南京市博物館是壹座綜合性歷史藝術類博物館，是南京市市立博物館，國家重點博物館之壹，是江蘇省、南京市愛國主義教育基地。她的前身是建國初期成立的南京市文物保管委員會，1978年南京市博物館正式掛牌。南京市博物館擔負著南京地區的地下遺址和古墓葬的考古發掘調查，文物的保護、藏品的征集與保管，以豐富的文物、文獻資料及研究成果為基礎，展示南京在中國各個歷史發展階段的發展的軌跡，重點展示南京古都歷史文化的成就。
館址位於市中心的朝天宮，這是江南最大的古建築群，是江蘇省重點文物保護單位之壹。
南京市博物館有壹支專業考古隊伍，負責南京地區的地下墓葬和遺址的考古發掘和調查工作。大量的田野考古收獲，為研究南京地區的歷史文化軌跡提供了豐富的資料。湯山南京直立人化石地點的考古發掘，出土了距今35萬年的南京猿人頭骨化石和壹大批動物化石，這是在南京地區發現的最早的人類遺跡。該項考古被評為1994年全國十大考古發現，"九五"期間全國十大考古發現。《南京人化石地點》考古報告被評為"第二屆夏鼐考古學成果獎"二等獎，"江蘇省第二屆文博學術論著獎"特別獎。南京象山等地壹批六朝家族墓地的考古發掘，獲得了六朝家族，特別是王氏、謝氏、李氏、高氏家族的墓葬規制與習俗的珍貴資料，被評為1998年全國十大考古發現。高淳薛城遺址的發掘，出土了大批的新石器時代文物，其中彩陶、玉器極為珍貴，是繼南京北陰陽營遺址發現後，南京又壹處新石器時代聚落遺址，被評為1997年全國十大考古發現提名獎。此外南京市博物館的考古集中在南京地區的史前考古、六朝考古、明代考古等方面，收獲豐碩。湯泉牛頭崗古文化遺址的考古發掘、六朝建康城遺跡考古、六朝帝王陵寢考古調查、明故宮遺址考古調查、明代龍江船廠遺址考古調查，都是考古研究工作的重要課題。
南京市博物館有十萬件文物收藏，上溯遠古，下迄民國，藏品內涵豐富，具有很高的歷史、藝術和科學價值，是南京歷史的見證。保管部承擔了國家文物的收藏保管工作，並對藏品進行研究。在館藏文物中，南京人頭骨化石、青釉羽人紋盤口壺、青瓷蓮花尊、王、謝家族墓誌、青花蕭何追韓信梅瓶、鑲金托雲龍紋玉帶、漁翁嬉荷琥珀杯等壹批文物蜚聲中外，是個歷史時期的文物精粹的典型代表。在藏品研究方面，已出版了《六朝風采》、《金與玉》、《南京市博物館藏印選》、《明代官服首飾》等，藏品介紹在《南京文物精華》、《南京文化誌》、《南京文物誌》、《江蘇省文物誌》等書中都有壹定的篇幅。豐富的館藏是博物館業務工作的基礎。
陳列展覽是博物館的重要窗口，近年來，南京市博物館定位於展示古都南京歷史文化上，根據館藏文物的特點，結合歷史文獻，舉辦了《六朝風采》、《明都南京》兩個展示南京古都歷史文化的基本陳列，其中《六朝風采》被評為"全國首屆十大精品陳列"。為更好的合理利用文物，發揮館藏文物的優勢，還舉辦了《民國文物》、《六朝墓誌》、《古硯》、《古玩》等專題性展覽，給觀更多的集中觀賞的機會。此外，引進國外的文物藝術品展覽，展示異域優秀文化，舉辦了《意大利貝利尼博物館藏文藝復興時期作品展》、《公元15-16世紀佛羅倫薩貴族服飾展》。館藏文物多次遠涉重洋，在美國、德國、英國、日本、韓國、新加坡等國展出，引起各地觀眾的極大興趣。
宣傳教育工作具有特色，有壹支用中、英兩種語言的講解員隊伍，在國家、省市講解員比賽中多次獲獎。有壹套中、英、日文語音講解系統，可以滿足國內外觀眾的講解需要。還有壹支大學生義務講解員隊伍，在節假日做好參觀引導及講解服務。與60多所學校***建了教育基地、實習基地，廣泛開展社會活動，每年的夏令營更是吸引了很多學生參加。
朝天宮古玩是南京市博物館管理的民間收藏品交易市場，開辦以來受到中外古玩收藏者的青睞，規模和影響越來越大，已成為以南京為核心的南北民間收藏品交易集散地，為國內十大民間收藏品交易市場之壹。每到節假日人頭攢動，場面火爆。市場監管部在朝天宮古玩的管理上不斷加大力度，嚴格執行政策，規範市場，合法交易，策劃活動，辦出了特色。
保衛科但負責朝天宮古建築群和博物館的安全保衛工作，按照國家壹級風險防範的標準做好工作，確保文物和館舍安全。
辦公室是全館的中心樞紐，擔負著全館工作協調、往來接待、後勤保障、人事財務文檔管理、基建、綠化、經營等工作。
華夏文化交流中心，擔負著中外書畫藝術界人士的藝術交流工作，以書畫為友，切磋技藝，傳承優秀傳統書畫藝術。
利用朝天宮古建築群特有的古文化氛圍，讓人們理解讀南京城市歷史發展的進程，領略南京古都文化的精髓，欣賞南京歷史文明的寶藏，是南京市博物館多年努力的結果，朝天宮這顆被譽為金陵歷史文化的明珠在現代都市中閃爍著璀璨的光輝，吸引著海內外無數的尋訪者.