關於宮本武藏的名稱，其本姓為藤原，慣常使用的宮本、新免則為其氏；幼名辨助（べんのすけ、弁助、弁之助），名諱玄信，通稱武藏，號二天、二天道樂。在其著作『五輪書』中以新免武蔵守藤原玄信署名；而在他親筆寫給有馬直純及松井興長的書信上則署名「宮本武藏玄信」，長岡佐渡守書狀中有「二天」這個稱號。而熊本市削弓的墓碑上寫有新免武蔵居士，養子伊織在武藏逝世之後9年建立《新免武蔵玄信二天居士碑》（小倉碑文）標明「播州赤松末流新免武蔵玄信二天居士」。死後71年後《本朝武蕓小伝》以「政名」的名字介紹。自此所引用的系圖及傳記、武藏供養塔的介紹以及武藏的小說，多數使用「政名」的名字，二天壹流門弟及宮本家史料等，沒有使用「政名」的名字。
宮本武藏為創立二天壹流劍道的始祖。武藏在京都與兵法家吉岡壹門對決，和巖流島與巖流兵法家的決鬥故事，至今成為許多小說、時代劇電影、乃至電視連續劇（歷史電視劇）等發揮的題材，並名聞於世。其自著《五輪書》亦為現代日本人在哲學、經營、乃至運動各方面的指導書籍，在世界各地也有諸多翻譯版本與喜好讀者。
除此之外，武藏亦是知名的水墨畫家及工藝家，其傳世的文藝作品，如『鵜圖』、『枯木鳴鵙圖』、『紅梅鳩圖』、以及『正面達摩圖』、『盧葉圖』、『盧雁圖屏風』、『野馬圖』...等水墨畫、以及馬鞍、木刀、工藝作品都為日本國家指定的重要文化財產。
生平
青少年時期
在《五輪書》中，武藏自述在13歲初次決鬥戰勝了「新當流」的有馬喜兵衛，16歲擊敗但馬國剛強的兵法家秋山，21歲赴京都，與來自各國的兵法家交手，從13歲到29歲，決鬥60餘次，沒有壹次失手。
慶長5年（1600年）宮本武藏自稱隸屬於宇喜多家的新免氏武士，以西軍身分參加了關原之戰；然而從黑田家之文書（《慶長7年?同9年黑田藩分限帖》）記載著武藏父親新免無二在關原之戰以前是在東軍的黑田家仕官，因此在關原之戰中武藏也很有可能同父親壹起侍奉當時豐臣家的黑田孝高，在九州作戰。
劍客時期
《五輪書》中記載「21歲赴京都，與來自各國的兵法家交手，沒有壹次不成功的」。從天正12年（1584年）武藏出生推算的話，赴京應是慶長9年（1604年）。在『新免武藏玄信二天居士碑』（小倉碑文）記載「扶桑第壹之兵術吉岡」，應是指吉岡流壹門。而武蔵與吉岡兄弟決鬥的故事，則在各文藝作品間廣傳至今。
武藏的決鬥事跡中，最廣為人知的莫過於「巖流島決鬥」，也就是在慶長年間在長門國（今本州山口縣下關市）的舟島（浮在關門海峽上的巖流島），與巖流的兵法家佐佐木小次郎對決的故事。大部份人認為宮本武藏在這次決鬥中戰勝了佐佐木小次郎，但實際上決鬥的經過、勝敗、甚至宮本武藏的對手到底叫什麼名字，不同資料的記載亦有不同，仍然有待查證。此外，亦有傳當時佐佐木小次郎被宮本武藏擊暈而放在船上，後由德川家康暗中殺死。
客將時期
大阪之役（大阪冬之陣與大阪夏之陣）之中，宮本武藏以豐臣軍名份參戰的故事，實為稗官野史詄聞毫無根據之誤傳。實際上武藏是以水野勝成的客將以德川軍名義參陣之。與水野勝成的嫡長子勝重（又名水野勝俊）活躍的戰跡，亦在數個歷史文獻中記載。
之後宮本武藏在姬路城主本多忠刻的交涉下，參予了明石的町割(都市計劃)，以及姫路、明石等城寨、寺院的修築建設。根據《海上物語》，武藏也在這個時期和夢想權之助（神道夢想流祖師）在明石進行決鬥比試。
元和初年（1615年），宮本武藏收水野家臣中川誌摩助的三男，中川三木之助為養子，並推薦三木之助出仕姬路城主本多忠刻。然而三木之助卻在寬永3年（1626年），為了本多忠刻亡故而殉死。於是武藏只好在三木之助死後，收播磨武士侍田原久光的次男伊織成為養子。宮本伊織後來出仕明石城城主小笠原忠真，在寛永8年（1631年）年僅20歲時便成為小笠原家的家老。
寬永15年（1638年），島原之亂爆發，小倉城主小笠原忠真與恃從伊織出陣鎮壓之，武藏與忠真外甥中津城城主小笠原長次也參陣其中。島原之亂後從武藏寄給延岡城主有馬直純的書信中，寫著「我不會再被石頭打到了」的紀錄看來，武藏有被當時島原壹揆軍投石擊中而負傷。另外，在小倉寄宿之中，武藏依忠真之命與寶藏院流槍術的高田又兵衛比武。
島原之亂後
寬永17年（1640年），宮本武藏受熊本城主細川忠利邀請移駐熊本。門人7人每人分給18石***300石之俸祿，並在熊本城東部的千葉城武家壹處房舍供居住之，武藏更破格可參予以往只有家老身分方可參予的獵鷹活動。細川忠利也邀請武藏和同樣客人身分的足利義輝的遺孤足利道鑒，3人依同前往山路溫泉。但隔年忠利猝死，其第二代藩主細川光尚同樣給予300石的待遇對待之。《武公傳》的武藏弟子士水（山本源五左衛門）記載：『士水傳紀錄：武公肥後的門弟、為首有太守長岡式部寄之、澤村宇右衛門，其他如禦家中、禦側、外樣、與陪臣、輕士***千餘人』入門武藏門下。在教授劍術兵法之餘，則以繪畫與制作工藝作品流傳至今。
寛永20年(1643年)，宮本武藏登上九州肥後巖戶山（今熊本市附近），並閉居山下的靈巖洞，開始執筆撰寫『五輪書』。另外，在武藏死亡之前數日，武藏則把二書『獨行道』與『五輪書』合稱為「自誓書」並授與弟子寺尾孫之允。
正保2年5月19日（1645年6月13日）宮本武藏於千葉城的武士居所死亡。墓地葬熊本市弓削的武藏冢。北九州市手向山則有養子伊織立的『新免武藏玄信二天居士碑』，該碑文為伊織與武藏關系的最古老紀錄，通稱「小倉碑文」。