幾十年來，完成了敦煌三個石窟的加固工程，以及壁畫和彩塑的修復加固。同時，幫助完成或正在完成新疆、青海、甘肅、河南、寧夏、西藏、浙江等省的壁畫、彩塑修復、土遺址加固工程等數十項重大文物保護維修項目。目前，科技部、國家文物局等部門下達的保護科研項目有40多個。其中獲得國家和省級獎勵12項，國家發明專利1項。近年來，該所與國內部分高校和科研院所合作，先後完成了甘肅省科委重點科技攻關項目“敦煌壁畫計算機存儲與管理系統研究”、國家科委“九五”國家重點科技項目“瀕危珍貴文物信息計算機存儲與復制系統”、國家863項目“曙光電源工作站在文物保護中的應用”和國家自然科學基金等高科技項目。上述項目的研究和實施，將為我國利用計算機技術存儲文物開辟壹個新的領域。
自20世紀80年代末以來，敦煌莫高窟保護國際合作項目先後與東京國立文化財產研究所、美國蓋蒂保護研究所(GCI)、東京藝術大學、日本大阪大學、美國梅隆基金會、美國西北大學等國外機構合作，開展敦煌石窟保護與保存研究。65438-0993年，我院與GCI、中國文物研究所成功舉辦了“古絲綢之路遺址保護國際學術會議”。由聯合國教科文組織資助、國家文物局委托舉辦的“中國石窟文物保護研究培訓班”。2000年，受國家文物局委托，舉辦了“地球遺址保護培訓班”。
敦煌研究院保護研究所將立足敦煌，面向全國石窟、壁畫、土遺址，放眼世界，繼續加強與國內外的合作與交流，抓住西部大開發難得的發展機遇，為保護人類文化遺產做出新的貢獻。美術學院源於1944成立的國立敦煌藝術學院。1950後為敦煌文物研究所美術研究室，1984為敦煌研究院美術研究所。
目前美術學院有專業人員20人，其中畫家16人，雕塑家2人，裝飾師2人，管理人員1人。
美術學院主要從事敦煌壁畫的臨摹和復制，敦煌藝術的理論研究和藝術創作活動。是國內具有壹定規模和水平的壁畫臨摹、臨摹、研究的專業機構。
美術學院經過幾代人的努力，現已擁有壁畫2000余冊，彩塑50余件，原洞11份，研究論文30余篇。除臨摹敦煌莫高窟、玉林石窟、西千佛洞壁畫外，還應邀臨摹、臨摹陜西張淮太子墓、義德太子墓、新疆基齊爾壁畫、白城、嘉峪關壁畫、敦煌魏晉墓室磚。
為了弘揚中華民族的優秀文化遺產，從1943到2000年底，敦煌壁畫和彩塑在國內外展出20多次，讓更多的人了解古代勞動人民創造的燦爛的敦煌藝術。
美術學院為敦煌火車站、蘭州火車站創作了大型室內外壁畫。為香港智聯靜園創作佛教壁畫。在繼承傳統藝術精髓，創作新壁畫的道路上，留下了探索的足跡。敦煌研究院敦煌文獻研究所，成立於1980，原為敦煌文物研究所遺書研究室，1984擴建為敦煌研究院遺書研究所，1995更名。作為敦煌研究院專門從事敦煌文獻整理和研究的職能部門，主要從事敦煌莫高窟出土的各類文獻的整理和研究，包括敦煌佛教文獻、敦煌社會經濟文獻、敦煌歷史地理文獻、敦煌科技史文獻、敦煌文學文獻、敦煌道教等宗教文獻、敦煌藏經洞藝術品等。敦煌文獻研究所的研究人員根據敦煌學發展的需要和自身的研究條件，主要側重於敦煌文獻與敦煌石窟的結合，敦煌文獻與敦煌歷史地理的結合。
敦煌研究院編輯部
敦煌研究院編輯部的主要職能是編輯、出版、發行敦煌學，策劃、組稿、編輯敦煌學文集、地圖集。部編《敦煌學》自1983創刊以來，不定期出版季刊和雙月刊。20年來，先後出版了70余期，與大型國際學術研討會合作出版了5期增刊。該刊在我國敦煌學術界和期刊界產生了良好的影響。國內外壹些國家圖書館、大學、科研機構和文物部門被列為常設期刊，壹些專家學者必備書桌的期刊也被列為我國社會科學核心期刊。《敦煌研究》先後獲得甘肅省優秀社科期刊獎、壹類名牌期刊獎、全國優秀社科期刊獎，進入全國第壹、二屆全國百種重點社科期刊和“雙高”期刊。
20年來，該部先後組織編輯出版了《全國敦煌學研討會文集1983》(4卷)、《國際敦煌石窟研討會文集1987》(2卷)、《國際敦煌學研討會文集1990》(4卷)、《敦煌學研討會文集1994》。他們中的許多人獲得了省級和國家級出版獎。編輯部以展示學術成果、弘揚敦煌藝術為己任，敦煌研究院影像部的主要職能是為敦煌石窟的保護、研究和宣傳提供圖片、視頻等資料。該部門現有自20世紀50年代以來拍攝的各類石窟攝影資料近4萬幅。自20世紀80年代以來，已拍攝了近100個視頻。
長期以來，該部承擔了大量國內外敦煌石窟藝術出版物的圖片攝影工作，如《中國美術全集敦煌壁畫卷》、《中國美術雕塑全集卷》、《中國石窟敦煌莫高窟(5卷)》、《中國石窟安西玉林石窟》、《中國壁畫敦煌全集(10卷)》等。該部還制作了莫高窟藝術的視頻專題片和敦煌莫高窟藝術的VCD光盤；除拍攝石窟文物外，該部還拍攝了大量有關絲綢之路名勝古跡和自然風光的攝影作品，並結集出版。敦煌研究院的展示中心叫“敦煌石窟文物保護研究展示中心”。是中國唯壹的石窟文物保護展示機構，占地面積20000多平方米，建築面積5000多平方米。由日本政府無償援建，1992年2月開工，1994年4月竣工，同年8月21日正式開業。
該中心有壹個視頻工作室和三個展覽區，在這裏可以展示敦煌石窟藝術的精髓及其發展過程的概況。在第壹展區，有八個原始復制洞穴，即敦煌莫高窟十六國時期的275號洞穴，西魏時期的249號和285號洞穴，隋代時期的419號洞穴，唐初時期的220號洞穴，盛唐時期的217號洞穴，元代的3號洞穴和安西玉林石窟中唐時期的25號洞穴，它們都是各個時期的傑出代表洞穴，表明，第二展區是敦煌石窟文物展，展示敦煌石窟出土的精美文物。第三展區，位於中央展廳二樓，為流動展區，可舉辦各類展覽和特色文物。官方展出的是“西藏青銅雕刻藝術展”，展示的是藏傳佛教的精美雕塑，具有很高的文物價值和觀賞價值。
展示中心下設文物收藏管理、展覽、講解服務、設備管理等部門，管理展示中心的日常運營和對外開放，承辦敦煌研究院的各類展覽和對外展示活動。為人們全面深入地了解敦煌石窟和敦煌佛教藝術提供了有力的幫助和支持，敦煌藏經洞展廳是敦煌研究院展覽中心所轄的專門展廳。它位於敦煌莫高窟南區北端的三清宮，毗鄰著名的藏經洞(第17窟)。三清宮俗稱司夏。清光緒二十六年(1900)五月，湖北麻城人王道士在寺側發現了藏經洞。後於清光緒三十四年(1908)重修原三清宮，並在此居住。該寺是年久失修的藏經洞文物發現和被盜的重要見證。在藏經洞發現壹百周年之際，敦煌研究院對這座寺廟進行了修復重建，將其打造成“敦煌藏經洞陳列館”，為後人展示了藏經洞的精美文物及其發現和流散的史實。
藏經洞展廳陳列著王道士的故居，展示了藏經洞的發掘、封閉、發現、流散、被盜的史實，展示了敦煌研究院收藏的出土文獻、佛經等文物真跡，展示了現藏於大英博物館和法屬博物館的帛畫、紙畫摹本。是敦煌莫高窟重要的遊客接待場所。敦煌研究院接待部主要負責莫高窟藝術的講解和宣傳。講師都接受過系統的專業培訓和嚴格的考核。有七種語言:漢語、英語、日語、法語、德語、韓語和俄語。外語口譯員在正規外語院校受過系統的學習，能夠用流利的語言進行講解。
為了在確保文物安全的前提下做好旅遊接待工作，我部的接待辦法是:
首先，所有遊客都由該部的講解員帶領。
第二，旅遊團隊購買機票後會直接聯系講解員。
第三，國內嘉賓在入口處集合，每25人為壹組，派壹名講解員帶隊參觀。
4.旅遊旺季(6-10月)，散客每天定時安排外語講解(上午9: 00，下午2: 30)，其他月份安排隨叫隨到。
五、“五壹”國際勞動節、“十壹”國慶節和農歷四月初八(浴佛節)，實行內部客人守洞講解、外賓帶領遊覽講解的方式。敦煌研究院保衛處成立於1989年8月。主要負責敦煌研究院管轄的莫高窟、玉林石窟、西千佛洞的安全保衛和文物收藏，以及轄區內的治安管理。落實“防盜、防火、防損、防災”的各項安全防範措施。嚴格治安管理，加強社會治安綜合治理。防範和打擊各類違法犯罪活動，確保文物安全和社會秩序穩定，為敦煌研究院各項事業的順利發展保駕護航。
1989以來，敦煌研究院保衛處連續多年被酒泉地區、敦煌市評為“社會治安綜合治理”先進單位；自1994獲得酒泉地區公安系統“壹級達標”單位；連續多年被敦煌市公安局評為公安系統先進集體；1996榮獲“全國文化文化系統安全工作”先進集體；2000年獲得酒泉地區“無毒社區”稱號；2001被敦煌市評為“消防工作先進單位”。敦煌研究院黨委辦公室是該院黨委下屬的綜合辦公室。主要職責是調查研究黨的路線方針政策和全院貫徹執行情況，向黨委提出貫徹意見，並組織實施；掌握院內黨員、幹部和群眾的思想動態，進行綜合分析研究，有目的、有計劃地安排黨員、幹部和群眾學習；檢查督促各黨支部落實黨委決議和組織生活，積極做好發展黨員工作；按照《黨政領導幹部選拔任用工作條例》，做好幹部培養、考察和任用工作；做好黨內監督，配合駐院紀檢組，加強黨風廉政建設，做好黨員幹部來信來訪工作；搞好我院愛國主義教育基地建設；做好共青團、婦女、統戰、保密和社會治安綜合治理工作；做好黨內文件的收發、傳閱、處理和歸檔工作。