主線劇情：
“餵，小孩，小心草叢！”這個聲音的主人是大木博士。
正當少年R要獨自出村，博士把他叫住了，並告知草叢裏棲息著著野生的精靈，除非上邊帶著自己的精靈，不然會很危險……然後將少年帶到了他的研究所。
故事就這麽拉開了序幕，玩家所扮演的角色就是名叫R的少年(當然妳也可以自己取名字),住在真新鎮（マサラ）。隨著博士到達研究所，同時遇上了博士的孫子，名字叫小茂的少年(當然也可以自己取名字，就起妳的仇人的名字吧)。博士讓妳在他所擁有的三只精靈中任選壹只相贈（三只精靈分別為：小火龍、傑尼龜、和妙蛙種子，均能有兩次進化），選個妳喜歡的吧。挑好後，小茂也選了壹只（在屬性上克妳的），並向我提出挑戰。作為開盤戰，不是很難，就當先試試戰鬥系統吧。而後他離開，但這只是開場白，以後他有的煩妳了。
辭別了博士，可以離鎮了。果然如博士所言，草叢裏確實藏有不少精靈，好好練壹下級吧。很快便來到了常磐市（トキヮ），在商店裏，從店主手裏得到郵件。連忙趕回研究所將它交給博士，博士就會給妳圖鑒，於是菜單中多出壹項圖鑒，這意味著可以開始著手收集精靈的工作了。順便再去壹趟鄰居小茂的家，拿到小鎮地圖（註意：此時不拿的話，以後就再不能拿了），可以正式出發了。
壹路向北行進，壹間大屋擋住了去路，只有通過常青森林才能找到出路。在森林裏會首次遇上精靈訓練師這種身份的人，而與之交戰是可以得到經驗值和金錢，而且精靈通過獲取經驗值才能升級和進化，所以千萬不要錯過。另外，這個森林有皮卡丘，喜歡的朋友就更不能錯過哦^_^
走出了森林，發現已來到了日比市（ニビ）。這裏建有壹座博物館，只要花50元就可以進去大開眼界壹番。另外還有壹間屋子標有GYM的記號，這就是道館（道館地圖如圖）。這裏是訓練家小剛，進去打敗他，得到徽章的同時還得到34號技能機以示鼓勵。之後和這個人（如圖）說話，會給妳跑鞋（按B可快跑）。此時市右的道路可以通行了，來到觀月山下。洞門口有壹間PC內會遇上壹個賣鯉魚王的，雖然以後可以通過其他方法得到，但人養的要比野生的長得快，但要多花500元，這是傳說中的鯉魚王，當前素質極差，攻擊力不過10，但至20級後進化為暴鯉龍，攻擊力非常強。
來至洞內，壹方面戰鬥，壹方面前進，雖有點累但收獲不小。途中所得各寶物中有壹個名為月之石的道具，能使某些精靈立即進化。在打敗這裏的考古學家後，他會讓妳從他身後兩塊古代物種化石（左面是鐮刀盔，右面是菊石獸）中選壹塊。出了山洞，便是華藍市（ハナダ）。不出所料，第二位首領小霞在此，上門去好好請教壹番吧，打敗後得到藍色徽章（道館地圖如圖）。市裏開有壹間自行車商店，不過絕對是買不起的，自行車得到的方法下文有述。沿著華藍市壹路北上，遇到了久違的小茂，不免又要“大動幹戈”壹番。這壹路上還有許多訓練師，打敗他們後可以得到不少的經驗值。過橋後來到海角的小屋（みさきのこゃ），見到了變成成怪物模樣的正輝（マサキ）。交談中得知他已造好壹架機器來使他恢復人形。答應幫助他後（在電腦上按壹下A），正輝成功地恢復人形走了出來。為表感謝，他送給妳壹張船票（很重要的道具），離開後回到華藍市（ハナダ），發現右面屋門口的警衛讓開了路，進去壹看，屋內是壹片狼籍。詢問了主人後得知有壹人來搗亂，而且又打破了墻逃走了。穿過那個墻洞，在屋後發現了壹個形跡可疑的人，未談幾句就露出了真面目，於是教訓了他，並從他身上“搜”出了28號技能機器。 壹路往南看到了兩間屋子，不過通往黃金市（ャマブキ）的路已被封鎖，只能向下走，途經壹飼育屋，裏面有人幫妳照顧精靈，但是不能繁殖……穿過右面的隧道，再經過壹大片草地，到達枯葉村（クチバ）。村裏某間屋內可得到對換券（ひきかぇけん），若回到華藍市，向自行車店老板出示的話，會得到壹部嶄新的自行車，這樣走路就省力多了。而村裏另壹間屋內則會得到釣桿，作用不用多說，使用方法則是現對水域使用道具“釣桿”。村裏有壹個港口，這下船票可以派上用場了。出示船票後來到壹條豪華的遊船上。船艙內的旅客有相當數量是精靈訓練師，小心應付。如精靈的體力不足，可在入口右邊數起第二個房間裏恢復體力，另外在廚房的垃圾筒裏可以找到三顆果實。在船長室門前的通道內再次碰到小茂，戰鬥結束後再去找船長。耐心聽完他壹番話後，很高興地把他珍藏已久的01號秘傳機器（切樹）交給我。離開船上岸，船起航了。將此秘傳機器給精靈裝備上，便擁有了切樹的能力。還記得村裏有間GYM屋麽，現在可以進去了。調查裏面的垃圾筒，連續兩個不同聲音，就能把門的開關打開。這裏的首領是用雷電系的精靈，打敗他就得到徽章（道館地圖如圖）。由於擁有切樹能力，可去的地方很多。先去村右的地鼠山洞（ディグダのあな），穿過山洞發現有壹小屋，若目前精靈圖鑒擁有種類已達10種，便可從屋內人處得到05號密傳機器（閃光）。再回到華藍市，往右走，壹路經過9號，10號路來到巖間隧道（イワャマトンネル）。洞內壹片漆黑，那就來光吧。使用閃光，果然壹片光明，視野也開闊多了，略費周折就可以出洞，到了紫苑鎮。村民為悼念亡靈建造了壹座ポケモン塔，現在由於無法使阻路的精靈現形，所以建議先不要急著上去。 從西面離開紫苑鎮，在8號路發現了另壹條地道（ちかつぅろ），並且通往玉蟲市（タマムシ）。沿地道到達該市，此處有壹間百貨公司，可以購得許多重要道具，切記到樓頂去買飲料！三種都買，然後跟頂樓的人講話，就會給妳三不同的種技能機。另外註意壹下百貨大樓旁邊的大廈，這棟大廈有後門，走後門進去到頂層可拿到NO.133伊布，使用水之石，雷之石，炎之石可以分別進化成三種精靈。拿到伊布後，再從前門進去，和裏面的壹位老奶奶對話，她就會給妳壹杯茶（非拿不可，否則劇情無法進行）。在PC下方的壹間餐店，進去後和壹個客人對話可以得到硬幣盒，用於存放遊戲代幣，才可以到遊戲中心玩小遊戲。進入遊戲中心，在櫃臺旁看到壹名正在看墻上的畫的精靈訓練師。過去和他對話，就會發生戰鬥，打敗他，他會逃跑。調查墻上那幅畫，發現是個隱密的機關，開動後出現了壹條通往地下的階梯。順著階梯而下，打敗多位訓練師，最後在地下4層打敗壹位精靈訓練師後再仔細盤問他，會乖乖地交出壹把電梯鑰匙（ェレベ—タのカギ）。來到電梯內，選擇目的地地下4樓，出來後打敗門衛，就見到了頭目。壹番較量之後，他會交出透視眼鏡（シルフスコ—プ）。從秘密基地出來後，到GYM去挑戰第4位首領吧（道館地圖如圖）。這裏的訓練師用草系精靈，打敗首領後得到徽章。之後趕快回紫苑鎮，上精靈塔（ポケモン），在塔2樓又遇到了妳的對手小茂，他又向妳挑戰……五樓有個可讓精靈恢復體力的地方, 由於有了透視眼鏡，樓頂的那個神秘的精靈就無所遁形，原來是嘎拉嘎拉（Lv30）。打敗它之後救出壹老人，與其交談後回到他家中，為了答謝，會給妳笛子（ポケモンのふえ），可喚醒沈睡的NO.143卡比獸(只有兩只)。不過笛子也可以在精靈戰鬥中被催眠時使用，可喚醒它們。 離開紫苑鎮向南走，壹只貪睡的卡比獸躺在地上擋住去路，用笛子去吹醒它，這下它醒了，可也生氣了，免不了亂鬥壹陣，順便也收復它吧。
之後在路上壹小屋內又得到壹支好釣桿（すごぃっりざわ），比以前那把好用多了。壹路來到石竹市（セキチク），第5位首領在此“恭侯多時”了。另外在GYM屋內有壹個看不見的結界，只有沿緊靠右墻的路從他背後繞過去才能與之交戰（道館地圖如圖，已把看不見的墻標出）。如果擁有的ポケモン數量已達50種，則可去市外屋內二樓，會得到壹寶物學習裝置（かくしゅうそうち）。另外這裏有狩獵場，花500塊錢買入30個狩獵球（サファリボ－ル）去狩獵吧（600步限制）。這裏的怪物都不錯，值得壹提的是水池裏的迷妳龍（ミニリェウ）別看現在弱得像“傻瓜”，待兩次進化後包管妳大吃壹驚，絕對值得培養。還有不少其他精靈，是別處絕對沒有的，用心捕捉，捕捉時***4項指令，其中エサ是餵餌，ぃし是拿石頭砸，對不同怪物必須采取不同手段才能順利捕到（例如迷妳龍就得先餵壹次餌再捕捉，包管手到擒來）。在狩獵區內找到壹副金假牙（きんのぃれぼ），出來後把他交給PC右側屋內的老爺爺，他會很感激地把04號秘傳機器（かぃりき）交給妳（作用：推動巨石），另外還能在狩獵場裏拿到03號秘傳機器（なみのり：沖浪）。在拿秘傳機器04的屋子旁邊那個屋子，可得到超級釣竿。
打敗這裏的道館首領後回到玉蟲市，往左走，喚醒卡比獸，將上方的樹斬了，到左上角屋內可得02號密傳機器（そらをとぶ），只有飛行系能裝備（能去曾經去過的城市）。另外如果有30種PM，在此關卡2樓，可以得到守衛飯（戰鬥後得到多壹些金錢）。往右出市，經過關卡，警衛說口渴想喝茶，於是將茶（從老奶奶手中得到的）交給警衛，這下他放行了，於是來到黃金市。和人們的談話得知，這個城市已經被火箭隊占領……市裏有壹座高11層的大廈，那裏就是火箭隊的基地。這幢大廈有很多傳送裝置，還有緊閉的門。利用那些傳送裝置，在5樓會找可以打開那些門到鑰匙卡（カ－ドキ－）。在9樓左下方有個人會幫精靈恢復體力，這樣就不用跑去PC屋了。最後在3樓的壹個傳送點，傳送到7樓，再次與小茂交手，之後和旁邊壹個人對話，得到乘龍（Lv25）。再經過壹個傳送點，在樓頂見到火箭隊的頭目並與之交手，之後與屋內人交談，可得大師球（マスタボ—ル）。出了大廈，第6個GYM門前已無人阻擋，這個道館的首領用的是超能系，打敗她同樣得到徽章(道館地圖如圖)。在GYM旁邊還有另壹間道館，不過是假冒的，若有興趣打敗裏面的首領，可以在兩個格鬥系的口袋妖怪中任選壹個，左邊是沙瓦郎，右邊是艾比郎。
再次回到石竹市，從市南下水，壹直遊到雙子島，穿過島上山洞。洞內機關須用精靈能力推動巖石（裝備秘傳機器04），使之落到最下層，等到2塊都落下並阻住水流，就可以出洞了。另外洞內最深處還有壹只急凍鳥，動壹番腦筋爭取捉到它！從山洞出來，繼續往左遊至紅蓮島，第7位首領就在此。島內的研究所，可將以前獲得的化石（カセキ）或琥珀（コハク）交給壹位科學家，他就會通過壹系列高科技技術提取細胞培育出已經絕種的精靈，其中化石培育出的可進化。這裏的GYM屋被鎖上了，還是先去屋左的樓內找鑰匙吧。那些雕像是用來控制門的開關的，反復擺弄，終於把鑰匙弄到手了，可以進GYM屋了（道館地圖如圖）。打敗首領卡拉，得到徽章。剛邁出道館大門，就被壹個人叫住，然後被帶到壹艘船上，來到壹個小島（橘子群島）。下轉支線劇情攻略。
現在只剩下常磐道館了，就回常磐市吧。現在可以有兩個選擇，壹是從紅蓮島出發，往北走水路回真新鎮，再到常磐市；二是直接用飛行秘籍回去。至於哪個，隨便選擇。回到常磐市，進去GYM屋，首領就是火箭隊的頭目！不過這次他及其屬下的實力確有提高，不可掉以輕心（道館地圖如圖，未標出首領）。打敗後別忘了再次交談，而後他就……消失了？！
至此，已經打敗了全部八位首領，但還不算完。從常磐市出發向西北方的精靈聯盟（セカエイ）走，路上會遇上對手小茂，但他現在已不是我的對手了，輕松解決，嘻嘻。
到達宮殿後，向各衛兵依次亮出自己苦心戰鬥才獲得的各枚徽章之後來到迷宮內。機關同樣要推動巖石壓住才行。出了迷宮，終於到達精靈聯盟，在PC屋恢復體力之後，向四天王進軍吧！註意，壹旦踏進大門，就不能出來恢復體力了，所以建議多帶壹些恢復藥之類的，當然，等級夠高的話是不成問題的。不過如果妳沒有50級以上的實力，就關機重來吧，好好練級，等到實力大增，再去挑戰。打敗四天王後，就要和小茂進行最後壹場冠軍爭奪戰了。經過壹陣天昏地暗的拼殺，終於打敗了小茂。這時大木博士趕來，宣布我成為了新的冠軍，並帶我進入口袋殿堂，記錄我所使用的精靈，之後就是大結局。
精靈聯盟訓練家列表：
天王1
lv52 白海獅
lv52 呆河馬
lv54 乘龍
lv54 迷唇姐
lv51 鐵甲貝
天王2
lv51 大巖蛇
lv53 艾比郎
lv56 怪力
lv53 沙瓦郎
lv54 大巖蛇
天王3
lv54 耿鬼
lv54 大嘴蝠
lv56 阿柏怪
lv58 耿鬼
lv53 鬼斯通
天王4
lv56 暴鯉龍
lv58化石翼龍
lv54 哈克龍
lv54 哈克龍
lv60 快龍
小茂
lv59 比雕
lv59鐵甲暴龍
lv57 胡地
lv61 ?
lv59 ?
lv63 ?
後三只精靈會因應我方開始選擇的精靈而出現影響
開始選：
a.小火龍 b.傑尼龜 c.妙娃種子 的話，小茂後三只就會分別對應是：
a.風速狗,椰蛋樹,水箭龜
b.暴鯉龍,風速犬,妙娃花
c.椰蛋樹,暴鯉龍,噴火龍
前三只則不變
支線劇情（新增劇情）：
打敗第7個道館的首領後，出道館時會有壹個人叫住妳，要帶妳去壹個島嶼……選定是後，他就會帶妳上船，然後去壹個島嶼（記得帶上會沖浪的精靈）。下船後來到PC屋裏被告知島上的電力出現問題，需要兩塊寶石來修復，所以現在是不能使用電腦的。
1號島：在北部看見壹個山洞，洞內有溫泉，泡溫泉可以恢復精靈的體力，而且上面的那個老爺爺還會給妳6號秘傳機器（碎石）。出來後繼續往北走，發現壹座山。走到山頂，出乎意料，山頂居然有壹只火焰鳥（Lv50）！收復它然後回到1號島的 PC恢復，接著坐船到2號島。
2號島：到了2號島，發現壹座特殊的房子（如圖），進去之後有事件發生，主人家的小孩去3號島采集至今未歸家所以請求妳幫助尋找。在這所特殊的房子左邊的那個房子裏，可以讓精靈學習以前的招式，條件是兩個小香菇，壹個大香菇（可以從派拉斯身上獲得），就和以前心靈鱗片壹樣。另外這個小島的山頂上有個人可以教給精靈三種厲害的招式，別錯過（只有主角精靈能學）。然後再坐船去3號島。
3號島：到了3號島，看到單車黨，單車黨與居民發生沖突，後來與單車黨交手。解決他們之後，居民為了答謝，送給我禮物！再往西北邊走，看見壹片樹林，在樹林裏找到了小女孩，突然這時有壹只Lv30的素利普跳了出來，打敗它之後救出小女孩。把小女孩送回她家。他爸爸為表感謝，送了件禮物給我！再回到1號島的大型PC裏最後被人送回了紅蓮島。
通關壹遍，抓住超過60種精靈，然後去博士那裏升級成386版圖鑒，之後到港口坐船去第壹個小島的火焰山，右邊有兩個火箭隊隊員，打敗他們進入山洞，在山洞中要使用秘傳機04怪力推石頭後才能到達深處，得到紅寶石。回去在1號島的PC把寶石給博士（如圖），便得到船票，之後可以坐船去7個島。
4號島：在4號島壹下船就會遇見對手小茂，但說了幾句就跑了……值得註意的是，在這個小島可以養精靈（如圖）^_^然後到商店旁邊的屋子和裏面的人對話，再用沖浪過右面的壹個小湖，來到壹個冰洞。註意，洞內有些地方需要踩冰，踩兩次就會掉到下壹層。另外還有滑冰，要利用冰塊上的石頭轉換方向。洞裏可以拿到秘傳機器07（登瀑布），有個地方要使用登瀑布進去，之後可以遇見四天王之壹—冰天王，旁邊還有火箭隊的人，與其談話後會發生戰鬥，贏後會告訴妳口令。得到冰天王的感謝後回到坐船那裏，出發去5號島。
5號島：到達5號島之後到左上方那裏使用沖浪，下水後往左走，登陸之後和如圖這個阿伯對話，他會給妳壹顆蛋（孵化出No.175波克比）。繼續前進會到達壹個小島，上面有山洞，洞裏邊墻四面有洞，是個迷宮，迷宮可以拿5樣東西!走法如下（每次都要回到門口才行）：
第1個道具：右-下
第2個道具：右-上-下-上
第3個道具：右-上-下-下-右-右
第4個道具：右-上-下-下-右-左-下-左
第5個道具：右-上-下-下-右-左-下-右-上
走到第5個時會遇到壹個女孩，然後把妳帶回家，發生談話。之後來到如圖地方，和這個人說話，別忘記拿走下面的道具。然後回到島上坐船去6號島。
6號島：到了6號島，進入PC，就看見小茂。和島上的人談話得知，在小島南面有壹扇門無法打開，於是就來到門前。調查那扇門，會出現象形文字（如圖），經過研究，知道可以用斬樹使門打開。進門後，在最深處找到壹塊藍寶石，這時候火箭隊壹研究員沖過來，把它搶走了……
為了追蹤藍寶石，於是返回5號島。這時候就可以進入火箭隊的研究所（如圖），打敗研究員後就可以奪回藍寶石。過後帶著藍寶石回到1號島的PC屋，將之交給博士。博士就會把通訊機器修理好，現在就可以和寶石版以及NGC的競技場通訊了……劇情進行到這裏，就可以進入超夢山洞了，不過先別著急，還是先坐船到7號島。
7號島：到達之後往上走，用沖浪，再往上走，上岸之後來到戰鬥塔。打過4層之後到頂和這個人對話，中途可以回到1層加血。南面的遺跡裏可以捉到No.201安儂。
最後回到華藍市，在左邊山洞口擋路的人已經讓開了，進入最深處捕捉超夢吧，有Lv70哦^_^
要到8、9號島，壹定需要神秘船票。或者輸入金手指代碼02031CF0:3a02，9號島的；02031CF0:0002，8號島的。兩條金手指分別輸入，切記，到達後壹定要關閉金手指！
8號島：這個小島上有個山洞，沿著山洞的路進去，直到看到壹分岔口。往左走，上樓梯，就可以看到壹只鳳凰（Lv70）；往右走，下樓梯，就可以看到壹只洛奇亞（Lv70）。
9號島：這個小島除了壹個謎題之外就沒有任何東西了。妳需要做的就是調查那個三角形樣的東西，直到它變成紅色，這個過程需要最短路程完成，否則就要重新開始。只要妳走過去，碰最靠近妳的那壹邊，就可以很容易地完成。當它變成紅色的時候，小島就會搖晃，No.386就會出現，收復它吧^_^