這部電影的主要內容是：
人間小魔仙淩美琪、淩美雪在壹次觀星的活動中遇上了不知名的巨石墜落，檢拾了壹塊奇怪的發光石頭及救了壹頭受了重傷的小鳥，她們把受傷小鳥帶回家中，美琪更把發光石頭收藏起來。自這晚開始，離奇的事故不斷發生，並出現神秘人物。小藍告訴她們哈萊星的叛將艾莎奪去了哈萊王後的“星之鑰匙”，鑰匙主宰哈萊星的軌跡，魔仙女王交托的任務就是要替哈萊王後找回“星之鑰匙”及捉拿艾莎，否則會帶來星際災難。其後失控的哈萊星更沖向魔仙堡，若未能及時找到“星之鑰匙”，魔仙堡便跟哈萊星壹同毀滅。[1]
美琪失蹤，小藍發現原來艾莎是壹只鳥精靈，而為了拯救被電光力場困住的美琪，小藍跟遊樂甘於冒生命危險，最後艾莎竟出手相救，艾莎受傷昏倒，壹時間敵友難分，疑惑中的眾魔仙把艾莎帶回魔仙堡。重傷的艾莎說出了事情的真相，疑團盡消，眾魔仙於是同心協力，團結壹致，為保衛魔仙堡而連場激戰，最後誰能取回“星之鑰匙”呢？魔仙堡與星際的命運就在掌握在眾魔仙的手裏。
美麗魔幻的巴啦啦魔仙世界。魔仙命運的“星之鑰匙”神秘隕落，迷失在人類地球。致使傳說中的魔仙堡陷入毀滅性的星球撞擊危機，就連法力無邊的魔仙女王也身處險境……誰是制造危機的幕後黑手？
美麗變身的小藍姐姐，憑借全新升級的魔法棒，重回人類世界，聯手小魔仙美琪、美雪，***同守護正能量，揭穿大陰謀，保衛魔仙堡……
在魔仙堡，魔仙小藍和遊樂王子到精靈花園比誰能先摘到樹精靈的白葉子，小藍先爬上樹，就要摘到時，彩虹鳥突然向她問好，嚇得小藍從樹上掉下來，遊樂王子當然偷樂了，繼續去摘。這時，小藍用了飛行魔法把白葉子搶走了。遊樂氣憤她耍賴，說好不用魔法還是用了。不過，女生的公平就是要他輸，遊樂只好氣結了。
在人間，美琪、美雪和同學們觀星，美琪不會看，覺得課本寫的都是外星文；而美雪很快看到北極星在哪裏。美琪便嘲笑美雪懂外星文。過了壹會兒，壹塊隕石突然降臨，他們上前查看。美琪和美雪發現了壹只受了重傷的小鳥和壹塊發光的石頭，於是把小鳥帶回家救助，取名小星。美琪還把那塊發光的石頭當寶貝。
第二天早上吃早餐，美琪、美雪和淩爸要面對的是廚藝不好的淩媽在廚藝班學做的曲奇餅。這是經過她三天三夜思考的，造型參考後現代主義風格，糅合東西方文化藝術精髓的"藝術精品“——上天下海天旋地轉龍卷風曲奇，還聲稱是中國好曲奇，要開壹家曲奇店。實際上這些曲奇是難吃至極，如果開了曲奇店，他們肯定沒好日子過了。
晚上，突然來了兩個神秘人物（是哈萊王後的手下天狼和天蛇，所以壹個狼嚎，壹個像蛇那樣發出嘶嘶聲）。他們是要找壹樣東西。第二天，他們終於找到了，就是被美琪當成寶貝的石頭。於是他們就想方設法找那塊石頭。他們跟蹤美琪時，被美琪發現，於是變身對付，美雪也來幫忙。這時，小藍、遊樂王子突然也來了，他們壹起用魔法打退那兩個神秘人。神秘人不甘心，晚上趁淩爸公司的領導陳經理和黃經理到淩家（電影中淩爸稱”寒舍“）吃飯時附上倆經理的身上來潛入裏面找，吃晚飯時還出了不少洋相。晚飯後，小藍說出了回來的原因：原來，魔仙堡的守護星哈萊星出現變故，守護星之鑰匙的魔仙艾莎要用星之鑰匙脅迫哈萊王後交出王位，爭奪中艾莎把星之鑰匙帶出哈萊星。哈萊星是壹顆小行星，靠星之鑰匙的能量控制軌跡，壹旦帶了出去，就會偏離軌道，撞上魔仙星球。
第二天，因為鬧鐘壞了（因為石頭給予那只小鳥小星能量時產生電磁場），美琪、美雪不得不飛奔趕緊上學，否則就要遲到。美琪在趕往學校的半路上深感疲憊，想用魔法去學校，被美雪制止。美琪不聽勸，把美雪轟走，在氣急敗壞之下竟發出奇異的念力（壹種超能力），使汽車能無人駕駛撞上美雪，還好事故沒有發生，美琪就叫美雪當心了。在學校，美琪發現自己沒做作業，便自己跑到隱蔽的地方又要用魔法，當然又是被美雪制止，美琪再次失控用聲波震碎課室的玻璃碎，美雪也捂上耳朵受傷。羽毛球比賽上，美琪眼看自己隊輸了，就跑得遠遠用魔法使羽毛球出界，自己隊得分。美雪責罵美琪亂用魔法，但美琪本來也不想這麽做，被美雪責罵後更是難受，便走遠了。美雪、小藍和遊樂這時覺得美琪有點不對勁。
美琪自己走遠後，那兩個神秘人又出現，把她抓住，要她交出石頭。這時艾莎突然出現保護美琪，並說明自己就是她收留的小鳥小星。她在阻擋哈萊王後的攻擊時受傷昏倒，哈萊王後把石頭奪走，因為石頭就是她想要得到的星之鑰匙！美雪、小藍和遊樂終於找到她們，艾莎方才說出真相：原來真正的叛徒不是她，是哈萊王後不滿足只當壹個小行星的王後，想利用星之鑰匙脅迫魔仙女王交出王位，否則就要哈萊星和魔仙堡相撞。星之鑰匙還能影響人的心智，將壹個人的能量無限放大，所以美琪拿著石頭，自己的私欲就被放大，就幹出她不想幹的事情；哈萊王後這樣的野心家把星之鑰匙拿在手中，野心就會更大。真相大白，眾人立刻回魔仙堡救助女王。這時哈萊星就要撞擊魔仙星球，魔仙女王只好用自己的魔法能量減緩它的速度。在與哈萊王後的激鬥中，由於星之鑰匙在哈萊王後手中，能量非常強大，無法抵擋。危機關頭，美琪突然在口袋中摸到了淩媽做的“上天下海天旋地轉龍卷風曲奇”，便機智地把這難吃至極的曲奇投入哈萊王後口中，哈萊王後第壹次吃到如此難吃的人界料理自然會吐，小藍趁機拿回星之鑰匙，利用鑰匙的能量打敗哈萊王後。最終，小藍冒著危險把星之鑰匙歸還給哈萊星，哈萊星重回軌道，魔仙們再次取得勝利。
巴拉拉小魔仙之音符之謎也有真人版哈萊王後，不過和大電影的不是同壹個人，巴拉拉小魔仙之音符之謎現在正在搜狐持續首映。
劇情信息援引自百度百科，有關音符之謎的信息可自行閱讀百科詞條：/view/13496250.htm
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