1998年劇場版?超夢的逆襲
壹群科學家以復制的方式，制造出人工的神奇寶貝?超夢?。
但是當超夢得知自己是被制造出來的生物時，氣得把研究所的小島整個燒毀 。火箭隊的老大聞風趕來，給了超夢制造鎧甲，控制超夢的力量，並煽動超夢跟他聯手征服世界。
然而超夢並不願意配合。因為他憎恨人類把它制造出來，使得他無法成為真正的神奇寶貝。
於是，超夢展開了對人類的反擊?
1999年劇場版?夢幻之神奇寶貝洛奇亞爆誕
南海小島上有個傳說，火之神、冰之神、雷之神被人類觸怒之時，就是世界毀滅的日子。
瘋狂的 收藏 家吉爾露太為了引出傳說中的海之神洛奇亞，捕捉了亞西亞島的火焰鳥，導致世界各地開始出現天災地變的異象。這時正好小智壹行人來到亞西亞島，並在當地慶典活動中被推舉扮演傳說中的控制者。控制者必須到神鳥的三座島嶼中取得三種寶藏，在取寶藏的過程中，小智目賭神鳥被吉爾露太抓走。
瘋狂收藏家吉爾露太為了個人私欲不顧世界的存亡固然令人氣憤，可是當神鳥被小智釋放後，竟不顧壹切的展開瘋狂攻擊。眼看著世界末日的預言真的要實現?
2000年劇場版?結晶塔的帝王
旅途中，巧遇神奇寶貝訓練家小淩的小智壹行人，為了讓疲累的神奇寶貝們休息，於是前往最近的神奇寶貝中心。該中心所在城市名為?綠色草原?聽起來應該是個使人心境祥和的地方，沒想到來到這綠色原鎮時，面對突如其來的景象感到震撼，因為原本美麗的綠色草原鎮，瞬間竟然變成了冰冷的結晶城?。
原來獨自孤獨生活的少女小美，在某夜，因為江下落不明的父親秀力所留下的未知圖騰卡排列後，沒想到卻因此開啟了可怕的?結晶世界?!
而傳說中的神奇寶貝?炎帝?竟然將小智的媽媽帶往結晶塔裏去了!小智壹行人是否能夠將媽媽平安地救回來呢?
2001年劇場版?雪拉比穿越時空的遭遇
在森林的入口，雪成?與少女?永久?邂逅了。接受了永久說的?如果妳聽到了森林的聲音，就不能亂走動?的忠告後，雪成走進了森林。
雪成在森林裏為了守護被獵人追捕的?雪拉比?，被?穿梭時空的力量?卷入，帶到了40年後的未來。在40年後的世界，雪成認識小智他們。但是在這世界裏，火箭隊史上最強的男人?比夏斯?正打算捕獵雪拉比。
比夏斯擁有能將壹切神奇寶貝變得兇惡的黑暗球，將雪拉比自小智他們的身邊奪走。為了拯救被比夏比捕捉的雪拉比，小智與雪成拚命奮戰。可是，溫柔的雪拉比已經發生了很大的變化?
激烈的對戰中，傳說中的神奇寶貝?水君?出現了!小智他們能否拯救雪拉比和森林呢!?
2002年劇場版?水都的守護神拉帝亞斯和拉帝歐斯
世界上最美麗的城市-水之都，小智壹行人在那裏遇見了擁有不可思議的力量的神奇寶貝，它們在這個城市裏守護著傳說中的寶物--心之水滴。
有兩個世界級的怪盜，看中了心之水滴，並且以這為目標來下手，隨著心之水滴所隱藏的封印即將被解除、城市將被大洪水吞沒了!小智和皮卡丘有辦法平安的渡過危機嗎?
2003年劇場版?七夜的許願星基拉祈
千年壹次的彗星之夜裏，願望將會實現?
立誌成為出色的神奇寶貝訓練師的小智、小遙和小勝，帶著皮卡丘展開了新的旅程。為了觀看千年彗星出現的剎那，來到恩斯遊樂場，並認識 魔術 師巴特勒與戴安。在魔術表演中，小勝聽到壹陣細微的呼喚聲?
那是在〝沈眠之繭〞中沈睡了千年，可幫助人類達成願望的神奇寶貝?基拉祈。在千年彗星出現的夜晚，如果遇到擁有純真心靈的夥伴便會蘇醒。為了讓基拉祈醒來，巴特勒請小勝當基拉祈的夥伴，果然，基拉祈從萬花鏡般的光芒中蘇醒過來。
雖然基拉祈只能停留短暫的七日就會再消失，但是頭壹次擁有屬於自己的神奇寶貝的小勝，對基拉祈卻非常寵愛。充滿野心的魔術師巴特勒，因為知道基拉祈具有神奇的力量，便把基拉祈給搶走，並且想利用他來完成願望。
不懷好意的巴特勒，他的願望是什麽呢?小智與小勝要如何克服困難，成功救出同伴呢?小勝與基拉祈又會面臨怎樣的生離死別呢?
2004年劇場版?裂空的訪問者代歐奇希斯
從外太空飛來的隕石墜落在大冰原上。為了調查住在冰原的神奇寶貝而來的科學家倫多博士，他的兒子小超卻意外被卷入墜落時產生的暴風。在壹片的水蒸氣中隱約現身的是神秘的神奇寶貝代歐奇希斯。就在這時候出現了宇宙神奇寶貝烈空坐，和代歐奇希斯展開激烈的戰鬥。而倫多博士和小超也被卷入他們的激鬥中。
在那之後經過了四年。有壹天小智和皮卡丘們來到了高科技城市拉魯斯市。想在這裏的對戰塔和其他的神奇寶貝進行戰鬥。小智巧遇壹名少年而他就是小超。小超因為四年前的事，讓他完全無法和神奇寶貝相處。小智和皮卡丘在知道這樣的情形後積極幫小智克服這問題。這時候突然出現了神秘神奇寶貝代歐奇希斯。他的目的到底是什麽。
以高科技城市為舞臺，即將展開神奇寶貝史上最大的冒險!
2005年劇場版?夢幻與波導的勇者路卡利歐
持續旅行的小智皮卡丘壹行，來到了流傳著「波導傳說」的城鎮：歐魯德朗城。在城市的中心，舉行著對數百年前的?波導之勇者?亞郎?而舉行的祭典。小智與皮卡丘決定參加今年勇者對戰。激烈的戰鬥之後，獲得了冠軍的小智當選為當年?波導之勇者?。城中舉辦了慶祝優勝者的盛大宴會。突然幻之寵物小精靈?夢幻?出現。然而夢幻卻帶著皮卡丘消失了身影。與此同時，?迷之寵物小精靈?「路卡利歐」數百年前的封印被解開，在小智面前顯現了身影的!皮卡丘在哪?夢幻的目的是什麽?還有，隱藏在路卡利歐身上的過去和波導傳說的秘密是什麽?
帶著所有謎團，小智與路卡利歐壹起朝向世界初始之樹開始了冒險。
2006年劇場版?神奇寶貝保育家與蒼海的王子瑪納霏
持續旅行的小智與皮卡丘壹行人，遇到以表演水中神奇寶貝秀而聞名的小碼頭馬戲團的?廣美?。從可與水系神奇寶貝心靈相通的?水之民?的後裔廣美口中，小智得知在水之民所建造的海之神殿亞克夏裏面，藏有被稱為?海之王冠?的秘寶。但是，據說人類的眼睛沒有辦法看到神殿。
就在此時，海盜?幽靈?來襲想要搶走廣美所持有的蛋。在激烈的爭奪之中，蛋突然發出強烈的光芒，被稱為瑪納霏的夢幻神奇寶貝，就這樣在小遙的手中誕生了。而這只瑪納霏正是能解開神殿秘密的關鍵。
神奇寶貝保育家?阿傑?的任務是護送瑪納霏平安返回神殿。小智他們與阿傑壹同航行跟在瑪納霏後面。途中，瑪納霏為了找回小遙被風吹落海裏的頭巾，而消失在海中。小智他們為了尋找瑪納霏也來到了神殿，此時出現在他們面前的居然是幽靈!他的目的是神殿內水之民的秘寶。可是當幽靈拿走秘寶的瞬間，天花板突然大量進水，亞克夏開始冒泡沈沒。到底，秘寶有沒有辦法再搶回來呢?小智與小遙和瑪納霏的命運將會如何?蒼海的王子瑪納霏，現在將引發奇跡?
2007年劇場版?決戰時空之塔?帝牙盧卡VS帕路奇犽VS達克萊伊
為了參加下壹個小精靈競技賽，小智壹行來到了阿拉莫斯鎮，在那裏遇見了壹位名叫艾麗絲的可愛少女。艾麗絲帶他們參觀了小鎮的標誌建築?時空之塔和水樹相映成趣的美麗庭園。抱著觀光的心情而去的小智壹行卻偶然遭遇庭園被不明生物襲擊的事件。這個小鎮有權有勢的艾伯特男爵也出現在那裏，他壹口咬定這是傳說中的小精靈?達克萊伊所為。不久，達克萊伊突然從可怕的幻影中現身於小智等人的面前。
未知的小精靈，達克萊伊，它到底從何而來?正當那時，帝牙盧卡和帕路奇犽在時空夾縫中的戰鬥蔓延開來。
強大的力量相互沖撞，將空間撕裂。並且，從裂口正好能看見阿拉莫斯鎮的所在位置。在和帝牙盧卡的戰鬥負傷的帕路奇犽逃到了這個小鎮。但是，感覺到帕路奇犽存在的達克萊伊立刻對它展開了攻擊。這時，追趕帕路奇犽而來的帝牙盧卡也出現在阿拉莫斯鎮。被稱為神的兩只小精靈與達克萊依相遇之時，震撼時空的史上最強戰鬥開始了。
即時強烈的沖擊讓阿拉莫斯鎮岌岌可危，不久便面臨崩潰的危機。?古狄的 日記 ?中記載的預言即將成為現實。
小智等人能否解除這個危機呢!?結果達庫萊伊是敵人還是盟友呢?!「奧拉希翁」究竟是什麽呢?!
2008年劇場版?騎拉帝納與冰空的花束潔咪
[反轉世界]...是存在於這個世界內部的鏡子般不可思議的世界。那個美麗而規則的世界，是冥王龍棲居的特殊空間。然而帝牙盧卡和帕路奇犽的戰鬥造成了時空的扭曲，反轉世界也因此完全被陰霾籠罩。由於自己的世界被汙染而被激怒的冥王龍找到了帝牙盧卡，並想將其拖入反轉世界中。
另壹方面，在繼續旅行的小智和皮卡丘壹行的面前出現了壹個小小的，幾乎看不見的精靈。那是有[花媚]之稱的感謝神奇寶貝雪米。被卷入迪亞魯加和基拉提那的戰鬥的雪米在千鈞壹發之際從反轉世界逃出。小智壹行帶著精疲力竭的Shaymin前往神奇寶貝中心。
雪米用心電感應將小智壹行帶到了它的格拉西玳亞(グラシデア)花園，並告訴他們在這[格拉西玳亞之花]中隱藏著巨大的秘密。正準備離開神奇寶貝中心的小智等人遇到了前來捕捉雪米的火箭隊。而與此同時，神奇寶貝中心外的裝飾品的鏡面上出現了[次元旋渦]，將火箭隊、雪米連同小智壹行人壹起全部帶往了反轉世界。
從次元旋渦中脫出的小智壹行人環顧四周，這裏是倒立著壹排排建築物，空中處處漂浮著烏雲的，廣大而不可思議的反轉世界。
就在這時，騎拉帝納突然出現，向雪米發動攻擊。小智等人正要與騎拉帝納對抗，卻傳來制止之聲。說話者是名叫無限的學者，他告訴小智等人不可以讓騎拉帝納生氣。
正在小智壹行在無限的幫助下向現實世界回返之時，企圖利用騎拉帝納的力量支配世界的，駕駛著高科技母艦[百萬力霸]的謎之青年，ZERO出現了。和雪米壹起繼續著探索花園之旅的小智壹行沒能逃過ZERO的追蹤。
...前所未有的冒險之旅的高潮，等待著妳的是超越想像的?美麗奇跡?!
2009年劇場版?阿爾宙斯超克的時空
繼續旅行的小智壹行來到了四周環繞著豐富自然景觀的河畔之城米琪那。這座城中有幾千年前的神殿遺址，小智壹行向位於巨大巖山上的遺跡前進。巖山山頂有壹片巨大的湖，遺跡就建在湖邊。小智壹行陶醉在美麗的湖光之中。然而，湖面波瀾驟起，水上形成了龍卷風，向小智壹行迫近。眼看就要被龍卷風卷起來的時候，忽有壹位女子伴著[帝牙盧卡，拜托妳了!]的聲音出現。下壹個瞬間，空間被割裂開，帝牙盧卡的身影出現?女子名叫西娜，是遺跡的守護者。據說她有和神奇寶貝心意相通的能力。西娜將小智壹行引入遺跡，用時空儀逐壹介紹了帝牙盧卡、帕路奇犽和冥王龍的空間，然後又開始將米琪那鎮的古老傳說娓娓道來：壹切要從上古時代，相傳創造了萬物的幻之神奇寶貝亞爾修斯為救許多神奇寶貝而撞向隕石的事情說起?
2010年劇場版?幻影的霸者索羅亞克
王冠市是個水與綠茵、古街道與近代建築完美調合的城市。為了觀看正在這裏舉辦的?神奇寶貝足籃世界杯?，小智壹行人向王冠市前進。在途中，他們遇到了壹只能夠化身其他神奇寶貝或人類、名為?索羅亞?的不可思議的神奇寶貝。
索羅亞還會心電感應，為了幫助同伴，它告訴小智它也要前往王冠市。小智們決定要協助索羅亞，壹起結伴同行。
另壹方面，幻之神奇寶貝雪拉比在相隔20年再度現身王冠市的同時，王冠市卻發生了壹起奇妙的事件。原本應該是這座城市的守護神-傳說的神奇寶貝雷公、炎帝、水君竟在街道上大搞破壞。
原來這個事件的背後，隠藏著大企業的社長克林克斯?寇泰的邪惡計劃。從前，曾經利用雪拉比的神秘力量獲得財富與權力的寇泰，為了再度取得這個力量，他故意制造王冠市的混亂，好讓雪拉比掉入他的圈套。
而變身為傳說的神奇寶貝引起暴動的，是能夠操控幻影的神奇寶貝?索羅亞克?。
然而，索羅亞克竟然是索羅亞正打算前往協助的同伴!而利用索羅亞克變出的幻影，寇泰則不停地追逐著雪拉比。再這樣下去，雪拉比和王冠市真的很危險!小智們將為此展開行動?
2011年劇場版?比克提尼與黑英雄捷克羅姆&比克提尼與白英雄雷希拉姆
在合眾地方旅行的小智、艾莉絲、天桐壹行人，來到了被稱為?大地之劍?的塔為中心發展的城市：艾茵多奧克。這裏是由曾經繁榮壹時的大地之民所建立的國度，但現在已經落歿。 小智等人為了參加收獲祭對戰大會來到艾茵多奧克，他們在這裏遇到了能給予人或神奇寶貝不可思議力量的夢幻神奇寶貝?比克提尼。大地之民的後裔?德雷多企圖利用比克提尼的魔力讓早已絕跡的古王國重現人間，艾茵多奧克因此陷入前所未有的混亂。
究竟小智壹行人能不能拯救陷入危機的城市呢?比克提尼的命運將會如何?伴隨著捷克羅姆、雷希拉姆的謎團，神奇寶貝史上最大的冒險，帶給妳無限的感動!
2012年劇場版?酋雷姆VS聖劍士凱路迪歐
小智與皮卡丘、艾莉絲、天桐壹行人正搭乘火車前往洛祥的旅途中，在行經山區時發現壹只從未見過的神奇寶貝，但它卻受了傷壹動也不動。
其實它正是被稱為三位聖劍士的後繼者，夢幻的神奇寶貝?凱路迪歐。
就在此時，最強的龍系神奇寶貝酋雷姆突然來襲!面對能變換成焰白酋雷姆與闇黑酋雷姆兩種型態，並擁有壓倒性力量的酋雷姆，小智壹行人千鈞壹發逃過酋雷姆的追擊。
凱路迪歐無視三位聖劍士的忠告，執意要向酋雷姆挑戰。然而見識到酋雷姆的強大力量之後，凱路迪歐在無比恐懼之下逃走了!
三位聖劍士為了要救凱路迪歐，不小心被酋雷姆的攻擊冰凍了起來。
為了救出同伴再度振作起來的凱路迪歐，以及在壹旁鼓勵的小智壹行人。他們能否平安度過這次的危機呢?為了拯救同伴，真實的力量、誠摯的勇氣以及小智壹行人的友情，將喚起凱路迪歐未知的力量!
2013年劇場版?神速的蓋諾賽克特超夢覺醒
故事 以大都市紐特市為舞臺，在那裏正在興建為保護神奇寶貝而設立的設施神奇寶貝山莊，即將在近期完工。但是因失去了過去的故鄉，而將所見的壹切都視作敵人攻擊的蓋諾賽克特也出現在這裏!只見他朝著在現場的小智和皮卡丘發射破壞技術，千鈞壹發之際，出現在小智等人面前保護他們的，竟然是傳說中的神奇寶貝?超夢!
超夢認為蓋諾賽克特和他壹樣，都是原本不應該出現在這世上的神奇寶貝，於是決定扛下蓋諾賽克特的悲傷和憤怒，和他展開激烈的對峙?
2014年劇場版?破壞之繭與迪安茜
深藏於地底的凈土?鉆石礦國?，傳說住著壹群巖石系、妖精系的小碎鉆。
?鉆石礦國?多年來持續依賴著?神聖鉆石?發出的能量支撐整個國度，不過只有這個國家的公主能夠創造出這些鉆石，但現任公主的蒂安希卻還無法駕馭這項能力。
如今?神聖鉆石?的生命之力逐漸流失，若無人設法拯救這壹切，鉆石礦國將面臨末日!就在此刻，蒂安希遇見了小智壹行人，為挽回鉆石的光芒，他們壹同展開尋找?生命神奇寶貝?哲爾尼亞斯的冒險之旅。 然而在前方等待著他們的是沈睡於繭中、曾經在卡洛斯地方造成毀滅性破壞的?破壞神奇寶貝?伊裴爾塔爾?
在旅途中，女盜賊瑪麗伶和忍者盜賊萊爾特，以及火箭隊三人組為了奪取蒂安希的能力，襲擊了他們。
借助彌莉絲?阿爾蓋斯親子的力量，壹行人解除了危機並繼續他們的旅途，結果他們發現了曾經消滅了卡洛斯地方所有生命的 ?破壞神奇寶貝?伊裴爾塔爾沈眠的繭，被它擋住了去路?
在這緊迫的危機中，蒂安希能否拯救自己的國度呢?而且，小智和皮卡丘的命運會怎樣!?
2015年劇場版?光輪的超魔神胡帕
100年前，沙漠都市迪塞爾市因為口袋妖怪之間的戰鬥而遭受嚴重破壞。戰鬥起因是那只口袋妖怪。但是，這只口袋妖怪後來被某人封印了，城市重回和平並且今天仍然健在。
在小智與皮卡丘壹行人的旅途中，他們遇到了持有可以召喚萬事萬物的光輪的幻之口袋妖怪胡帕，以及照顧他的少女瑪麗。
幻之口袋妖怪胡帕開始用他的光輪傳喚出各種各樣的東西，包括他最喜歡的食物甜甜圈，這讓大家都很驚訝和高興。喜歡惡作劇的天真單純的胡帕稱呼小智和皮卡丘為傻多和皮卡。大家很快成為夥伴並壹同旅行~
壹到迪塞爾市，眾人就遇到了瑪麗的哥哥巴爾紮，但是巴爾紮的樣子卻很奇怪。走近壹看，發現他手中握有封印了曾經破壞城市的某只口袋妖怪的道具監獄之瓶!
壹股邪惡的氣息從瓶中溢出。經過漫長的時間，封印好像已經被解開了。就在那時，傳說中的口袋妖怪從邪氣中飛出!原始固拉多，原始蓋歐卡，迪奧魯加，帕魯基亞，基拉帝納以及丘雷姆!這樣下去城市就危險了!
胡帕為了守護城市，從光輪中召喚出新的傳說中的口袋妖怪來!小智同胡帕召喚的口袋妖怪能壹同守護住迪塞爾市嗎?邪惡力量的正體又是?
傳說VS傳說!
口袋妖怪史上最壯絕的戰鬥開始了!
2016年劇場版?波爾凱尼恩與機巧的瑪奇亞娜
在以口袋妖怪大師為目標持續旅行的小智與夥伴們面前，壹個包覆白煙的巨塊從天而降。
壹片白煙翻滾之中，出現的是幻之精靈?波爾凱尼恩。
無視面露憂色的小智，討厭人類的波爾凱尼恩準備離開。
但由於下落的沖擊，小智與波爾凱尼恩之間被奇妙的裝置連接在壹起，分也分不開了!
被飛奔而出的波爾凱尼恩拉著走的小智，來到了各處都有巨大齒輪運轉的超機關都市?阿佐特王國。
波爾凱尼恩為何從天而降?又為何前往阿佐特王國!?
以機械架構的機關王國為舞臺，口袋妖怪史上最熾熱的傳說開始了!