根據西藏的傳說，梵文經典流入藏地，最早約在5世紀。不過當時藏地還沒有人能看得懂它們，所以人們只好把它們秘密收藏起來。7世紀時，著名的吐蕃王國贊普松贊幹布（？～650）分別從唐朝和泥婆羅（今譯尼泊爾）迎娶信奉佛教的公主為王妃。兩位公主都把佛像、法物等帶進吐蕃；這時，從漢地和印度也都有壹些僧侶，循穿越藏地的中國與南亞的交通路遊歷吐蕃。佛教在吐蕃真正獲得“弘通”，是在松贊幹布的五世孫赤松德贊在位（755-797）時期。9世紀前葉赤祖德贊在位時，佛教勢力在政府扶持下急劇擴大。赤祖德贊甚至把兩條絲帶系於頭發，讓垂下的絲帶鋪在贊普王座兩旁的僧人的座席上，再命僧人坐在上面，稱為“頭頂兩部僧伽”。赤祖德贊用殘酷的刑罰肆意處置對佛教稍有不滿的人，引起舉國反對。841年，赤祖德贊被反佛大臣暗殺，兄朗達瑪繼為贊普。843年朗達瑪下令滅佛，在吐蕃各地關閉佛寺，掩埋或沈沒佛像，焚毀佛經，勒令僧侶還俗。藏地佛教的“前弘期”就此結束。846年，朗達瑪被刺，統壹的吐蕃王國瓦解，藏地出現小王林立、內亂不已的局面。
仲敦巴佛教在藏地遭到取締時，部分僧侶逃出劫難，隱避到吐蕃政權勢力較弱的藏地東、西部。今青藏高原東北的湟水流域逐漸成為佛教傳承的中心。藏地西部的納裏（今譯阿裏）地區，是西藏佛教復興的另壹個基地。920年代，從藏地中部遴選的10人東赴宗哥（Tsong-kha的漢語譯音，藏語稱湟水為Tsong，河濱為kha, Tsong-kha譯言湟水之濱）學習教法。以後回藏復興佛教。這件事被看作西藏佛法“後弘期”的開始。差不多與此同時，納裏地區的吐蕃小王不斷用重金聘請印度、尼婆羅等地的高僧前來譯經闡教，又派人西行求法。東來的高僧以印度班智達大德阿底峽最為著名；西去求法的納裏僧人中，最有名的是三至迦濕彌羅（今譯克什米爾）的譯師仁欽桑波（958-1055）。10世紀末葉，尤其是進入11世紀後，佛寺在全藏各地又普遍地興建起來。由於所傳教法不同，這些寺院根據各自的傳授系統分別歸屬於以壹個或幾個大寺院為據點的教派。
寺院勢力最初是在世俗小王的支持和保護下重萌生機的。但當他們積累起足夠的經濟力量和宗教影響後，他們也起而參與地方的政治活動，於是形成很多以大寺院為中心的神權政治的勢力。教團領袖開始時是由寺院僧眾推舉的，後來經常變成世襲職位。較大的世俗宗族往往會以叔侄相繼的傳承方式世代把持某個大寺院住持的座席。世俗貴族與僧侶集團之間就這樣結成壹種很特殊的“賜主—福田”關系。較小的世俗貴族甚至還要反過來尋求教團的保護。在十壹二世紀，藏地存在著以下這些勢力很大的教派集團：
噶當派（bkah-gdams-pa），由阿底峽的弟子仲敦巴（1005～1064）所傳。它在前藏擁有很大的勢力。著名的熱振寺就屬於此派。吐蕃贊普後裔雅壟王族成員曾長期據有噶當派主寺的住持職位。
薩斯迦派（Sa@skya-pa）的根據地在後藏的薩斯迦（今譯薩迦）。薩斯迦大寺的歷任住持多出於款氏家族。這個教派在元代藏地政治中具有非常特殊的影響力。
帕木古魯派（Phag-mo-gru-pa，今譯帕木竹巴），因其祖寺建於帕木古魯之地（在今前藏澤當東北）而得名。該寺住持由郎氏家族世代把持。帕木古魯派有若幹分支，如必裏公派（hBri-gung-pa，今譯“止貢”派），思答籠派（sTag-lung-pa），牙不藏派（gYa-bzang-pa）等。
搽裏八派（mTshal-pa），此派創立較晚，後來其主寺的住持席位為資助建寺的噶爾氏家族所控制。
葛哩麻巴派（Karma-pa），祖寺在葛哩麻谷（今西藏昌都西北），後來又建壹新的主寺於堆隆（在今西藏拉薩西北）。它是藏傳佛教中最早實行活佛轉世制度的教派。葛哩麻巴派“黑帽”系的第二世轉世活佛葛裏麻拔噶希（KarmaPakshi，1206-1283，藏語pakshi譯言“大師”，或當源於漢語“博士”），是西藏佛教史上最著名的有神奇法術的僧人之壹。
噶舉派（bKah-brgyud-pa），其祖師瑪爾巴多次入印度學習密宗教法，註重口耳相傳的傳習形式，故以“噶舉”（藏語bkah-brgyud譯言“口傳”）為教派名。這種傳習法當然最容易因不同的師承而分衍支派。帕木古魯、搽裏巴、葛哩麻巴等教派都是從噶舉派分離出來的。
寧瑪派（rNying-ma-pa），這壹派宣稱自己所傳是吐蕃王國時期的教法，由8世紀時入藏的印度高僧蓮花生所授，故名（藏語rnying-ma譯言古舊）。寧瑪派法服為紅色，所以後來俗稱紅帽派、紅教。
唐王朝和吐蕃王朝解體以後，漢族繼續用“吐蕃”稱呼他們的西鄰。但是五代和宋朝人所說的“吐蕃”，經常是指今甘青河湟壹帶的某些部落或部族。其中有壹些是藏人，也有壹些是過去臣屬於吐蕃王朝，由於吐蕃統壹政權的衰亡而得以自立的小股部眾。吐蕃把他們稱作od-bar，漢語文獻音譯為“咀末”。1030年，這裏形成壹個以藏族為主體的癮廝噦政權，壹度在西夏、余王朝以及自蒙古高原西遷後的回鶻（即元代的畏兀兒）之間的長期鬥爭中扮演過不可忽視的角色。12世紀初，由於宋軍的進攻，它被迫降夏，以後這個地區又被金軍占領，但在十二至十三世紀的漢、藏關系中它已失卻過去曾有過的那種重要性。
藏文史料說，西藏僧人最早進入蒙古地區，大概是在1209或1210年之間。那是搽裏八派的藏巴東廓哇和他帶領的六個弟子到蒙古弘揚佛教。因為不通蒙語，他們只能以手勢傳法，結果可能不太理想，所以他們從蒙古轉道前往西夏。據說成吉思汗進兵西夏時，藏巴曾去向他說法，並獲得壹道保護僧人的諭旨。
在最初二十多年兵侵漠南的軍事行動中，蒙古軍隊有好幾次掠地至藏區邊緣的今甘青、川北壹帶。在哲別統率的西征偏師中有“吐蕃帥”，他的部眾應當就是在蒙藏早期接觸中被蒙古收編的藏兵。
蒙古正式經略藏地始於1230年。分鎮涼州（治今甘肅武威）的窩闊臺次子闊端曾在1236年派兵降服甘南的幾個藏人部落。1240年，他又派遣壹小支軍隊，在朵斡耳答答剌罕率領下，深入吐蕃本部。蒙古軍進至前藏的熱振寺和傑拉康寺（兩寺均屬噶當派）。據藏文史料，蒙古軍“給熱振寺造成重大損害。思答籠寺被霧罩住，沒有看見。傑拉康寺被焚毀，索敦等五百名出家僧人被殺。必裏公寺的住持紮巴迥乃降下石雨，故必裏公寺未遭損害。但是蒙古人要住持去當應供喇嘛（即把住持帶回去接受蒙古人的供奉）。紮巴迥乃說：‘有個適合當妳的應供喇嘛的人，住在西面’”。紮巴迥乃所指的，就是後藏薩斯迦派的法王薩斯迦班智達公哥監藏（1182-1251）。在當時的藏地中部，噶當派的寺院最大，必裏公派住持的威望最高。但他們和前藏的其他法王們都對於面覲闊端心存畏忌，於是把今後100年間在藏域承制宣化的機會，拱手讓給了薩斯迦派法王。
薩斯迦班智達果然接到了闊端召見的令旨。在由他編纂和創作的《薩斯迦格言》裏，他曾經寫道：“弱小者如把偉人依靠，乃是獲得成功的訣竅。”“請看由於攀附於大樹，藤蔓也到樹尖高處。”他決定帶著不滿10歲的侄子八思巴（1235-1280）和八思巴之弟恰納朵兒只（1239～1267）去應召。1246年夏天，他到達闊端在涼州的大營。這壹年他65歲。
薩斯迦班智達叔侄抵達涼州的時候，闊端正在漠北參加貴由汗的即位大會。他們的相見，要到第二年春天闊端回到涼州大營以後。他當然不是被邀請到這裏來做端坐蓮臺的“應供喇嘛”的。他的真正角色，乃是代表藏域各教團來同蒙古統帥商談向蒙古歸順的事宜。對這次談判的結果，薩斯迦班智達在寫給藏地僧俗領袖的壹封信裏，向他們作出詳細的介紹。他轉達闊端的保證說，只要藏域不進行武裝抵抗而全面歸附，“則汝等地方各處民眾部落原有之官員仍可加委供職”。歸附各部應將頭目姓名、百姓數目、貢賦數額造冊繕錄，壹份呈遞闊端，壹份存於薩斯迦，壹份由當地頭目留存。闊端還把金銀牌符頒賜給薩斯迦派的首腦們，授予他們管領藏地眾官員的權力。薩斯迦班智達警告他的同胞說，如果企圖設法逃脫蒙古的統治，或指望蒙古因路遠而不會前去鎮壓，或期待與之交戰而勝之，或以欺騙辦法對待蒙古，則“最終必遭毀滅”。關於向蒙古的貢賦，他在信的最後寫道，乃以金、銀、象牙、大粒珍珠、銀珠、藏紅花、木香、牛黃、虎皮、豹皮、草豹皮、水獺皮、蕃呢、藏地中部之毛織品等物為佳。“此間對壹般財物頗不屑顧，故各地可以本地最好之方物進獻”。
由於薩斯迦班智達的斡旋，再加上1250年初由蒙哥和闊端分別派出的兩支軍隊對未服地區的軍事進攻，迫使藏地很快接受了蒙古的統治。1251年末，薩斯迦班智達在涼州入寂。他的年輕的侄子八思巴似乎接替了薩斯迦班智達原先的角色。他在1252年為報告叔父去世而致藏地僧團領袖的信裏，傳達新近即位的蒙哥汗的諭旨說：“皇帝並宣諭於我：‘已派金字使臣（指佩帶用以乘驛的金字牌符的蒙古使臣）去吐蕃各處清查戶口、劃分地界。汝可遣僧人同往。’”
這次清查戶口，並不局限於吐蕃壹地，而是在從漢地直到斡羅思的廣闊地面上統壹施行的壹次大規模行動。吐蕃括戶以後，藏地人戶在蒙哥、忽必烈、旭烈兀和阿裏不哥四兄弟等黃金家族成員之間進行分配，各人還分別與被分配在自己位下的人戶所在地最有勢力的那些教派結成了“賜主—福田”的關系。蒙哥供奉的是必裏公派和藏古兒木哇派（gtsangmGur-mo-ba），忽必烈和阿裏不哥分別供奉搽裏八派和思答籠派，旭烈兀供奉帕木古魯的牙不藏派和寧瑪派，闊端則仍然供奉薩斯迦派。
薩斯迦派在這次分配中被安排在壹個頗為不利的地位上。蒙古大汗的汗位已經從窩闊臺系轉到拖雷系手中。但薩斯迦派所得以結納的，卻是顯然已經失勢的窩闊臺系諸王。薩斯迦班智達已經不在人世，現在要由年輕的八思巴來承擔扭轉上述不利局勢的重任了。