男主角柯南在整理信件的時候發現了壹封邀請自己的信件因為柯南無法去參加只能打電話委托給小蘭讓她代替自己參加，小蘭也跟工藤新壹約定在5月3日去看午夜場電影
柯南、小蘭和毛利小五郎應邀出席，在宴會中森谷帝二大肆批評年輕的建築師不懂建築的美學，對於自己的建築應該擁有強烈的責任感。
在茶會中森谷帝二給所有的客人出了壹道題，只有柯南回答出來作為獎勵，森谷帝二邀請小蘭與柯南參觀自己的展覽室，並且通過與小蘭的談話知道工藤新壹與小蘭的生日安排。
5月3日到了，小蘭早早出了門，而柯南也去了阿笠博士家。通過電視上的新聞知道東洋火藥庫丟失了大量炸藥。而且接到了向工藤新壹挑戰的電話，對方告訴他在什麽地方放置了炸彈，看他是否能夠阻止，結果被柯南壹壹化解。但是柯南因為爆炸的沖擊進了醫院。
在醫院裏柯南與目暮警官、毛利小五郎分析究竟是什麽人幹的，而柯南通過電視報道和目暮警官的描述發現被安放炸彈的地方都有森谷帝二認為不完美的作品
由此，柯南壹行人來到了森谷帝二家進行調查。柯南發現了展覽室中的新市鎮，認定森谷帝二是兇手。柯南用壹些現有的東西做了壹些假證據，套出了森谷帝二的真話，原來他是因為無法實現新市鎮的計劃而向新壹宣戰，想讓工藤新壹名譽受損。
在森谷帝二被捕時透露還有壹棟建築有他放置的炸彈，柯南意識到炸彈在米花市政廳。柯南立即聯系小蘭，可那邊已經爆炸了，小蘭被困在裏面。柯南在森谷帝二身上發現了炸彈的組裝線路圖立即趕往了米花市政廳。
柯南找到了小蘭，因為無法自己拆除炸彈，所以在門外指揮小蘭拆除炸彈。就在柯南以為炸彈已經拆除的時候，小蘭告訴他還有紅藍兩條線，而柯南無法判斷應該剪那壹條。柯南就對小蘭說剪壹條自己喜歡的，若是躲不過的話，他會在這裏壹直陪著他，不能同生就同死。（這裏超級感人）
2、名偵探柯南：第14個目標:柯南身邊的人，目暮警官、小蘭的母親妃英理、阿笠博士接連遭遇行兇。有著神秘關鍵字的撲克牌，被留在了犯罪現場。追查案件真相的柯南等人，奔向海上餐廳，在那裏等著他們的，是新的殺人大戲。?
3、名偵探柯南：世紀末的魔術師:有壹位夏美小姐從國外回來，帶了外婆的遺物，是“回憶之蛋”的設計圖，但是卻和他們手上那顆不太壹樣，他們得出結論“回憶之蛋”是有兩顆的，為了尋找另壹顆，壹行人就出發前往壹座相關的古堡去了。而在這過程中，無壹例外，死了好幾個人，而每個人都是被擊中右眼倒地身亡的。通過調查，柯南得出殺害這些人包括狙擊基德的是同壹個人：國際罪犯史考賓。（史考賓專門瞄準右眼打……後來才知道是有歷史可追溯的）兇手就隱藏在他們壹行人中。
基德在被擊中後就下落不明，但其實全程都在（偽裝成白鳥警探，破了案立了功，為此，白鳥後面還升職……那時真正的白鳥正在度假呢）壹邊協助柯南，壹邊坑柯南。調查過程中，“白鳥”幾次揭穿柯南提示，使得小蘭對柯南的身份產生懷疑……後來他們找到了另壹顆蛋，也明白了“回憶之蛋”的含義，其實並不是兩顆蛋，是套在壹起的，啟動了蛋裏的機關後，裏面的小金人會動，還會投影相冊……上面的照片就是滿滿的回憶。
這時兇手出現，城堡燃起熊熊大火，最後剩下柯南與真兇的正面對決（大名鼎鼎的史考賓原來是女人）。柯南作了壹番推理後，史考賓舉起槍瞄準柯南右眼，柯南自信滿滿站著，子彈打到眼鏡被彈開了！（眼鏡鏡片是用防彈玻璃做的，據說基德的單片鏡也是防彈玻璃，但為什麽基德的眼鏡會碎掉？）趁兇手分神，最終和“白鳥”成功逮捕住犯人。而城堡外，眾人向著城堡呼喊著柯南（新壹）的名字，壹轉頭，柯南就站在身後（就是這麽帥~）
最終，事件解決。但是回去後，全劇最揪心的壹幕來了。小蘭可以說差不多是百分百確定柯南就是新壹了，當她眼含淚水，“質問”柯南的時候，柯南無比痛心，明明每天守護在身邊，明明人就在面前，但卻什麽都不能說世界上最遙遠的距離莫過於此……所以柯南眼神壹暗，想著瞞不住了，摘下眼鏡，準備承認。
“新壹”出現了！（說實話，每次看到這裏我都覺得好氣的感覺！）沒錯，基德來幫柯南解圍了，原因是柯南放了他的鴿子……（沒錯，就是放了他的鴿子）
4、名偵探柯南：瞳孔中的暗殺者：發生了警察官被接連殺害的案件。被殺的兩人，都緊握警察手冊。柯南偶然和該案件遭遇。小五郎試圖***同解決案件，而白鳥刑警卻說出了壹句“Need not to know”（沒有知道的必要）。這是警察內部用語，表明案件與警察內部相關。從警視廳得到的情報中得知，小蘭的性命也會被盯上。
5、名偵探柯南：通往天國的倒計時：柯南壹行人在露營的回家途中順道參觀壹座位於西多摩市境內即將在近期完成的全日本最高雙塔摩天大樓。而這摩天大樓的擁有者同時也邀請了小五郎與小蘭前來參加開幕典禮，因而與柯南壹行人偶然巧遇。壹行人在秘書的帶領之下參觀了這座兩棟幾乎壹模壹樣的最尖端高科技雙塔摩天大樓。
但是，此時在這摩天大樓裏卻出現了多位與此建築物有著不同關系的人士，不久之後第壹個殺人事件發生了。而且，令人不敢相信的是黑衣組織的成員竟然同時也在大樓附近出現，這讓人不免聯想到灰原哀自從那些日子以來，在深夜裏究竟是在跟誰聯絡。?
而柯南的真正身份會被組織發現嗎，且灰原哀真正的身份又是？不管目暮警官等人如何的勸說，雙塔摩天大樓的開幕典禮仍按照預定進行。為了查出這場發生在總樓層高300公尺的高科技摩天大樓的殺人事件真相，柯南將與其宿敵，也就是當初逼迫工藤新壹喝下毒藥使他身體縮小的兇手——黑衣組織，展開壹場史上最恐怖的攻防戰。
6、名偵探柯南：貝克街的亡靈：
東京·米花市·米花市政大樓，這裏正在舉行，能夠壹舉改變全世界遊戲業界價值觀的模擬遊戲「繭」的發表會。結合了最先進技術的「繭」，其遊戲方式是先進入壹部外型酷似蠶繭的大型膠囊，透過計算機的操作讓遊戲者沈睡於歷史上曾經發生過事件的時代，並進行挑戰的虛擬體驗遊戲。柯南、小蘭、灰原以及少年偵探隊的成員們也接獲邀請，前往參加這場受到全世界矚目的發表會，並陰錯陽差的混入政界、財經界以及演藝界等代表人物的小孩群中，趁機乘上了「繭」。
另壹方面，「繭」的研發者兼負責人—堅村，竟然在發表會會場遭到殺害。而在這起殺人事件發生的同時，壹個自稱「諾亞方舟」的人工智能闖入「繭」的計算機系統，並切斷身處虛擬世界的50名孩童所有能與外界連結的管道，對現實世界中所有的招待者宣布：「在這場解決歷史事件的遊戲中，只要有壹個人能夠存活到最後就算妳們贏。不過如果沒有人能夠存活到最後，參加遊戲的所有人就會葬命於此。」開始了壹場失控的遊戲……
少數知道柯南身份，同時也是工藤新壹的父親，世界名推理作家—工藤優作也是這場發表會的特別來賓。優作負責監修「繭」遊戲中的歷史事件，雖然能透過推理找出堅村遭到殺害的原因，但關於柯南壹行人，他只能在控制室看著他們的表現。柯南壹行人必須在「繭」所設定重現的19世紀倫敦貝克街，同時也是福爾摩斯留下無數傳說之地，挑戰壹連串的考驗。壹場結合虛擬實境與現實，用50條生命為賭註的遊戲即將開始！
7、名偵探柯南：迷宮的十字路：春天，櫻花的季節。東京、大阪、京都的5名男子遭到殺害。5人是屢次盜竊佛像、美術品的“盜賊團·源氏螢”的成員，相互以義經和他的隨從的名字稱呼。警視廳的目暮警部壹行人、大阪府警大瀧警部、京都府警綾小路警部開始聯合調查。與此同時，小五郎接到某個寺院的委托，與柯南等人壹同到達了京都。東、西名偵探柯南、平次，齊心協力化解挑戰。
8、名偵探柯南：銀翼的魔術師：東京的最新景點。那裏某棟大樓的屋頂上，與柯南對峙的是他的宿敵怪盜基德。柯南、小蘭、小五郎和牧樹裏收到了怪盜基德的預告函。“Romeo……Juliet……Victor……Bravo!在這26個字母飛舞交錯中，我將會前去拿取那顆命運的寶石。怪盜基德上。”以及壹張將黑桃2縱向撕開的撲克牌的畫。小五郎得知牧樹裏在舞臺劇《約瑟芬》上使用藍寶石戒指“命運的寶石”，做出了當晚基德會前來搶走寶石的推理。在柯南等人的註視下，舞臺的幕布升起。
9、名偵探柯南：水平線上的陰謀：在太平洋航行的阿佛洛狄忒號。柯南小蘭、小五郎，還有少年偵探團和阿笠、園子等壹行人，參加了它的處女航。靠八代財團的威信建造的那艘船上，邀請了許多政界和演藝界的名人。在船上，有個可疑人影在行動。最終，發生了殺人案。在其背後，15年前，於北大西洋沈沒的貨輪——第壹八代號的事故和八代集團的設計師因心臟病引起的交通事故有所關聯。在海上，柯南等人被卷入壹場無處可逃的陰謀之中。
10、名偵探柯南：偵探們的鎮魂歌：小五郎接到了偵探委托。委托人將ID交給了少年偵探團和小蘭，他們興高采烈地去乘坐超人氣過山車·超級大蛇。可是，那個ID設置了炸彈。如果不能解決委托，就打開開關令其爆炸。時限為截至閉園的12個小時。不斷提供提示的神秘男子，將柯南稱為“工藤新壹”。同樣和葉也被當作人質。在與服部平次會合的同時，柯南全力向真相逼近。那裏有令人意外的人物關系。曾經在怪盜基德於美術館奪走寶石的那天，發生了某件事。柯南發現案件背後隱藏的陰謀的影子。可是，時間的流逝毫不留情。
11、名偵探柯南：紺碧之棺：柯南壹行人在太平洋小島“神海島”上度假。神海島有著被稱為“海底宮殿”的古代遺跡，傳說中沈睡著300年前真實存在的兩個女海盜安娜·邦妮和瑪麗·裏德留下的財寶，因此吸引了很多寶物獵人。這時，在海底宮殿附近潛水的小蘭等人面前，獵人之壹被鯊魚襲擊身亡。但柯南推理這不是意外。在海底沈睡的傳說，悄然開始行動的陰謀。
12、名偵探柯南：戰栗的樂譜：不久之前發生了以音樂家為襲擊目標的連續殺人事件，被害人均出身於原著名鋼琴家領銜創建的壹所音樂學院。柯南等壹行人，受到了這位鋼琴家的邀請，出席由他出資建造的音樂廳的落成典禮音樂會。音樂會的亮點是巴赫彈奏過的管風琴和世界著名的斯特拉迪瓦裏琴的音色，以及擁有絕對音感的天才歌手的歌聲。可是，在音樂會正式舉辦前，陸續發生了許多可疑案件。而正式演出當天，柯南他們所在的音樂會會場突然發生了爆炸，陷入壹片火海。
13、名偵探柯南：漆黑的追蹤者：壹年壹度的七夕即將到來，東京、神奈、靜岡、長野等地卻接連發生六起連環殺人案，被害者身邊全都留下了麻將牌中的七筒和奇怪暗示。柯南在跟隨目暮警官和小五郎參加搜查會議的時候，偶然發現壹位刑警偷偷逃離現場，而現場的壹切證據都指向了“黑暗組織。”顯然，這個逃離的兇手就是“黑暗組織”的成員。
而更令柯南驚訝的是，駕車離開的竟然是琴酒。危機在此刻壹觸即發！如果琴酒知道了“工藤新壹還活著”的消息，不僅是新壹本人，和他有關聯的柯南及其朋友們也會被統統抹殺。意識到事態的嚴重後果，柯南只得孤身前往調查……與宿敵的最後壹戰！！看柯南如何孤身拯救自己和朋友們？東京、神奈川、靜岡、長野四地發生了六起殺人案，死者身邊皆留有壹枚麻將牌。
警方認為這壹連串的殺人事件是同壹兇犯或某個組織所為。松本警視發出號召：“讓我們拋掉地域意識和名利之心，賭上警察的威信，***同找到真兇！”日暮警部和各縣的警官們聚在壹起召開偵破會議，名偵探毛利小五郎也應邀與會，協同破案。
會上列出了三個最大的疑點：1. 兇犯為什麽要把被害人綁架到別處再殺害？2. 麻將牌是誰留下的？3. 最後壹名死者留下的遺言：“七夕，今……”究竟是什麽意思？會議結束後，柯南發現有個警察鉆進了壹輛黑色的保時捷。這輛車很眼熟——“是金！”黑衣組織中的人竟然假扮警察混進了會議！連續殺人事件是黑衣組織幹的麽？
隨著調查的展開，柯南發現黑衣組織的多名成員涉入此事：給警方搗亂的基安蒂和科恩、追蹤嫌疑人的貝爾摩德、正策劃暗殺要人的金和伏特加，還有神秘人物艾利修。與此同時，有人潛入了帝丹小學和帝丹高中，調查柯南與新壹。
當柯南察覺組織的陰影已然逼近自己之時，第七樁兇殺案發生了。七月七日前夕的第七個受害人，黑衣組織設下陷阱，將日本的警察玩弄於股掌之間。如果讓金知道工藤新壹變成了江戶川柯南還活在世上，那麽不光柯南，甚至灰原愛、阿笠博士、小蘭都會遇害。然而利用連續謀殺案的機會或許可以將黑暗組織壹網打盡！柯南冒險獨自展開偵查。壹場宿命的對決拉開了帷幕……
14、名偵探柯南：天空的遇難船：針對以全世界珍貴寶石為目標的怪盜基德，燃燒著對決的執念的大富豪·鈴木次郎吉發出了挑戰書：有本事就來盜取世界上最大的飛艇鈴木號中收藏的寶石“天空的貴婦”吧。時間限制為東京?大阪間的6個小時。被次郎吉招待的小五郎、小蘭、柯南、少年偵探團的孩子們也乘上飛艇。以天空為舞臺的頭腦戰就此揭幕。就在此時，神秘組織“紅色暹羅貓”襲擊了飛艇。?
15、名偵探柯南：沈默的15分鐘：“針對妳這4年傲慢無禮的執政期，在此施下天誅的警告！”12月某天，朝倉東都知事收到壹封恐嚇信。第二天，剛開通的都營地鐵隧道被炸毀。不過，多虧了從小五郎那裏得知恐嚇信的柯南，才避免了慘劇。柯南等人到建好水壩的新潟縣去。迎接搬遷5周年紀念儀式的北之澤村，很多人在壹起圍觀。柯南剛開始調查，卻在雪原上發現了死因不明的遺體。“悲劇”相互交錯，如今災難正向人們襲來。
16、名偵探柯南：第11個前鋒：毛利偵探事務所突然接到壹通威脅電話，路上的汽車就在小五郎的眼前爆炸了。“藍色的少年與藍色的斑馬，從天而降的雨……”若不能根據犯人寄來的挑戰書解讀神秘暗號，便無法阻止接下來的爆炸。小五郎和毛利蘭在米花市內來回奔走，卻完全找不到破解暗號的方法。而正當柯南與灰原哀和少年偵探團壹起、沈浸在觀看最愛的足球比賽的快樂之中的時候，得知了威脅電話的事情，為了解讀暗號柯南獨自壹人離開了球場，卻得知了無人能夠阻止的恐怖事實。
17、名偵探柯南：絕海的偵探：映著朝霞的海面上，漂浮著裝有炸彈的神秘可疑船只。那艘船是壹切的開端。京都舞鶴港海域。海上自衛隊舉行寶貴的宙斯盾艦航海體驗。柯南、小蘭、小五郎、少年偵探團壹行人享受著用電子武裝的高科技軍艦施展的大震撼力。然而突然，響起轟鳴聲，艦內空氣流動不穩。不久，發現了沒有左臂的遺體。那裏，留下了壹些疑點。著手調查的柯南，得知艦上乘上了某國的間諜“X”。這次航海中，隱藏著遠超想象的足以顛覆整個日本的巨大陰謀。
18、名偵探柯南：異次元的狙擊手：以635米的高度為傲、可以俯瞰東京街景的鈴木塔竣工。前往參加其開幕儀式的柯南等人，從眺望臺上享受著絕美的景色。就在此時，壹發子彈擊碎了窗戶玻璃，打穿了壹個男人的胸膛。案件發生於壹瞬之間，完全搞不清到底發生了什麽，小蘭與少年偵探團都陷入了恐慌。柯南立刻利用追蹤眼鏡的望遠鏡功能，沿著彈道發現了壹個黑色的身影。
“從那麽遠的距離進行狙擊，難道說……”柯南馬上與女高中生偵探世良真純乘坐摩托車追趕逃走的狙擊手，意想不到的是狙擊手居然連警察的巡邏車都打算壹起炸掉，整個追蹤過程都被其玩弄於股掌之中。結果，這場激烈的追蹤將FBI（美國聯邦調查局）也卷入其中，犯人以及狙擊事件的謎團都消失在了大海裏。
於是柯南和世良協力，而警察和FBI合作調查此案，終於查出了美國海軍特種部隊“海豹突擊隊”的存在。其實這起狙擊事件不過是接下來將發生的大混亂的第壹步。與此同時，住在工藤新壹家的神秘研究生沖矢昴也不動聲色地秘密行動起來。?
19、名偵探柯南：業火的向日葵：曾經在日本被燒毀的梵高名畫《向日葵》在聚集了大富豪的紐約拍賣會場中標。鈴木次郎吉以3億美元的史上最高金額得到了這幅名畫，他的目的是收集散布在世界上的7幅《向日葵》。前所未有的大規模展會在以擁有鐵壁般的安全系統著稱的日本美術館雷克洛克舉辦，這壹夢幻般的新聞發布至全世界，柯南和小蘭也關註了新聞轉播。
次郎吉打算召集通稱為“七武士”的專家來保護《向日葵》，但此時怪盜基德突然現身，在發出宣戰布告聲稱自己必定要奪取這幅名畫之後便離去。在下壹個瞬間，高中生偵探工藤新壹的身影在騷動的會場中現身了，他自稱是由於聽說了基德的傳聞才前來的。而在數日之後，搭載著《向日葵》的客機飛行在前往日本的高空中時，再次遭到白色影子的襲擊。圍繞著獨壹無二的至寶，謊言與真實紛繁交錯的藝術之謎開幕。
20、名偵探柯南：純黑的噩夢：某個漆黑之夜，日本警察內部遭間諜侵入。英國的MI6（軍情六處）、德國的BND（德國聯邦情報局）、美國的CIA（美國中央情報局）等各國情報機關，甚至FBI的機密數據都被竊取。千鈞壹發之際，安室透率領公安警察及時趕到。間諜奪車而逃。安室與其在高速公路上進行了激烈追逐，就在其它車輛也將被牽連其中而釀成慘案的瞬間，間諜的車被FBI赤井秀壹的來福槍子彈擊中，從公路上墜下。
第二天，柯南壹行人到東都水族館遊玩。剛剛翻新的水族館盛況空前。在其特色賣點巨大摩天輪之下，柯南發現了壹名獨自站在那裏的外表端莊秀麗的受傷女子。定睛壹看，她左右眼虹膜的顏色是不同的，即俗稱的“雙色瞳”。可是，女子已是連自己的名字也不記得的失憶狀態，所帶的手機也已損壞。柯南等人商定幫助她找回記憶，就這樣與她壹同行動。而這被貝爾摩德在暗中從頭至尾監視著。隨後貝爾摩德拿出了消音器，對著身上的通信器說道，“計劃很順利哦，琴酒。”21、名偵探柯南：唐紅的戀歌：
大阪的地標——日賣電視臺突然發生了爆炸案。此時，臺內正進行由日本百人壹首協會帶頭的“臯月會”舉辦的臯月杯的發布會的錄制。突發的事態引發了大恐慌。從轟隆作響的即將崩塌的大樓中，關西名偵探服部平次和他的青梅竹馬·遠山和葉兩人被千鈞壹發之際趕到的柯南平安救出。案件如恐怖襲擊壹般，然而犯人的目的無人知曉，甚至連犯罪聲明都沒有出現的無法理解的狀況令柯南和平次不禁感到蹊蹺。
在此番騷動中，柯南等人與堅稱是平次的未婚妻的女子相遇。她的名字是大岡紅葉。聲稱“平次是年幼時被求婚的命中註定之人”的紅葉，竟然是百人壹首的高中生冠軍，是被稱為未來的女王的存在。與此同時，在京都嵐山的日本民宅內，發生了臯月杯冠軍遭殺害的案件。那時，在殺人現場的顯示器中映現的，是紅葉的身影。
22、名偵探柯南：零的執行人:東京灣的新設施“Edge of Ocean”（大洋邊緣）成為東京峰會召開地。在峰會召開的5月1日，會有2萬2千名警察出動。這樣的超巨大設施，某天突然發生了大規模爆炸案！那裏，有從屬於暗中掌控全國公安警察、俗稱為“零”的警察廳秘密組織的安室透的身影。在峰會當天沒有發生，而是在事前發生的爆炸案，以及秘密暗中出動的安室的無法理解的行動令柯南不禁感到蹊蹺。
現場留下的作為證據的指紋，與曾在警視廳就職的毛利小五郎的指紋壹致！這是什麽樣的陰謀。柯南與安室圍繞小五郎的逮捕開始敵對。神秘的存在——安室透，究竟是敵人，還是夥伴？“絕密任務”的倒計時，已經開始向“那個時候”轉動起來了……
參考鏈接：百度百科：名偵探柯南