科學與宗教在本質上是對立的。科學不承認任何超自然的力量，反對用超自然的原因和力量去證明任何自然現象及其發展過程。宗教就其本質而言就是對超自然力量的崇拜，相信超自然的上帝和神靈主宰世界。宗教的本質決定它否認客觀存在的必然性和規律。對超自然力量的肯定和否定，決定了宗教與科學在本質上的對立是不可調合的。在認識方法上，宗教與科學也是根本不同的。自然科學從物質的各種實在形式和運動形式出發，去認識事物的各種聯系並盡可能地用經驗去證明。宗教認識其信仰對象的基本方法是信仰主義，依靠超經驗、超理性的啟示或神秘主義的直覺。在社會作用方面，宗教與科學也是大相徑庭的。科學技術的發展造成巨大的社會生產力，從而推動社會的發展。馬克思主義把科學看作是最高意義的革命力量。雖然宗教在特定的歷史條件下也通過宗教運動對社會發展起過特殊的推動作用，但壹般說來，宗教在歷史發展中是壹種保守的因素。因為宗教往往把現存的社會制度當成神意的體現，看成神聖不可侵犯的東西。
歷史上，科學在每壹領域取得的任何重大成就，都意味著在這個領域內自然規律的發現和對超自然力量的否定，意味著把神秘的作用和無知的影響從這個領域中清除出去。17世紀以來，近代實驗科學所開始的從自然界各個領域中清除上帝主宰作用的進程勢不可擋。從17世紀到19世紀，由笛卡爾、康德、拉普拉斯、達爾文所代表的進化理論在天體物理學、地質學和生物學中取得了重大成就，形成了與上帝創世信仰直接對抗的天體演化說、地質發展觀和生物進化論。19世紀以來，自然科學的重大發展導致對自然規律更完善的表述。如現代物理學為經典力學、相對論和量子力學找到了它們各自適用的條件和範圍，把研究高速運動的相對論，研究常規運動的經典力學和研究微觀世界的量子力學有機地統壹起來，進壹步證明了神學世界觀的臆測成分。自然規律的新發現，自然科學的新進展，總是必然地導致對宗教神學的進壹步認識。