與此同時，汽車人正與倫諾克斯少校合作，對抗世界各地的人類威脅。在與沖擊波的激烈戰鬥後，擎天柱發現了壹個柱狀物體，它屬於壹艘汽車人飛船，他們認為它早已消失。
霸天虎還在地球上，它的首領威震天在上壹次世界大戰後已經衰弱，但他還在計劃著什麽。
擎天柱對人類向他隱瞞真相感到憤怒，尤其是弗蘭西斯·麥克多蒙德飾演的美國國家情報局局長夏洛特·米林。原來，美國宇航員在多年前登月時發現了墜毀的變形金剛“方舟”，但壹直對世人和汽車人隱瞞。
擎天柱要求去月球旅行，他們很快就到了，但是他們沒有註意到霸天虎跟在後面。在月球上，擎天柱壹行發現了“禦天敵”，他是汽車人的前領袖，也是擎天柱的導師。汽車人把禦天敵和他周圍的五根柱子帶回了地球。
此時，山姆正在被他的新老板(約翰·馬爾科維奇飾)折磨，然後他被肯·鄭扮演的角色認出是變形金剛的朋友。肯·鄭扮演的男人試圖告訴他霸天虎的陰謀，顯然他是被迫參與計劃的。但他還沒來得及說，激光鳥就幹掉了他。
山姆急忙去告訴汽車人，卻被攔在秘密基地外。米林導演雖然不情願，但架不住別人的堅持，只好讓山姆留下來看事態發展。
把禦天敵和五個柱狀物體帶回地球後，擎天柱用領導模塊重啟了禦天敵，然後把它們放回了自己的身體。原來那些柱狀物體是“太空橋”的壹部分。有幾百個，現在分散在各處。
米林主任開始開車送薩姆回家。山姆自己分析推斷霸天虎在對人類做什麽，但是沒有人聽他的分析，於是他決定請退休特工西蒙斯(約翰·泰特羅飾)幫忙調查。卡莉很不開心。她抱怨說山姆又想拯救世界了。他們吵了壹架，分手了。卡莉獨自去了迪倫的派對。
西蒙斯把自己過去的經歷寫成了暢銷書，現在他很開心，但很快就答應了山姆的要求。這兩個人先去找當年登月的宇航員。他們確信這些人壹定知道內情，但他們都被政府封殺了。
老宇航員給薩姆和他們看了壹些那年在月球背面拍的照片。那裏有許多柱狀物體。山姆立刻意識到霸天虎壹直都知道太空橋。他們利用擎天柱來激活禦天敵，因為禦天敵是連接太空橋的關鍵，他們必須保護他。
果然，禦天敵叛變了。他殺了鐵皮，用腐蝕性的酸槍把他融化，帶著能量柱跑了。
原來，禦天敵知道內戰遲早會搞垮塞伯坦，所以他希望內戰結束。禦天敵認為，戰爭的結束需要壹方獲勝，這意味著另壹方被徹底消滅或遭受重大打擊。“太空橋”技術既可以用作運輸技術，也可以用作即時武器。使用“太空橋”可以對敵人造成毀滅性的打擊。擎天柱拒絕用這種技術“屠殺”霸天虎。當時啟動空間橋需要威震天控制的火種源。在存放火種源的基地，汽車人遭到伏擊，損失慘重。成功突圍的汽車人會在指定地點集合。這是利用“太空橋”傳送炸彈，壹舉摧毀汽車人主力和核心指揮層的好機會。內戰也會結束。禦天敵的計劃似乎很冷，但它可能真的會在塞伯特恩陷入困境之前結束內戰。但是，這個時候我們要想起G1擎天柱說過的壹句話“沒有正義的勝利毫無價值，沒有自由的和平毫無意義！”禦天敵就像壹個“悲劇英雄”。他曾經是擎天柱等人的信仰來源。我們只能說，面對困境，禦天敵和擎天柱對他們的信仰做出了不同的選擇。
現在，禦天敵和威震天可以再次開始他們的宏偉計劃了。他們喚醒了潛伏在月球上很久的秘密霸天虎軍隊，並通過“太空橋”把他們送到了地球。
看到這麽多霸天虎，人類放棄了，把所有的委屈都攬在車頭上，叫他們馬上離開地球。汽車人別無選擇，只能準備登上飛船。
這時，山姆去迪倫的派對和卡莉和好。誰曾想到迪倫是幫助霸天虎的最大頭目？他綁架了卡莉，強迫山姆做間諜，提供汽車人的信息，看他們是否在策劃反擊，還派了壹個霸天虎機器人跟蹤山姆，記錄山姆和他周圍人的言行。如果薩姆不服從，卡莉就會死。
山姆找到擎天柱和汽車人，問他們有什麽計劃。擎天柱說他們沒有計劃，就默默離開了。他們剛離開。飛船在半空中被紅蜘蛛擊落，汽車人似乎全軍覆沒。
薩姆不得不向轉到基地工作的前軍官埃普斯尋求幫助，追蹤迪倫並營救卡莉。經過壹番追蹤，他們在芝加哥找到了迪倫和他們，於是薩姆、埃普斯和後者的軍部戰友也去了芝加哥。
芝加哥現在已經成為霸天虎的天堂。幸運的是，大多數人類幸存者已經離開。就在艾普斯和山姆認為沒有希望的時候，汽車人突然出現了！原來壹切都是計劃好的，在飛船爆炸之前，他們已經帶著火箭偷偷溜出了飛船。
此時，禦天敵和威震天正計劃再次開啟太空橋。這壹次，他們想把整個塞伯特恩星球送到地球。