元朝亡時被攜往北方，明軍多次出兵亦無法取回。自此明、清兩朝即大量制作玉璽以減輕傳國玉璽的重要性。
清朝仿明制，大量制作帝王用璽以沖淡無傳國玉璽之虛。清朝玉璽使用滿漢雙文篆書樣，左滿文，右漢文。清***制二十五方玉璽稱清二十五寶。
亦有聞傳國玉璽蒙元北遁時攜走，明末清初時多爾袞領兵在青海地區決戰北元時亦有得傳國玉璽，但無確實史料可證。
清二十五寶
二十五方玉璽作用，材制多樣以玉制交龍紐為多，其它有金銀還有壹方木制玉璽。
大清受命之寶：《交泰殿寶譜》以章皇序之用，白玉質，盤龍紐，昭告天下天子登基用璽。
皇帝奉天之寶：《交泰殿寶譜》以章奉若，碧玉質，盤龍紐。
大清嗣天子寶：《交泰殿寶譜》以章繼繩，金制，絞龍紐，冊立太子用。
皇帝之寶二方：皇帝日常用璽，壹玉制，壹木制，玉質為絞龍紐，木質蹲龍紐。
天子之寶：《交泰殿寶譜》祭祀百神之用，白玉質，交龍紐，祭祀用璽。
皇帝尊親之寶：《交泰殿寶譜》用寶太後，太皇太後及上尊謚、廟號之用，白玉質，交龍紐，祭祀用璽。
皇帝親親之寶：《交泰殿寶譜》以展宗盟之用，白玉質，交龍紐，祭祀用璽。
皇帝行寶：《交泰殿寶譜》以頒錫賚之用，碧玉質，交龍紐。
皇帝信寶：《交泰殿寶譜》以征戎武之用，白玉質，交龍紐。
天子行寶：《交泰殿寶譜》以冊外蠻，碧玉質，蹲龍紐，冊封藩國外夷之用。
天子信寶：《交泰殿寶譜》以命殊方之用，青玉質，交龍紐。
敬天勤民之寶：《交泰殿寶譜》以殤勤吏之用，白玉質，交龍紐，嘉賞官吏之用。
制誥之寶：《交泰殿寶譜》以諭臣僚之用，青玉質，交龍紐。
敕命之寶：《交泰殿寶譜》以鈐誥敕之用，碧玉質，交龍紐。
垂訓之寶：《交泰殿寶譜》以揚國憲之用，碧玉質，交龍紐，頒行法令用璽。
命德之寶：《交泰殿寶譜》以獎忠良之用，青玉質，交龍紐。
欽文之璽：《交泰殿寶譜》以重文教之用，墨玉質，交龍紐。
表章經史之寶：《交泰殿寶譜》以崇古訓之用，碧玉質，交龍紐。
巡狩天下之寶：《交泰殿寶譜》以從省方之用，青玉質，交龍紐。
討罪安民之寶：《交泰殿寶譜》以張戎伐之用，青玉質，交龍紐。
制馭六師之寶：《交泰殿寶譜》以整戎行之用，青玉質，交龍紐。
敕正萬邦之寶：《交泰殿寶譜》以誥外國之用，青玉質，交龍紐。
敕正萬民之寶：《交泰殿寶譜》以誥四方之用，青玉質，盤龍紐。
廣運之寶：《交泰殿寶譜》以謹封識之用，墨玉質，交龍紐。
此外還有壹枚太上皇帝之寶
清高宗乾隆帝在登基60年後傳帝位於嘉慶帝，自居太上皇公文諭令行“太上皇帝之寶”。
太上皇帝之寶：碧玉質，交龍紐。四壁刻有乾隆禦題詩。存於雕雲龍紋紫檀匣中。
凡三品堂上官任免諸事皆由太上皇決斷，用璽太上皇帝之寶。 另外清史稿·誌七十九》載：清初設禦寶於交泰殿，立尚寶司。其後以內監典守，當用則內閣請而用之。乾隆十壹年，考定寶譜，藏之交泰殿者二十有五，藏之盛京者十。交泰殿所藏：曰“大清受命之寶”，以章皇序。白玉，方四寸四分，厚壹寸。盤龍紐，高二寸。曰“皇帝奉天之寶”，以章奉若。碧玉，方四寸四分，厚壹寸壹分。盤龍紐，高三寸五分。曰“大清嗣天子寶”，以章繼繩。金，方二寸四分，厚八分。交龍紐，高壹寸七分。曰“皇帝之寶”，以布詔赦。青玉，方三寸九分，厚壹寸。交龍紐，高二寸壹分。曰“皇帝之寶”，以肅法駕。栴檀香木，方四寸八分，厚壹寸八分。盤龍紐，高三寸五分。曰“天子之寶”，以祀百神。白玉，方二寸四分，厚八分。交龍紐，高壹寸三分。曰“皇帝尊親之寶”，以薦徽號。白玉，方二寸壹分，厚七分。盤龍紐，高壹寸三分。曰“皇帝親親之寶”，以展宗盟。白玉，方二寸二分，厚壹寸二分。交龍紐，高壹寸二分。曰“皇帝行寶”，以頒賜賚。碧玉，方四寸八分，厚壹寸九分。蹲龍紐，高二寸五分。曰“皇帝信寶”，以徵戎伍。白玉，方三寸三分，厚六分。交龍紐，高壹寸六分。曰“天子行寶”，以冊外蠻。碧玉，方四寸八分，厚壹寸九分。蹲龍紐，高二寸三分。曰“天子信寶”，以命殊方。青玉，方三寸八分，厚壹寸三分。交龍紐，高壹寸七分。曰“敬天勤民之寶”，以飭覲吏。白玉，方三寸壹分，厚壹寸五分。交龍紐，高壹寸七分。曰“制誥之寶”，以諭臣僚。青玉，方四寸，厚二寸。交龍紐，高二寸七分。曰“敕命之寶”，以鈐誥敕。碧玉，方三寸五分，厚壹寸三分。交龍紐，高壹寸八分。曰“垂訓之寶”，以揚國憲。碧玉，方四寸，厚壹寸五分。交龍紐，高二寸。曰“命德之寶”，以獎忠良。青玉，方四寸，厚壹寸四分。交龍紐，高二寸壹分。曰“欽文之璽”，以重文教。墨玉，方三寸六分，厚壹寸五分。交龍紐，高壹寸六分。曰“表章經史之寶”，以崇古訓。碧玉，方四寸七分，厚二寸壹分。交龍紐，高二寸二分。曰“巡狩天下之寶”，以從省方。青玉，方四寸七分，厚二寸。交龍紐，高二寸五分。曰“討罪安民之寶”，以張征伐。青玉，方四寸八分，厚二寸。交龍紐，高二寸五分。曰“制馭六師之寶”，以整戎行。墨玉，方五寸三分，厚壹寸四分。交龍紐，高二寸二分。曰“敕正萬邦之寶”，以誥外國。青玉，方三寸八分，厚壹寸五分。盤龍紐，高二寸三分。曰“敕正萬民之寶”，以誥四方。青玉，方四寸壹分，厚壹寸五分。交龍紐，高二寸。曰“廣運之寶”，以謹封識。墨玉，方六寸，厚二寸壹分。交龍紐，高二寸。
盛京所藏：曰“大清受命之寶”，碧玉，方四寸八分，厚壹寸九分。蹲龍紐，高二寸四分。曰“皇帝之寶”，青玉，方四寸八分，厚壹寸九分。交龍紐，高二寸七分。曰“皇帝之寶”，碧玉，方五寸，厚壹寸八分。盤龍紐，高三寸。曰“皇帝之寶”，栴檀香木，方三寸八分，厚六分。素龍紐，高五分。曰“奉天之寶”，金，方三寸七分，厚九分。交龍紐，高二寸。曰“天子之寶”，金，方三寸七分，厚九分。交龍紐，高二寸。曰“奉天法祖親賢愛民”，碧玉，方四寸九分，厚壹寸五分。交龍紐，高二寸。曰“丹符出驗四方”，青玉，方四寸七分，厚二寸。交龍紐，高二寸二分。曰“敕命之寶”，青玉，方三寸七分，厚壹寸八分。交龍紐，高二寸五分。曰“廣運之寶”，金，方二寸四分，厚八分。交龍紐，高壹寸五分。
高宗禦制國朝傳寶記曰：“國朝受天命，采古制為璽。掌以宮殿監正，襲以重盝，承以魨幾，設交泰殿中，以次左右列，當用則內閣請而用之。其質有玉、有金、有栴檀木。玉之品有白、有青、有碧。紐有交龍、有盤龍、有蹲龍。其文自太宗文皇帝以前，專用國書，既乃兼用古篆。其大小自方六寸至二寸壹分不壹。嘗考大清會典，載禦寶二十有九，今交泰殿所貯三十有九。會典又雲：‘宮內收貯者六，內庫收貯者二十有三。’今則皆貯交泰殿，數與地皆失實。至謂‘皇帝奉天之寶’即傳國璽，兩郊大祀及聖節宮中告天青詞用之，此語尤誕謬。大祀遵古禮，用祝版署名而不用寶。聖節宮中未嘗有告天事，或道 箓祝厘，時壹行之，亦不過偶存其教耳，未嘗命文人為青詞，亦未嘗用寶。且此璽孰非世之傳守，而專以壹寶為傳國璽，亦不經。蓋緣修會典諸臣無宿學卓識，復未嘗請旨取裁，僅沿明時內監所書冊檔，承譌襲謬，遂至於此。甚矣紀載之難也。且會典所不載者，復有‘受命於天既壽永昌’壹璽，不知何時附藏殿內，反置之正中。按其詞雖類古所傳秦璽，而篆文拙俗，非李斯蟲鳥之舊明甚。獨玉質瑩潔如截肪，方得黍尺四寸四分，厚得方之三。以為良玉不易得則信矣，若論寶，無論非秦璽，即真秦璽，亦何足貴！乾隆三年，高斌督河時奏進屬員浚寶應河所得玉璽，古澤可愛，又與輟耕錄載蔡仲平本頗合。朕謂此好事者仿刻所為，貯之別殿，視為玩好舊器而已。夫秦璽煨燼，古人論之詳矣。即使尚存，政、斯之物，何得與本朝傳寶同貯？於義未當。又雍正年故大學士高其位進未刻碧玉寶，壹文未刻，未成為寶，而與諸寶同貯，亦未當。朕嘗論之，君人者在德不在寶。寶雖重，壹器耳。明等威、徵信守，與車旗章服何異？德之不足，則山河之險，土宇之富，拱手而授之他人，未有徒恃此區區尺璧，足以自固者。誠能勤修令德，系屬人心，則言傳號渙，萬裏奔走，珍非和璧，制不龍螭，篆不斯籀，孰敢不敬信承奉，尊為神明。故寶器非寶，寶於有德。古有得前代符寶，君臣動色矜耀，侈為瑞貺者。我太宗文皇帝時，獲蒙古所傳元帝國寶，容而納之，初不藉以為受命之符。由今思之，文皇帝之臣服函夏，垂統萬世，在德耶？在寶耶？不待智者而知之矣。善夫唐梁肅之言曰：‘鼎之輕重，璽之去來，視德之高下，位之安危。’然則人君承祖宗付畀，思以永膺斯寶，引而勿替，其非什襲固守之謂。謂夫日新厥德，居安慮危，凝受皇天大寶命，則德足重寶，而寶以愈重。璽玉自古無定數，今交泰殿所貯，歷年既久，紀載失真，且有重衤復者。爰加考正排次，定為二十有五，以符天數。並著成譜，而序其大恉如此。”又盛京尊藏寶譜序曰：“乾隆十壹年春，閱交泰殿所貯諸寶，既詳定位置，為文記之。其應別貯者，分別收貯。至其文或衤復見，及國初行用者，為數凡十。雖不同現用之寶，而未可與古玩並列。因念盛京為國家發祥地，祖宗神爽，實所式憑。朕既重繕列祖實錄，尊藏鳳凰樓上，覲揚光烈，傳示無疆。想當開天之始，凝受帝命，寶符煥發，六服承式，璠?興孚尹，手澤存焉。記不雲乎，‘陳其宗器’，弘璧琬琰，陳之西序，崇世守也。爰奉此十寶，賫送盛京，鐍而藏之，而著其緣起如此。”
乾隆十三年九月，改鐫禦寶，始用清篆文，左為清篆，右為漢篆。高宗禦題交泰殿寶譜序後曰：“寶譜成於乾隆十壹年丙寅，越三年戊辰，始指授儒臣為清文各篆體書。因思向之國寶，官印，漢文用篆書，而清文則用本字者，以國書篆體未備也。今既定為篆法，當施之寶印，以昭畫壹。按譜內青玉‘皇帝之寶’，本清字篆文，傳自太宗文皇帝時，自是而上四寶，均先代相承，傳為世守者，不敢輕易。其檀香‘皇帝之寶’以下二十有壹，則朝儀綸綍所常用，宜從新制。因敕所司壹律改鐫，與漢篆文相配，並記之寶譜序後雲。”
乾隆四十五年八月，高宗七旬聖壽，用杜甫句刻“古稀天子之寶”，並禦制古稀說，兼系以詩。四十六年正月，用乾清宮西暖閣貯“敬天勤民寶”之例，貯“古稀天子之寶”於東暖閣。