然災害綜合預報工作的進展，為綜合減災提供了依據。
首次提出並逐步完善了減災系統工程的框架設計，提高了減災工作的系統性、完整性和可操作性，已成為統壹全國綜合減災工作布置的基礎模式，該系統包括: 監測、預報、評估、防災、抗災、救災、重建、保險、立法-教育、規劃-指揮等十個子系統，設計中明確了各系統的內涵、工作屬性和子系統之間相約互饋關系。這個包容不同成災工作領域和工作層次，按災前、災時、災後和平時展開的減災系統工作模式，已為單災類減災工作管理，各級政府的多災類減災工作綜合管理和減災規劃的制定，提供了重要的設計基礎，目前已被廣泛采納、參考，各省 ( 市、自治區)和國家級減災管理部門已制定了相應的減災工作設計，在減災工作思想和減災行動的全國統壹性方面，起到了規範性的作用。
4. 建立了自然災害研究的工作系列和模式
提出並實施了自然災害研究六部曲，即災情綜合調查、災害危險性分析、災害危害性分析、災害風險性分析、社會減災能力分析和社會減災需求度分析。
在調查研究和資料綜合的基礎上，參與並統編了中國自然災害史，編創了中國歷史時期自然災害分布圖和 3000 多年來的災害發展態勢圖; 全面調查與反映了近 50 年來我國各類自然災害的災情; 總結了我國百年 ( 20 世紀) 自然災害態勢，從災害雙重屬性角度，闡述了 2l 世紀初中國自然災害的發展趨勢。
研究深度已從單純災害分布規律研究，發展到對災害危險性和危害性的定量評價，基本查清了我國災情的發展變化及其對我國社會可持續發展的影響的嚴重性，提出分災種的危害性評價:旱災的危害最為深遠; 洪災的損失最大、最頻繁; 地震的死人最多，影響社會安全最重; 海洋災害增長最快; 地質災害的增長與人類活動及建設的非規範發展關系密切; 農林病蟲害中大災有再度復發之勢。
在 GIS 支持下首次 編制全國性包括氣象、洪澇、地震、地質、海洋、農業、森林等多災種的各類災害系列區劃圖約 100 余幅，標示了我國重點災害危險區、危害區、巨災風險區和災害保險分區，指出了減災重點區域。
研究了自然災害對區域可持續發展影響度，將減災納入可持續發展戰略研究範疇，成為制定減災規劃的基礎。在此基礎上提出了各災種的減災對策，已引起國家有關部門和省、市與公眾的廣泛關註。”