傳統藥曲的制作流程：
中草藥粉 米粉 水陳酒藥→拌料→打實 切塊→陳曲接種 滾角→入匾保溫保濕培養，換匾，並匾→曬幹。
中草藥的配方各地各人各異，少則10多種多則數十種。下面以福建寧德地區傳統方法制作的福建藥曲為例做介紹：
福建藥曲由36味中藥配成--當歸，升麻，山奈，川椒，甘松，肉桂，杜仲，黃芪，枝子，薄荷，良姜，陳皮，小回，京介，甘竹，甘草，益智，巴戟天等等。
材料：36味中草藥磨成粉，當年早秈谷磨成粉，白觀音土，泉水，陳母曲。
藥粉，谷粉，觀音土，水在大木桶裏混合攪拌均勻
揉壓緊實成形，切成小塊（或用木模）
拌入陳曲粉滾動，讓陳曲粉均勻粘在曲塊上，過篩篩去粉末，粉末並入下次使用 擺上竹匾，放入密閉的曲房中，多層保溫保濕培養3天，待曲塊表面長滿白色菌絲，逐步開窗透氣，在培養2天，待菌絲逐漸長透曲塊後，便可出曲
日曬，壹次曬幹，保存，藥曲因曲力強勁，新做的藥曲性子太急，得靜養半月後方可釀酒，陳1年效果更佳
<<北山酒經>>；中則記載了壹種人工接種的方式，即：團成餅子，以舊曲末逐個為衣。也就是說把新制成的曲團在陳曲粉末上滾動壹下， 陳曲末便粘在新曲團的表面，陳曲末中有大量的根黴孢子，可以在曲團上迅速繁殖，形成生長優勢。由於可以人為地選擇質量較好的陳曲作為曲種，這就可以擇優汰劣。通過年復壹年的人工選育，自然淘汰，質量優越的曲種（實際上是微生物菌種）就保留下來了。而天然接種的酒曲，酒曲中微生物的來源主要是水源，原料本身所帶入，或者制曲場所及用具。性能優良的菌種無法代代相傳，酒質也就無法恒定。
明清時期，小曲中加入種類繁多的中草藥，成為這壹時期的特點。明《天工開物》中說：其入諸般君臣與草藥，少者數味，多者百味，則各土各法，亦不可殫述。這種傳統做法壹直延續至現代。周恒剛先生在1964 年搜集的四川邛崍的藥曲配方中，有壹例，其配方中用藥達72味，合計50多公斤，可配1460公斤的原料（《糖化曲》，1964年，中國財經出版社）。但小曲也有少加甚至不加藥的。如明代的東陽酒曲中只加辣蓼。寧波白藥也是如此。故明代以來，小曲向藥曲和無藥曲兩個方向發展。