二戰太平洋戰爭開戰時的聯合艦隊編成為：
聯合艦隊直屬 司令長官：山本五十六大將
第壹艦隊 司令長官：高須四郎中將
第二艦隊 司令長官：近藤信竹中將
第三艦隊 司令長官：高橋伊望中將
第四艦隊 司令長官：井上成美中將
第五艦隊 司令長官：細萱戊子郎中將
第六艦隊 司令長官：清水光美中將
第壹航空艦隊 司令長官：南雲忠壹中將
第十壹航空艦隊 司令長官：冢原二四三中將
南遣艦隊 司令長官：小澤治三郎中將
註意：南雲是第壹航空艦隊，而不是第壹艦隊的司令長官。
以下為各艦隊配屬
聯合艦隊直屬 司令長官：山本五十六大將
第壹戰隊 戰艦/長門、陸奧
第二四戰隊 特設巡洋艦/報國丸、愛國丸、清澄丸
第壹〇航空戰隊 水上機母艦/瑞穂、千歲
第四潛水戰隊 輕巡洋艦/鬼怒、潛水艦/6只
第五潛水戰隊 輕巡洋艦/由良、潛水艦/6只
水上機母艦/千代田
驅逐艦/矢風
標的艦/攝津
工作艦/明石
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第壹艦隊（以戰艦為主軸的主力艦隊） 司令長官：高須四郎中將
第二戰隊 戰艦/伊勢、日向、扶桑、山城
第三戰隊 戰艦/金剛、榛名、霧島、比睿
第六戰隊 重巡/青葉、衣笠、古鷹、加古
第九戰隊 輕巡/北上、大井
第三航空戰隊 空母/鳳翔、瑞鳳 驅逐艦/三日月、夕風
第壹水雷戰隊 輕巡/阿武隈
第六驅逐隊 驅逐艦/雷、電、響、暁
第壹七驅逐隊 驅逐艦/浦風、磯風、谷風、浜風
第二壹驅逐隊 驅逐艦/初春、子ノ日、初霜、若葉
第二七驅逐隊 驅逐隊/有明、夕暮、白露、時雨
第三水雷戰隊 輕巡/川內
第壹壹驅逐隊 驅逐艦/吹雪、白雪、初雪
第壹二驅逐隊 驅逐艦/叢雲、東雲、白雲
第壹九驅逐隊 驅逐艦/磯波、浦波、敷波、綾波
第二〇驅逐隊 驅逐艦/天霧、朝霧、夕霧、狹霧
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第二艦隊（以重巡洋艦為主軸的艦隊） 司令長官：近藤信竹中將
第四戰隊 重巡/高雄、愛宕、鳥海、摩耶
第五戰隊 重巡/那智、羽黒、妙高
第七戰隊 重巡/最上、熊野、鈴谷、三隈
第八戰隊 重巡/利根、築摩
第二水雷戰隊 輕巡/神通
第八驅逐隊 驅逐艦/朝潮、満潮、大潮、荒潮
第壹五驅逐隊 驅逐艦/黑潮、親潮、早潮、夏潮
第壹六驅逐隊 驅逐艦/初風、雪風、天津風、時津風
第壹八驅逐隊 驅逐艦/霞、霰、陽炎、不知火
第四水雷戰隊 輕巡/那珂
第二驅逐隊 驅逐艦/村雨、夕立、春雨、五月雨
第四驅逐隊 驅逐艦/嵐、萩風、野分、舞風
第九驅逐隊 驅逐艦/朝雲、山雲、夏雲、峰雲
第二四驅逐隊 驅逐艦/海風、山風、江風、涼風
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第三艦隊（用以攻占菲律賓的艦隊） 司令長官：高橋伊望中將
第壹六戰隊 重巡/足柄 輕巡/長良、球磨
第壹七戰隊 敷設艦/厳島、八重山 特設敷設艦/辰宮丸
第五水雷戰隊 輕巡/名取
第五驅逐隊 驅逐艦/朝風、春風、松風、旗風
第二二驅逐隊 驅逐艦/臯月、水無月、文月、長月
第六潛水戰隊 潛水母艦/長鯨
第九潛水隊 潛水艦/伊－123、伊－124
第壹三潛水隊 潛水艦/伊－121、伊－122
第壹根據地隊 敷設艦/白鷹、蒼鷹 掃海艇、驅潛艇、水雷艇
第二根據地隊 敷設艦/若鷹 掃海艇、驅潛艇、水雷艇
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第四艦隊 司令長官：井上成美中將
旗艦 練習巡/鹿島
第壹八戰隊 輕巡/天龍、龍田
第壹九戰隊 敷設艦/沖島、海防艦/常盤、津輕
第六水雷戰隊 輕巡/夕張
第二九驅逐隊 驅逐艦/追風、疾風、朝凪、夕凪
第三〇驅逐隊 驅逐艦/睦月、如月、彌生、望月
第七潛水戰隊 潛水母艦/迅鯨
第二六潛水隊 潛水艦/呂－60、呂－61、呂－62
第二七潛水隊 潛水艦/呂－65、呂－66、呂－67
第三三潛水隊 潛水艦/呂－63、呂－64、呂－68
第三根據地隊 掃海艇、驅潛艇
第四根據地隊 掃海艇、驅潛艇
第五根據地隊 掃海艇、驅潛艇
第六根據地隊 掃海艇、驅潛艇
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第五艦隊（北方防衛用艦隊） 司令長官：細萱戊子郎中將
第二壹戰隊 輕巡/多摩、木曾
第二二戰隊 輸送艦/粟田丸、淺香丸
第七根據地隊 掃海艇、驅潛艇
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第六艦隊（潛水艦隊） 司令長官：清水光美中將
旗艦 練習巡/香取
第壹潛水戰隊 特設潛水母艦 靖國丸、伊－9
第壹潛水隊 潛水艦/伊－15、伊－16、伊－17
第二潛水隊 潛水艦/伊－18、伊－19、伊－20
第三潛水隊 潛水艦/伊－24、伊－25、伊－26
第二潛水戰隊 特設潛水母艦 さんとす丸、伊－7、伊－10
第七潛水隊 潛水艦/伊－1、伊－2、伊－3
第八潛水隊 潛水艦/伊－4、伊－5、伊－6
第三潛水戰隊 潛水母艦/大鯨、伊－8
第壹壹潛水隊 潛水艦/伊－74、伊－75
第壹二潛水隊 潛水艦/伊－68、伊－69、伊－70
第二〇潛水隊 潛水艦/伊－71、伊－72、伊－73
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第壹航空艦隊 司令長官：南雲忠壹中將
第壹航空戰隊 空母/赤城、加賀
第七驅逐隊 驅逐艦/曙、潮、漣
第二航空戰隊 空母/蒼龍、飛龍
第二三驅逐隊 驅逐艦/菊月、夕月、卯月
第四航空戰隊 空母/龍驤、春日丸
第三驅逐隊 驅逐艦/汐風、帆風
第五航空戰隊 空母/翔鶴、瑞鶴
第三壹（？）驅逐隊 驅逐艦/朧、秋雲
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第十壹航空艦隊（陸上航空部隊） 司令長官：冢原二四三中將
第21航空戰隊
第22航空戰隊
第23航空戰隊
驅逐艦峰風、沖風
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南遣艦隊 司令長官：小澤治三郎中將
輕巡/香椎 海防艦/占守
第九根拠地隊 掃海艇、驅潛艇
第四潛水戰隊 輕巡洋艦/鬼怒
第壹八潛水隊 潛水艦/伊－53、伊－54、伊－55
第十九潛水隊 潛水艦/伊－56、伊－57、伊－58
第二壹潛水隊 潛水艦/呂－33、呂－34
第五潛水戰隊 輕巡洋艦/由良
第二八潛水隊 潛水艦/伊－59、伊－60
第二九潛水隊 潛水艦/伊－62、伊－64
第三〇潛水隊 潛水艦/伊－65、伊－66