但兩者也存在關鍵的差異。傳統的認知研究方法偏重於建立壹個理論模型，然後通過調查、實驗等方式驗證其存在的合理性。而認知神經科學的研究方法更強調通過尋找解剖學原理，驗證某壹認知心理的客觀存在機制，不再壹味停留於假想的模型中。
總之，認知心理學的傳統研究方法和認知神經科學研究方法既有***同點，也有顯著的差異。兩者都在努力揭示認知現象的本質，從不同的角度為認知科學研究做出了貢獻。