關於茯苓餅的制食法，早在800年前的南宋《儒門事親》中就有記載：“茯苓四兩，白面二兩，水調作餅，以黃蠟煎熟。”不過這種蠟煎的餅並不好吃。待到了清初，有人提出“糕貴乎松，餅利於薄”的主張，於是，後來的餅就越來越薄。
乾隆時山東孔繁臺家制的餅“薄若蟬翼，柔膩絕倫”。還有“秦人制小錫罐裝餅30張，叫做‘西餅’”也是很薄的。繼而，人們又不滿足於其淡而無味，隨後便加了用多種果仁、桂花和蜂蜜調制的甜餡，即用兩張餅合起來，中間夾餡的茯苓餅。這種茯苓既桂香濃郁，又營養豐富，且有安神益脾等滋補之功。
相傳，有壹次慈禧太後得了病，不思飲食，廚師們絞盡腦汁，選來幾味健脾開胃的中藥，發現其中產於雲貴壹帶的茯苓，味甘性平，且有益脾安神、利水滲濕的功效。於是，以松仁、桃仁、桂花、蜜糖為主要原料，配以適量茯苓粉，再用上等澱粉攤烙成外皮，精工細作制成夾心薄餅。慈禧吃後，很滿意，並常以此餅賞賜宮中大臣。因此，茯苓餅更加身價百倍，成了當時宮廷中的名點。後來這種餅傳入民間，成為京華風味小吃。
現今北京的茯苓餅，就是繼承了由清宮禦膳房流傳下來的傳統制法，並經在用料和加工上不斷改進而制作出來的。那每張極薄的餅皮，宛如餡料的包裝紙，且餅皮外表的模印圖案清晰，精美別致，更富有藝術性。因而，以其質佳味美，馳名全國。