002 董事長千金誘拐事件(阿笠博士知道其身份，工藤新壹化名為江戶川柯南） 043 江戶川柯南誘拐事件(父母知道變小)
048 外交官殺人事件（上集）
049 外交官殺人事件（下集）(服部平次登場，工藤新壹第壹次恢復)
054 電玩公司殺人事件 (龍舌蘭出現，被炸死)
057 福爾摩斯迷殺人事件（上集）
129 來自黑暗組織的女子 大學教授殺人事件 (灰原哀出場）
131 競技場無差別脅迫事件(後篇)(灰原說出了工藤新壹與組織在半個世紀前就有了關系)
170 黑暗之中的死角 （上集）（重要人物新出醫生登場）
171 黑暗之中的死角（下集）
176 與黑暗組織的再會（灰原篇）(皮斯克出場)
177 與黑暗組織的再會（柯南篇） （宮野誌保第壹次恢復）
178 與黑暗組織的再會（解決篇） （皮斯克被琴酒滅口，貝爾摩德出場） 188 性命交關的復活-洞窟內的偵探團
189 危命的復活_負傷的名偵探
190 危命的復活_第三種選擇 （工藤新壹第二次恢復）
191 危命的復活_黑衣騎士
192 危命的復活_新壹回來了
193 危命的復活_約定的場所
226 格鬥遊戲的陷阱（上集） （茱蒂出場）
227 格鬥遊戲的陷阱（下集）
230 謎壹樣的乘客（上集） （赤井秀壹出場，形勢復雜）
231 謎壹樣的乘客（下集）
242元太的災難（提到GIN是左撇子)
258 來自芝加哥的男子（上集） （詹姆斯·布蘭克出場）
259 來自芝加哥的男子（下集）
269 犯罪的遺物 （上集） （毛利小五郎的卷宗被盜，目標直指柯南）
270 犯罪的遺物 （下集）
271 急忙掩飾的忽略（上集）
272 急忙掩飾的忽略（下集） （灰原被懷疑，形勢危急）
277 英語教師VS西部名偵探（上集） （柯南叫博士調查克裏斯·賓亞德，茱蒂開始受懷疑）
278 英語教師VS西部名偵探（下集）
279 迷宮的陰暗（上集）
280 迷宮的陰暗（下集）
286 工藤新壹紐約事件（事件篇） （發現克裏斯就是美國已故大明星莎隆.賓亞德的女兒。）
287 工藤新壹紐約事件（推理篇）
288 工藤新壹紐約事件（解決篇）（貝爾摩德扮成殺人魔登場，赤井秀壹對其進行追蹤）
289 迷途森林的光彥（前篇）
290 迷途森林的光彥（後篇）
307 無聲的證據（前篇）（再次抓住黑暗組織的尾巴）
308 無聲的證據（後篇）（下壹集的引子）
309 與黑暗組織的接觸（交涉篇）
310 與黑暗組織的接觸（追蹤篇）
311 與黑暗組織的接觸（決死篇）（柯南得知組織在雇傭電腦工程師編寫壹個神秘的系統軟件）
329金錢買不到的友情（上集）（本集中提到了灰原的父親：宮野厚司。是阿笠博士的舊識。)
330金錢買不到的友情（下集）
335 東京現影所的秘密（前篇） （灰原被跟蹤，山雨欲來）
336 東京現影所的秘密（後篇）
338 四輛保時捷（前篇）
339 四輛保時捷（後篇）（茱蒂、赤井發現灰原與黑衣組織有聯系）
340 廁所裏隱藏的秘密（前篇）
341 廁所裏隱藏的秘密（後篇）（灰原在廁所中找到了媽媽留下的錄音留言） 343 便利店的陷阱（前篇）
344 便利店的陷阱（後篇）（小蘭發現茱蒂老師公寓墻後的照片，引起對朱蒂身份的懷疑）
345 直面黑色組織的對決!滿月之夜的二元神秘事件 （茱蒂、赤井、詹姆斯身份曝光）
346 尋找P股上的印記（前篇） （為上壹集善後）
347 尋找P股上的印記（後篇）
361 帝丹高中的學校怪談（前篇）
362 帝丹高中的學校怪談（後篇）（真正的新出醫生回歸）
374 星星和香煙的暗號（前篇）（開頭柯南想起沈默的航線中兇手在警局本想要給鳥取縣的朋友打電話，但最終沒有打，懷疑是否和組織有關）
375 星星和香煙的暗號（後篇）（結尾處柯南聽到山村警官給鳥取縣的奶奶撥號的按鍵聲很震驚，其實是和貝爾摩德輸boss手機號碼時的按鍵聲很相似，推測boss在鳥取縣）
385 斯特拉迪瓦裏小提琴的不和諧音(前奏曲)
386 斯特拉迪瓦裏小提琴的不和諧音(間奏曲)
387 斯特拉迪瓦裏小提琴的不和諧音(尾奏曲) (boss的手機號被發現，鬥爭新動向）
425 被組織的魔掌觸碰的瞬間 （水無憐奈、基安蒂、科恩出場，烽煙再起） 429 無法回到從前的兩人(前篇) （本堂瑛佑出場）
430 無法回到從前的兩人(後篇)
462 黑暗組織的影子 年幼的目擊者 （本堂瑛佑行事詭異，引起柯南註意） 463 黑暗組織的影子 奇妙的照明
464 黑暗組織的影子 謎樣的高額報酬
465 黑暗組織的影子 珍珠的流星
484 黑色照片的去向（前篇）
485 黑色照片的去向（後篇）
491 紅與黑的碰撞 開始 （最精彩的壹個系列，不可不看）
492 紅與黑的碰撞 血緣
493 紅與黑的碰撞 絕叫
494 紅與黑的碰撞 冥土
495 紅與黑的碰撞 昏睡
496 紅與黑的碰撞 侵入
497 紅與黑的碰撞 覺醒
498 紅與黑的碰撞 攪亂
499 紅與黑的碰撞 偽裝
500 紅與黑的碰撞 遺言
501 紅與黑的碰撞 嫌疑
502 紅與黑的碰撞 潔白
503 紅與黑的碰撞 決死
504 紅與黑的碰撞 殉職 （第二次對決，赤井秀壹疑似犧牲，水無憐奈CIA身份遭到組織懷疑）
507 卡拉OK包房的死角（前篇)
508 卡拉OK包房的死角（後篇）（本堂瑛佑知道柯南是工藤新壹，柯南在得知FBI有人死了之後想：沒問題。這也成為赤井秀壹沒有死的疑似證據之壹）
509 紅白黃色與偵探團（水無憐奈給朱蒂傳遞信息，組織派出壹名代號為波本的成員專門調查雪莉。沖矢昴出場，灰原哀察覺出異樣）
510 柯南VS W暗號之謎
511 推理對決！新壹VS沖矢昴
521 殺人犯 工藤新壹
522 新壹的真正身份和蘭的眼淚（工藤新壹第三次恢復）
523 真正想問的事
524 令人憎恨的藍色火花（前篇）（最前面壹部分，交代上壹集的結果） 542 讓魚兒消失的壹角巖(前篇)
543 讓魚兒消失的壹角巖(後篇)（沖矢昴的言語直逼灰原）
563 偵探團VS強盜團(騷亂)
564 偵探團VS強盜團(沈默)（疑似赤井秀壹的人登場)
578 召喚危機的紅色預兆
579 黑與13的暗示
580 緊迫黑色的時限
581 紅色的搖擺目標（水無憐奈被琴酒懷疑沒有殺掉赤井秀壹，琴酒準備讓基安蒂對疑似赤井秀壹的人進行狙擊但並未成功）
基德：076《柯南對怪盜基德》
132《魔術愛好者殺人事件（事件篇）》
133《魔術愛好者殺人事件（疑惑篇）》
134《魔術愛好者殺人事件（解決篇)）》
219《名偵探大集合 工藤新壹VS怪盜基德》
356《怪盜基德之奇異的空中步行》
394《奇異屋宇的大冒險（封印篇）》
395《奇異屋宇的大冒險（機關篇）》
396《奇異屋宇的大冒險（解決篇) 》
469《基德與四幅名畫（前篇) 》
470《基德與四幅名畫（後篇) 》
472《工藤新壹少年時的冒險（前篇)》
473《工藤新壹少年時的冒險（後篇) 》
515《怪盜基德的瞬間移動魔術》
537《怪盜基德VS最強金庫（前篇）》
538《怪盜基德VS最強金庫（後篇）》
586《黑暗中消失的麒麟之角》
高木和佐藤：146-147 本廳刑事的戀愛物語1 柯南等人被牽扯的案件，佐藤和高木邀請柯南等人錄口供，命案卻在警察眼皮底下發生了！佐藤心底到底是喜歡白鳥還是更愛高木？案件的真相是否就是戀愛的真相？
156-157 本廳刑事戀愛物語2 佐藤壹廂情願相信犯人，卻就此身處危機，高木手上握著佐藤的生命，他能否找到真相和佐藤如約相聚？
205-206 本廳刑事的戀愛物語3 佐藤想起了爸爸殉職那天的情景，發誓必將在法律追訴期前抓到那名犯人。高木意外知道真相，卻因此被陷入犯火犯設下的迷局。在高木生死未蔔時，佐藤能否抓住陷害爸爸的犯人，又能否挽回心愛之人的生命？
253-254 本廳刑事戀愛物語4 佐藤隨腳挑出的相親對象居然是白鳥警官，佐藤在焦急等待遲遲未現高木時候，高木卻卷入了壹起怪異事件，不同證人的不同證詞，三個形態各異的人都不符合證人的證詞。在千鈞壹發之際，工藤新壹出現了........
358-359 本廳刑事的戀愛物語5 高木和佐藤在公園約會，卻惹來了以白鳥警官為首的警察人員的強烈不滿，在嚴密的監視下的約會，柯南等人的“搗蛋集團”又破壞了美好的約會，接下來的事件又奪走了高木送給佐藤的戒指？！高木，妳要鼓起勇氣奪回戒指！
390-391 本廳刑事戀愛物語6 由美偷聽到了高木會被派出支援外地，在白鳥的冷嘲熱諷下，步美卻意外看到了殺人案的嫌疑犯——千葉警官的室友？兇手玩的時間魔術，不在場證明的成功偵破，能不能挽留可愛的高木警官呢？
431-432 本廳刑事的戀愛物語7 在聯誼會上，柯南遇到了離奇的綁架事件！秘密就隱藏在寄回的信封裏。高木佐藤又將再次攜手！最後的時刻必會到來…… 449 本廳刑事戀愛物語8——虛假的婚禮 警察接到了奇怪案件，應案件需要，高木和由美居然化妝成夫妻結婚？這點讓高木很煩。隱藏在婚禮背後的，是怎樣壹個天大謊言？
487 本廳刑事戀愛物語9——左手的無名指 最近，在佐藤左手的無名指上，帶著壹枚戒指，這象征著什麽秘密？就在高木心懷疑惑之時，命案發生了！關鍵就是死者手上的戒指，兇手創造的密室之中，到處都渲染著詭異。佐藤能否把手上的戒指的秘密告訴高木，借助這個秘密，他又能否揭開密室之謎？
平次：048 外交官殺人事件（前篇）
049 外交官殺人事件（後篇）
057 福爾摩斯迷殺人事件（前篇）
058 福爾摩斯迷殺人事件（後篇）
077 名門連續慘死事件（前篇）
078 名門連續慘死事件（後篇）
117 推理小說家失蹤事件（後篇）*(引子以及打給出版社的電話）
118 浪花連續殺人事件（1小時特別篇）
141 結婚前夜的密室事件（前篇）
142 結婚前夜的密室事件（後篇）
166 鳥取縣蜘蛛公館的怪事（事件篇）
167 鳥取縣蜘蛛公館的怪事（疑惑篇）
168 鳥取縣蜘蛛公館的怪事（解決篇）
174 20年的殺意 新佛尼號連續殺人事件 （1.5小時特別篇）
189 危命的復活 負傷之下的名偵探 * (探望受傷的柯南)
190 危命的復活 第三種選擇
191 危命的復活 黑衣騎士
192 危命的復活 歸來的新壹*
221 滿口謊言的委托人（後篇）*(引子)
222 人魚失蹤記（事件篇）
223 人魚失蹤記（推理篇）
224 人魚失蹤記（解決篇）
238 大阪的3個K事件（前篇）
239 大阪的3個K事件（後篇）
240 新幹線護送事件(前篇) *(收尾)
263 大阪雙重迷案-浪花劍士與太閣之城（1.5小時特別篇）
277 英語教師VS關西名偵探（上）
278 英語教師VS關西名偵探（下）
291 孤島的公主與龍宮城（事件篇）
292 孤島的公主與龍宮城（追求篇）
293 孤島的公主與龍宮城（解決篇）
323 服部平次壹籌莫展（前篇）
324 服部平次壹籌莫展（後篇）
325 火焰中的紅馬（事件篇）
326 火焰中的紅馬（搜查篇）
327 火焰中的紅馬（解決篇）
345 與黑衣組織直面對決 滿月之夜的雙重迷案（2小時特別篇）
371 沈默的航線（前篇）*（壹個鏡頭）
381 誰的推理秀（前篇）
382 誰的推理秀（後篇）
383 甲子園的奇跡 絕不能輸給看不見的惡魔（1.5小時特別篇）
406 柯南和平次的推理魔術（操縱篇）
407 柯南和平次的推理魔術（公館篇）
408 柯南和平次的推理魔術（解決篇）
479 和服部平次壹起的3天（1.5小時特別篇）
484 黑色照片的去向（前篇）*(告訴柯南自己對本堂瑛佑的調查結果)
490 服部平次vs工藤新壹 滑雪場的推理對決!
491 紅與黑的碰撞 開端*（收尾）
509 紅白黃色與偵探團 * (柯南回憶《火焰中的紅馬》情節)
515 怪盜KID的瞬間移動魔術(1小時特別篇）*（引子）
516風林火山 迷宮的鎧甲武士(特別篇）
517風林火山 陰和電閃的終結
521 殺人犯-工藤新壹 (1小時特別篇)
522 新壹的真實身份與蘭的眼淚 (1小時特別篇)
523 真正想問的事
524 令人憎恨的藍色火花(前篇) *（給柯南打電話）
554 鸛的探索之旅(蘭搜索篇)
555 鸛的探索之旅(陽菜追蹤篇)
572 妖怪倉庫中的奪寶戰鬥(後篇）（也算，躲在倉庫後面）
573 害羞的護身符的去向（前篇）
574 害羞的護身符的去向（後篇）