清代檔案是清代歷朝中央及地方各種機構，在處理日常公務活動中形成的文書、圖籍及檔冊等，是清代政務活動的原始記錄。包括清官內閣大庫檔案、國史館（清史館）、方略館及宮中各處庋藏的“大內檔案”以及宮外其他中央機構和地方機構的檔案，還包括部分個人檔案。
清代檔案的內容極其豐富，涉及清代政治、經濟、軍事、文化、外交、宗教、教育、司法、民族、風俗、天文、地理、氣象、水利、地震、災異、外國侵華、農民戰爭以及宮廷生活、皇族事務、典章制度等各個方面。
清代檔案的發現。
清光緒二十四、五年（1898、1899年）間，內閣大庫因年久失修，雨水滲漏，需要加以修繕。為便於施工，將庫內所存檔案移出壹部分，暫存於大庫北面的文華殿中，其余仍露積於大庫垣內。後醇親王攝政需查閱清初多爾袞攝政典禮舊檔，檢之不得，遂認為庫內所存檔案無用者太多，奏請焚毀，並獲批準。時張之洞以大學士管理學部事務，奏請將大庫所藏書籍撥交學部，設立學部圖書館，學部參事羅振玉參與交接之事。羅振玉“見庭中堆積紅本題本，高若丘阜，皆依年月順序，結束整齊”，偶抽閱其中兩件，其中壹件為乾隆時漕運總督管幹珍督漕時之奏折；另壹件為乾隆時軍機大臣阿桂征金川時之奏折，兩者次第銜接。羅振玉“詢何以積庭中。始知即奏請焚毀物也，私意此皆重要史稿，不應毀棄”，亟建議張之洞奏請停止焚毀，並將擬焚之件撥交學部，存於國子監南學和學部大堂兩處。
民國成立後，教育部接管了清學部所存檔案。1913年教育部在國子監設歷史博物館籌備處，負責保管清代檔案。1916年該處遷往午門，將原存國子監及學部的檔案搬至午門和端門門洞中。但這批珍貴的檔案並未得到妥善保管，只是將其中較為完整的挑出，放在午門門樓上，其余的則裝入麻袋置於端門門洞中。1921年政府財政困難，教育部竟將存於端門門洞中的八千麻袋（約十五萬斤）檔案，以四千元價格賣給北京西單同懋增紙店作造紙原料。羅振玉得知此事，以三倍於原價的價錢，即壹萬二千元將檔案購回，這批珍貴的清代檔案才得以留存至今。這就是檔案史上著名的“八千麻袋事件”。
清代檔案的整理。
清代檔案卷帙浩繁、種類繁多、內容復雜、形式多樣，雜亂堆積在壹起，不利於保管和利用，必須進行系統整理。
首先將檔案區分全宗。全宗是指壹個獨立的機關、組織或著名人物在各項活動中形成的全部檔案。全宗原則是當今世界檔案學界所公認的檔案整理原則。整理檔案必須以全宗為單位，同壹全宗的檔案不得分散，不同全宗的檔案不得混雜在壹起。只有這樣才能保持文件之間的歷史聯系，便於管理和提供利用。
區分全宗後，還要對檔案進行分類，即將每個全宗的檔案按照不同的標準分成不同的類，每類之下再分成不同的項，每項之下再分目。常用的分類方法有：按文件名稱（文種）分類、按問題分類、按機構分類、按年代分類、按朝年分類等。
全宗內檔案分類後，還要根據檔案的不同情況進行立卷，即按照檔案文件的事由、名稱、作者、收發文機關、時間、地區等特征，將單份文件組成案卷。案卷是檔案最基本的保管、統計和檢索單位。清代檔案的立卷分為詳細立卷和簡單立卷兩種。詳細立卷需將卷內文件逐件摘由、排列、編號，並填寫“卷內文件目錄”和“卷末備考表”。簡單立卷則不需逐件摘由，僅排列順序，並附上備考表。
經過上述整理後，還要編制案卷目錄、人名卡片等檢索工具，以做到有規可循、有目可查。
清代檔案的收藏。
中國第壹歷史檔案館藏有清代檔案約九百余萬件（冊）。包括清入關前天命前九年（1607年）及入關後順治元年（1644年）至宣統三年（1911年）以及末代皇帝溥儀退位後，居住在紫禁城和寄居天津張園、靜園時期（1912—1934年）的檔案。包括內閣、軍機處、宮中等七十三個全宗。除漢文檔案外，還有滿、蒙、藏等少數民族文字的檔案以及英、日、俄、拉丁等外國文字的檔案。
中國第壹歷史檔案館所存清代檔案，幾乎涉及清代歷史的各個方面：內政方面，包括職官、官制、保警、禮儀、宮廷、陵寢、戊戌變法、、預備立憲等內容；軍務方面，包括營制、武職官員之升遷調補、軍事訓練、軍事工程等內容；外交方面，包括疆界訂約、開埠通商、交聘往來等內容；鎮壓人民反抗方面，包括鎮壓太平天國、撚軍、義和團運動、辛亥革命及其他反清鬥爭和秘密結社等內容；民族事務方面包括清入關前直至宣統末年為止，瑤、黎、蒙、回、藏、維、傣、高山、哈薩克等三十多個民族的情況；財政方面，包括賦稅、鹽務、捐輸、庫儲、倉儲、漕糧、經費、貨幣金融等內容；文教方面，包括有關科舉、國子監、修書各館、清末舉辦的各種學堂、文字獄等情況的檔案以及少量戲曲檔案；工業交通方面，包括驛站、臺站、清末修建鐵路、開辦郵電業務等內容；司法方面，包括土地房屋糾紛、錢財債務糾紛、盜竊詐騙案、家庭婚姻糾紛、貪汙受賄等刑事、民事案件的檔案材料；天文地理方面，包括編纂、公布歷書（時憲書）、記載日月星辰的變化以及日食、月蝕、地震等內容。
位於臺灣省臺北市郊外雙溪的臺灣故宮博物院是清代檔案的另壹集中保存中心。該院藏有清代檔案二百零四箱。其中，宮中檔三十壹箱，軍機處檔四十七箱，清史館檔六十壹箱，起居註冊五十箱，本紀九箱，實錄二箱，詔書壹箱，圖書，舊滿洲檔壹箱，雜項檔二箱，***計四十多萬件。宮中檔的內容，主要是滿、漢文朱批奏折及其附件；軍機處檔主要是月折包和檔冊兩大類；國史館檔包括清代國史館及民國初年清史館的檔案，主要是紀、誌、表、傳的各種稿本及其有關資料。
四川省檔案館所藏清代檔案***計十壹萬五千余卷，包括巴縣、重慶府、川東道、建昌道等九個全宗。其中，巴縣檔案是迄今發現的我國年代最早、數量最多的清代地方政府檔案，***十壹萬三千余卷，從乾隆二十二年（1757年）至宣統三年（1911年）長達壹個半世紀的歷史。
遼寧省檔案館存有清代檔案二十余萬卷。自天命、天聰（1616~1635年）至光緒、宣統（1875—1911年）的各朝文件都有保存，壹部分為原存於沈陽故宮崇謨閣的玉牒、實錄、滿文老檔、盛京內務府檔和戶口冊等；壹部分為偽滿洲國時期“國立奉天圖書館”保存的奉天交涉總司、盛京將軍和壹些縣的檔案。
此外，山東省曲阜孔府藏有順治至宣統年間的檔案六千五百二十七卷。西藏自治區檔案館保存有大量的清代藏文檔案。北京、吉林、黑龍江、內蒙古、青海等地方檔案館都收藏有數量不等的清代檔案。
值得壹提的是，至今尚有不少珍貴的清代檔案流散於國外，散落世界各地。這部分檔案主要存在於以下機構：英國公***檔案館、大不列顛博物館、倫敦大學；美國國家檔案局、國會圖書館、哈佛大學、斯坦福大學、日本東洋文庫；原蘇聯科學院以及法國、荷蘭等國家的壹些檔案館和圖書館。
清代檔案的公布。
青花雲龍紋瓶匯編公布檔案史料是開放利用清代檔案的重要方式。清代檔案匯編可以從不同角度、不同需要出發將檔案史料編纂成書，出版發行。具有專題性強、內容集中、使用方便等優點，可使利用者不到檔案館即可閱讀到所需檔案史料，並有利於檔案的長久、廣泛流傳。大多數檔案文獻匯編都經過編者的考證、加工、標點，有的還加有註釋、按語、序言、插圖、年表、凡例等，對讀者有壹定的指導和參考作用。許多檔案文獻匯編陸續出版發行，如《籌辦夷務始末》、《帝國主義與中國海關》、《清三藩史料》、《清代外交史料》、《中法戰爭》、《辛亥革命》、《天地會》、《義和團檔案史料》、《洋務運動》、《康熙起居註》、《戊戌變法檔案史料》、《清末籌備立憲檔案史料》、《清代中俄關系檔案史料選編》、《第二次鴉片戰爭》等以及臺灣出版的《宮中檔·康熙朝奏折》、《宮中檔·雍正朝奏折》、《宮中檔·乾隆朝奏折》、《宮中檔·光緒朝奏折》等等。
自1981年起發行的《歷史檔案》（季刊）雜誌，是以公布明、清檔案為主的資料性、學術性刊物，主要公布第壹歷史檔案館館藏檔案，並辟有“檔案史話”、“檔案館介紹”、“檔案介紹”、“檔案書刊評價”等欄目。
臺灣省故宮博物院自1969年起發行《故宮檔案》（季刊），定期公布清代檔案史料。
清代檔案的史料價值。
保存至今的這些清代檔案，是十七世紀初至二十世紀初，三百多年歷史的真實記錄，是我國保存下來的數量最多、最為集中的古代檔案，是研究清代歷史的第壹手資料，清代學者章學誠曾高度評價檔案的史料價值。檔案是最真實、可靠的第壹手史料，它能夠“補史之缺，參史之錯，詳史之略，續史之無”。
我國自古以來就有利用檔案編史修誌的優良傳統，通常存放檔案之處即是編史修誌之所。乾隆三十年十二月的起居註（漢文草本）就征引檔案近二十種之多。清代學者龔自珍曾利用檔案編纂《蒙古圖誌》；阮葵生每遇夜值之期，就“推長蠟三枝，竟夕披覽（檔案）不倦”，並借以寫成《茶余客話》壹書。
檔案作為壹種史料，也有其自身的局限性，即不完整性。就反映某壹復雜的歷史過程而言，對於某壹具體過程，檔案可能反映得很具體、細致、生動。但對於全過程，則常由於年代久遠、天災人禍以及自然損毀等原因，所反映的史實，或缺起始，或無結果，或缺少其中某壹過程或環節，不像系統的歷史著作能系統地反映歷史事件的本末和全貌。此外，就整體而言，檔案是原始的歷史記錄，是真實可信的。但並非每壹份檔案都可信，或其本身為贗品，或雖為真品，但由於種種復雜因素，其記載已嚴重失實。“盡信檔不如無檔”，因此，有時也需要利用圖書等其他文獻來補充檔案的不足。