1、燃料電池的動態響應速度較傳統柴油機更慢，在緊急加速或極端天氣的情況下，響應速度慢的問題或將影響船舶行駛的安全性。
2、燃料電池發動機壽命較短，在國際上燃料電池的壽命普遍不超過5000小時，與實際應用仍有壹定差距。