藏醫有壹套完整的理論體系，幼地指導著臨床的醫療實踐。藏醫的基本理論包括三因學說、人體類型學說、人體解剖及生理、病因學說、疾病分類等內容。 三因指隆、赤巴、培根(音譯)。藏醫認為這三者是構成人體的基本要素，各有其生理機能。在正常情況下，它們保持著協調和相對的平衡狀態，維持著人體的健康,而當其中某壹成分因故偏盛或偏衰時,人體則陷於病態。三者各司其職。
隆 意為風，主呼吸。分成五種：①維命隆。位於頭頂部，運行於胸、咽、喉部，司飲食吞咽、呼吸、分泌唾液，使記憶力增強，五官清明。②上行隆。位於胸部，運行於鼻、舌、喉等處。其作用是潤澤膚色，使發音清晰，精神振奮。③遍行隆。位於心臟，遍行全身各個部位，使四肢能舉動，行走屈伸自如，口鼻開合靈活，並司理語言和思維。④等火隆。位於胃脘部，運行於內臟器官。作用是消化食物,把食物分解為精華和糟粕,使血液生成。⑤下泄隆。 位於肛門，運行於大腸、 膀胱、陰部及大腿內側。它管理男性精液、女性月經及大小便的排泄、產婦的分娩等。
赤巴 意為火，主身體之熱能。分成五種：①能消赤巴。存在於胃腸。能把食物分解成精華和糟粕，增加身體的熱力，並協助其他四種赤巴保持正常的機能。②變色赤巴。存在於肝臟。 其功能主要是使血液、 膽汁、肌肉和骨骼等保持自己的顏色。③能作赤巴。存在於心臟。它支配意識，使人有膽識謀略，使人驕傲並產生欲望。④能視赤巴。位於眼部。使人眼能視物，主司人的視覺，並使人能辨別客觀世界的各種顏色。⑤明色赤巴。存在於皮膚。使人的皮膚色澤鮮明而潤澤。
培根 意為水和土，主體液。分成五種：①能依培根。存在於胸中，是最重要的壹種。能協調使其他四種培根保持正常，調節全身水分，使其保持適量。②能化培根。存在胃之上部，食物未經消化的部位。主司食物磨碎和腐熟。③能味培根。存在於舌部。主司人的味覺。④能足培根。存在於頭部。主司眼睛等器官的發育，也使人的欲望滿足和知足。⑤能合培根。存在於所有關節處。其作用為主司骨與骨之間相互聯接，使之能屈伸自如。
隆、赤巴、培根三者的關系是互相依存、互相制約、互享調以維持人體的正常機能，使其成為整體。例如，對食物的正常消化、吸收，分清糟粕和精華，需要有能化培根、能消赤巴和等火隆三者***同完成，如果三者不協調，消化吸收就會受阻，以致引發疾病。 藏醫把人體按隆、赤巴、培根分成三種類型。隆有粗、輕、寒、微、硬、動六種特性，隆型人體型幹瘦、背曲、面色偏青灰、多話、不耐寒、睡眠不踏實、 體格矮小、喜唱歌與嬉笑、 喜爭論、嗜甜酸苦辣味和具有老鷹、烏鴉、狐貍般的性格。赤巴有膩、銳、熱、輕、臭、瀉、濕七種特性。赤巴型的人體型高、多汗、身有臭味、易渴不耐饑、頭發及膚色偏黃，聰明而驕傲；嗜甜苦澀涼味和具有猴子、老虎般的性格。培根有膩、涼、重、鈍、穩、柔、粘等七種特性。培根型的人較肥胖、肌肉豐滿、膚色偏白、體型端直、耐饑渴和煩惱、嗜睡眠、嗜酸澀辣等，其性情善良，具有獅子般的性格。
淤人屬混合型， 有兩種類型的混合性格。 如隆、赤巴混合型者身體較小,培根、隆混合型者身體中等,培根、赤巴混合型者身體高大，其性格、行為、嗜好等則兼有兩者之特點。判定人的類型，與用藥治病的關系極為密切。 由於民族習慣及民俗關系，藏醫對於人體解剖及生理有比較深入的了解。在內臟構造方面，也認為有五臟：肝、 心、脾、肺、 腎；六腑：膽、小腸、大腸、膀胱、胃和“三木休”（類似中醫的“三焦”）。而且對骨骼關節、腦髓神經等，都有壹定的認識。對於胚胎學的認識，在世界醫學史上也占有壹定地位。例如藏醫典籍中已認識到，人胚是由父精與母血所結合，逐漸發育而成的。胎兒從母體吸收營養，猶如水庫通過水渠（臍帶）向莊稼（胎兒）灌溉壹樣。在發育過程中，胎兒不斷發生變化，並且要順序經歷與魚、龜、豬相似的幾個時期。這些認識基本與現代研究結果相吻合。
藏醫還認為人體是由七種物質構成的：即精微（來自食物）、血液、肌肉、脂肪、骨骼、骨髓和精液。這七種物質在體內有各自的功能，如精微是人體的營養物；血液維持生命，肉保護內臟，骨是支持全身的框架，髓則可變為精液，精是生殖繁衍不可缺少的物質。除這七種物質外，人體還有汗、尿、糞三種排泄物。
藏醫認為，人體內的三大因素，七種物質、三種排泄物等，在正常情況下都有壹定的量，互相之間保持協調，壹旦這種協調關系受到破壞，發生偏盛或偏衰，都會導致疾病。 診斷方法包括望診、問診和觸診(脈診)。
望診 內容較廣，如觀察病人的神情、氣色、動作、喘息等，但其重點主要是舌診和尿診。舌診觀察舌質的老嫩肥瘦和色澤，舌苔的有無、厚薄和質地等。尿診則是具有藏醫特色的診斷方法之壹，其觀察的內容包括尿量、尿色、尿的沈澱物、氣味、泡沫的有無與性質、尿中的漂浮物、蒸氣逸出情況。通過尿診，即能提出疾病的診斷，並判斷其預後。
問診 與壹般醫學體系的問診基本壹致，包括的內容也較多，如問現在病證的起因經過，發病緩急，病程變化，環境及氣候因素,飲食起居，用藥及治療情況,家庭病史等。
脈診 藏醫的脈診與漢族醫學的脈診相似。切脈的部位在腕部橈動脈， 用三個指頭按住寸、 甘、恰三個部位,分別診候心臟和小腸、 脾和胃、腎和“三木休”（左手），肺和大腸、肝和膽、腎和膀胱（右手）等臟器的狀態。藏醫認為心脈與舌相聯系，肺脈與鼻相聯系，肝脈與兩目相聯系，脾脈與口唇相聯系，腎脈與兩耳相聯系。當某壹臟腑有病時，其相應的五官也會有病態出現：如心脈有病，則舌縮語艱；肺脈有病，則鼻翼下陷；肝脈有病,則兩目上吊；脾脈有病,則口唇下垂；腎脈有病則兩耳失聰或耳輪枯槁。藏醫能區別20多種脈象，但其中較常見的12種脈象，對於鑒別病證的寒熱，關系重大，而藏醫壹般辨證也總是著重辨別病證的寒熱。例如，熱證脈多數、 洪、大、 弦、滑、硬；寒證脈多沈、遲、弱、細、浮、虛。藏醫對診脈的要求也較嚴格，認為清晨剛睡醒，晨曦微露的時刻，所得脈象最能反映人體真實情況。認為醫生壹呼壹吸之間脈跳 5次為正常；而每次診脈，至少應達 100次，才能判斷節律的均勻、快慢。診脈還應區別四季的不同，因為脈象在不同季節有相應的變化。此外，藏醫還運用五行生克學說來解釋脈象。 藏醫治療疾病有多種方法，其中以飲食療法和藥物療法最為常用。
飲食療法 對患者應吃哪些食物、忌食哪些食物，都有嚴格規定。四季飲食也有所不同。例如，患赤巴病，可食野牛肉、魚、羊肉、蜂蜜；春季宜食苦辛澀三種味的食物,如陳青稞、幹燥地區的畜肉、蜂蜜、開水、姜湯等食物。又如隆病宜食大蔥、大蒜、羊肉、馬肉、驢肉、紅糖、陳酥油、黑芝麻油、熱糌粑、白酒、牦牛奶等。
藥物療法 分內服、外用兩種。藏醫認為，藥物有六味、八性、十七效的區別。六味即甘酸苦辛鹹澀；八性為輕、 重、寒、 熱、銳、鈍、潤、燥；十七效為寒、熱、溫、涼、 穩、動、輕、 重、潤、幹、燥、稀、鈍、銳、細、膩、軟。治病時，需針對疾病的特性采用藥效相對的藥物。如隆病的特性為粗、輕、硬、動，治療宜用細、重、軟、穩等藥效的藥物。
除了飲食療法、藥物療法外，藏醫還有許多其他療法，包括用器械外治、放血療法、艾灸療法、拔罐療法等多種外治療法。此外，藏醫還十分重視起居生活與各種療法互相配合。 根據藥物的自然來源，藏醫把藥物分成珍寶類、礦物類、植物類、動物類等。每壹類又分若幹小類，如植物類分樹類、濕生草類、旱生草類等，其中樹類又分果實、花、樹葉、樹幹、樹枝、樹皮、樹脂等類。動物類更細分成角、 眼、舌、齒、 喉頭、心、肺、肝、膽、脾、腎、胃、腸、生殖器、骨、骨髓、腦、脂、血、肉、皮、毛、 翎毛、爪蹄、胃糜、糞、!便、奶、昆蟲、頭、蛋等。藏醫所用藥物中，礦物藥和動物藥占相當大的比例，這是與藏族的生活習俗和自然環境相適應的。
五行 五行與藥味關系密切。藏藥的五行是土水火風空，其中的土為生長藥物之本源，水是供應藥物生長汁液的，火提供藥物生長的熱能，風或氣為藥物運行之動力，空提供藥物生長的空間。五行必須協調，藥物的性質才能正常，如果土水偏盛，則藥物味甘；火土偏盛，則藥物味酸；水土偏盛，則藥物味辛；土風偏盛，則藥物味澀。
劑型 湯劑、丸劑、膏劑、散劑等等，就其作用和給藥途徑而言，分為清熱、 解毒、吐劑、 瀉劑、灌腸、外塗、外敷等。由於自然條件所限,藏醫較少用湯劑,而多用丸劑。丸劑的種類除水丸、蜜丸外，還有特殊的酥油丸。
藏藥中還有不少常用的藥物組合，在臨證實踐中經常同時合用，如三果（訶子、毛訶子、余甘子）、三涼（石膏、紅花、丁香）、三熱(肉豆蔻、益智仁、草果)、四賢味（草果、肉桂、益智仁、木棉花絲）等。從這些組合中，也可以看出藏醫的組方用藥原則，如所謂三涼藥中，有壹味屬熱性，而所謂三熱藥中，有壹味屬涼性。 西藏是壹個政教合壹的社會，藏傳佛教的教義滲透到社會生活的每壹個角落。藏醫從其奠基時期開始，就與佛學結下了不解之緣。佛教的宗旨是慈悲為懷、普渡眾生。從某些意義上說，這個宗旨與藏醫的目標是***同的。比如，佛教的教規有五戒、六戒等教戒。要求醫生“持戒”，即不殺生、 不飲酒、 不邪淫、不妄語。要求對病人應不分貴賤，把六方世俗的眾生壹律“視為自己的父母”，甚至要醫者“以德報怨”，對病人不計較個人恩仇，要有高尚的思想。對於醫療技術，則要精益求精，既精通醫學理論，又精通各科知識和技術，包括手術、外治、診斷、食療、調理、針灸、藥理，等等。還要有不怕汙穢的精神，特別指出對病人的膿血、糞便等排泄物，不嫌臟怕汙。只有這樣，才可以算得上是壹個醫德高尚的、技術超群的好醫生。
藏醫的醫德規範，早在《四部醫典》中就專辟壹章
“治者醫生”加以論述。這完全可以與世界幾個著名的早期醫德規範， 即古希臘醫學希波克拉底的 《誓言》(公元前5世紀)、漢族醫學孫思邈的《大醫精誠》（7世紀）、阿拉伯醫學麥蒙尼德斯的《禱文》（13世紀）相媲美。
藏醫作為壹種科學文化遺產，在現實生活中，可以發揮它不可估量的作用。它不僅為青藏高原的各族人民，為中華民族健康長壽服務，同樣也為世界各國人民的健康服務。藏醫作為壹種自然療法，具有很大的優點，為現代醫學提供不少新思路、新思想和新方法。