菏澤牡丹屬中原牡丹種群，花色豐富多彩，花型千變萬化。2012年菏澤牡丹已經發展為花色有粉色、紅色（含紫紅色）、紫色、藍色、黃色、白色、黑色、綠色、復色總九大色系，各色系有深、淡、濃之分。根據花朵形態和雌雄進化程度，分為單瓣型、荷花型、菊花型、托桂型、薔薇型、金環型、皇冠型、繡球型、幹臺閣型、樓子閣型***十個花型。
菏澤牡丹有1100多個品種，各色系的菏澤牡丹都有名貴品種，如“掌花案”花開似火，紅光燦，為紅色之魁；“酒醉楊妃”紅裝素裹，低頭掩面，暗送秋波；“梨花雪”開若梨花，雪白壹片，稱白中之冠；“昆山夜光”花開奇白，黑夜依然，古謂之“燈籠”；“姚黃”金樓千層，世稱花王；“青龍臥墨池”如龍臥墨，黑中之奇；“冠世墨玉”黑紫如緞，潔而有光；“藍繡球”開如繡球，藍色之冠；“趙粉”粉面桃花迎人笑，郁郁芳香飄四野；“粉二喬”粉紫同株，雙嬌可愛；“魏紫”色紫淺淡多嬌艷，古老品種稱“花妃”；“嬌容三變”初開時碧綠，盛開時紅艷，將謝時素白，十日三變，堪稱奇品……菏澤也是中國最大的牡丹生產、科研、觀賞基地，牡丹的種植面積、科研培植、觀賞出口當稱世界之最。
在中國牡丹的大家族裏，菏澤牡丹現有近800個品種，經全國花協命名的600多個品種。傳統上分三類、十型和九大色系。花大、型美、色艷，是菏澤牡丹的顯著特點。古人曾用“花在盈尺”，形容其大；“千片赤英霞爛爛，百枝絳點燈煌煌”描述其形貌瑰麗。
菏澤牡丹的三類是單瓣、復瓣、千瓣。單瓣類，花大如盤；復瓣類，瓣在清晰；千瓣類，花瓣重疊繁密。
菏澤牡丹的十型是荷花型、菊花型、金蕊型、薔薇型、金環型、托桂型、千層臺閣型、樓子臺閣型、皇冠型和繡球型。
菏澤牡丹的九大色系是紅、白、黃、黑、粉、紫、藍、綠和復色。1、紅色花系，是牡丹園的大家族，品種多達200余個，其中還有深淺之分。如“壹品朱衣”，猩紅欲流，芳冠百花；“春紅嬌艷”，朝霞藏日，光彩陸離；“紅繡球”，深淺相間，胭脂染成。
2、黃色花系，如“姚黃”、“金玉交章”，端莊典雅，姿貌絕倫。
3、白色花系如“冰壺獻玉”、“昆山夜光”、“玉板白”等素潔無暇，清爽襲人
4、藍色花系雖不如紅色品種多。但卻也姐妹成群。“藍寶石”、“藍花魁”、“紫藍葵”、“吊枝藍”、“冷光藍”、“藍田玉”，都是牡丹之中的上品，這“藍田玉”就是清代曹州花農趙玉田精心培育而成的。此花支形增開張，花蕾圓大，花開時呈淺粉藍色，花朵直上，藍光閃閃，非常惹人喜愛。當時，曹州知府馬幫舉對此花大加贊賞，曾親筆題寫“似蘭如松”匾牌授予了趙玉田。
5、粉色花系也是牡丹園裏壹大分支。“粉彩球”、“粉容面”、“粉翠球”、“賽鬥珠”、“翠娥嬌”、“青龍臥粉池”，這些都是牡丹花中名品。再如“趙粉”，稍彎曲的枝桿，粗壯的花梗，黃綠色的葉面，圓尖型的花蕾，側開、大型的花朵，細膩整齊的花瓣，發出陣出清香，分外誘人。
6、紫色花系在菏澤牡丹品種繁多，除魏紫外，還有“葛巾紫”、“紫金盤”、“紫霞點金”、“邦寧紫”等。“邦寧紫”，就是明代曹州花農趙邦寧多年心血的結晶。7、綠色、黑色和復色花系，如“蘭綠”“冠世墨玉”“二喬”等，更是色奇出眾，別有千秋。
各色都數十個或上百個品種，可謂千姿百態，各俱風韻。