1、三七:主產於文山州，紅河、玉溪、曲靖、大理、楚雄、昆明等地也有栽培。歷史悠久，品質優良，享譽海內外。該省年產量占全國70%以上。
2.砂仁:主要產於西雙版納；德宏、文山、紅河、臨滄也有栽培。該省年產量約占全國的60%。排名第壹。
3.當歸:主要產於麗江、中甸、德欽、蘭坪、未夕、鶴慶、劍川等縣。商品有“雲貴”之稱，大、勁、味濃、油。多用於出口。
4、雲木香:道地藥材。所在地:麗江、迪慶、大理、保山、怒江。楚雄、曲靖、昭通等地也有種植，產品勻、實、重、油、香、不空心。該省年采購量位居全國第壹、第二。
5.黃連:主要分布在怒江州和騰沖縣；未夕、雲龍、劍川等縣有少量栽培，特點是堅實、色黃、味苦、菊心。
6、茯苓:又名“淩雲”。野生分布於麗江、未夕、中甸、福貢、雲龍、劍川、騰沖、祿勸、武定、富民、宣威等縣。國內種主要產於楚雄、昆明、曲靖；未夕和漓江也有種植。貨物沈重，堅實，大，光滑，不易碎，白色，截面精致。供應中國，出口。
7.天麻:主產於鎮雄、大關、威信、永善、麗江、未夕、雲龍、福貢、公山等縣。商品大而實，色黃、白、亮，素有“明日麻”之稱。
8.石斛:分布在文山、思茅、西雙版納、德宏、紅河、臨滄、曲靖等地。該省年采購量約占全國的50%，排名第壹。
9.兒茶:主要產於西雙版納。兒茶素的含量為40-50%。
10、訶子:分布於保山、臨滄、德宏等地、州。產品質地堅實，重量大，肉厚。該省年采購量約占全國的80%。
11、胡黃連胡黃連:分布在德欽、未夕、中甸、公山等縣，野生品種已初見成效。
12、半夏:野生資源較多，主要分布在昭通、曲靖、昆明、文山等地，四川及各市。貨圓如珠，色白，質堅，粉細，味辣。
13、秦艽:分布於麗江、大理、迪慶、怒江等地、州。商品根粗而長，肉厚而實，色澤好，質地優。
14，豬苓:分布於未夕、麗江、寧蒗、洱源、劍川、雲龍、蘭坪、公山、鎮雄縣。貨大而實，黑皮白肉。
15、穿山甲:分布於海拔2500米以下的熱帶、亞熱帶、溫帶地區。甲盤大，有光澤，有腥味，不含肉油。
16、菱角:分布在盈江、瑞麗、瀘西、龍川、梁河等縣，以及思茅、西雙版納、臨滄、怒江等地。商業穗是豐滿，堅定，充分，深褐色，並略有紅色的部分。該省年采購量占全國70%以上。
17、麝香:分布於迪慶、麗江、怒江、大理、楚雄、保山、曲靖、昭通等地、州。
18、草果:主產於紅河、文山、思茅、玉溪、西雙版納、臨滄等地、州。產品大、飽滿、堅硬，表面紅褐色，內部白色，香氣濃郁，有辣味。
19、冬蟲夏草:分布於麗江、中甸、德欽、公山等縣。商品以幹、肥、肥著稱，斷面白，菌基短，無黑糙皮。
20.何首烏:分布於玉溪、紅河、文山、楚雄、昆明、昭通等地、州、市。該商品大而結實，呈粉末狀，外觀為深褐色，內部顏色為黃色、白色或紅褐色，有雲狀花紋。
21、龍膽:分布於保山、文山、大理、楚雄、昭通、曲靖、臨滄等地、州。商品根粗而肥，黃而亮，味極苦。
雲南被稱為“動植物王國”。據調查統計，有藥用植物4758種，藥用動物260種，礦物藥32種，藥用植物5050種。雲南省的自然條件具有明顯的立體特征，動植物之間的垂直差異非常明顯。因此，全省藥材資源分為高山層、中暖層、低熱層三個層次。由於東西部熱力條件不同，寒潮入侵強度不同，各層東西部海拔指標也不同。它以大保朝嶺以東的哀牢山脈為界，位於中國南方，中部是京東，南部是金平。分為東西兩部分。高山層:西部2500米以上，東部2300米，占全省總面積的18.4%，以滇西北最集中，滇東北次之，其他地區零星分布。氣候相當於寒溫帶到溫帶。藥用資源非常豐富。主要野生種有麝香、鹿茸、熊膽、豹骨、猴骨、果子貍、冬蟲夏草、川貝母、胡黃連、秦艽、竹節參、壹枝蒿、羌活、三尖杉、楤木、山慈菇、大黃、法羅群島等。國產品種主要有木香、當歸、天麻等。，是全省的生產基地。
中等暖層:西部海拔1，500~2，800米，東部海拔1，300~2，300米，占全省總面積的54%，以雲南中部和西南部集中程度最高。氣候相當於亞熱帶到溫帶，日照充足，氣溫溫和。雲南雨量適中，土地肥沃，是藥材的主要產地。國產藥材主要有茯苓、三七、黨參、紅花、附子、白術、山藥、川芎、川牛膝、百合、澤瀉、木瓜、枳殼、烏梅。野生藥材主要有龍膽草、黃芩、半夏、天南星、草烏、豬苓、杜仲、防風、何首烏、茯苓、金銀花、香附、天冬、貫眾、黃精、玉竹、雞血藤、前胡、百部、柴胡、仙茅。
低熱層:西部1，500米以下，東部1，300米以下。主要分布在南部邊緣地區，與越南、老撾、緬甸接壤。此外，金沙江、元江、怒江、瀾滄江、南盤江等河谷地區也有分布。面積占全省總面積的27.6%，氣候屬於南亞熱帶和北亞熱帶，元江流域除外。這裏雨量充沛，土地肥沃。熱帶動植物資源豐富，是南藥生產基地。國內主要品種有砂仁、肉桂、草果、豆蔻、檳榔、蘇木、兒茶、花椒、檀香、吳茱萸、荊條、蝴蝶等。野生種主要有豆蔻、砂仁、訶子、板藍根、狗脊、骨碎補、蓽茇、刺山柑、龍血竭、蘆薈、千年健、風信子、烏藥、紫膠和琥珀。動物藥材包括蛤蚧、五步蛇、烏梢蛇、銀環蛇、穿山甲等。