相傳，清水祖師於宋仁宗李青四年正月初六，出生於福建永春縣小谷鄉。陳英自幼在大雲院出家。因為他無法忍受寺廟的濫用，他去高泰山建立了壹個修道院，並關閉了他的大門。在得到大景山禪師宋明的指導後，他苦讀佛經三年，終於悟道了。禪師宋明賜他壹件法衣，告誡他:“我佛最大的功德是慈悲為懷，所以舍諸業障，利益世人，是我的本分。”於是陳英在麻章給藥，救貧救病，麻章人尊稱他為“麻章大師”。
宋神宗元豐六年，清溪永春(福建安溪)發生大旱。村民們請他祈雨，雨馬上就下了，因此他被尊稱為“清水祖師”。清溪人在蓬萊山上建了精舍，並邀請麻章的人來此居住，稱之為“清水嚴”。麻章大師在此修行19年，自籌資金，造橋鋪路，方便大家。漳州和汀州的人都很相信他。宋徽宗靖國九年五月十三日，他在壹次布道中去世，享年六十五歲。當地百姓對他的德行心存感激，上報朝廷，賜“趙瑛大師”稱號。
據臺灣省三峽祠堂記載，清水正孝是北宋京都開封府祥符縣(今河南開封)人。他曾跟隨宋朝宰相文天祥，英勇抵抗元兵，轉戰大江南北。他是壹位抗元救宋的民族英雄。清水祖師隱居於福建清水巖。死後，明太祖銘記他對國家的貢獻，封他為“護國公”，並下令在福建安溪縣清水巖修建祠堂。因此，福建省安溪縣稱他為“太爺”，他的廟被稱為“祖廟”。
閩南民間信仰是閩南文化的有機組成部分，也是福建民間信仰的重要組成部分。晚清學者楊軍在《四念處》中列出的福建四大神祗是媽祖(即“天之聖母”)、廣澤王尊、清水祖師、寶生帝，是閩南民間神靈信仰的主要代表。隨著閩南華僑走出國門，閩南民間信仰也傳播到了海外。
據《閩南文化研究》記載，清水(1037-1101年)的創始人，俗稱“祖師”，人稱陳，本名普祖。他是永春初曉人，自幼出家。他只受雨旱之苦，送醫送藥，修橋修路，深受百姓敬仰。後來駐守清溪(安溪)的張炎(今蓬萊)，因為看到巖石周圍的清泉四季不竭，就把張炎改名為清水巖。他也被人們尊稱為“清水祖師”。他死後被百姓奉為神，希望他時刻保護大家的健康。於是，閩南華僑也把清水信仰傳播到了海外。公元1574年(明朝萬歷二年)，華僑在泰國北大年建造了壹座寺廟，稱為“祖廟”。後來因為寺裏加了林小姐，就改名為“靈慈宮”。⑤這座祠堂是較早的華僑廟宇之壹，也是東南亞最早的清水祠堂。此後壹直到清朝中期，海外是否還有壹座清水祠堂，都沒有確鑿的史料。然而，自20世紀30年代以來，新加坡、馬來西亞、印度尼西亞、緬甸、泰國、菲律賓和越南建造了許多供奉清水創始人的寺廟。僅在新加坡，就有金蘭寺、蓬萊寺、鎮南寺、天宮供奉或附屬於清水，馬來西亞供奉清水的“蛇廟”更是聞名遐邇。可見清水信仰在海外華人中很受歡迎。