為了成為神奇寶貝大師，小智壹行又繼續踏上旅程，某天，快龍送來了神秘的招待卷，裏面寫著"妳們是最被看好、最有前途的神奇寶貝訓練家，我以最強神奇寶貝訓練家主人的身份，邀請妳們來參加我的宴會。"好奇的小智他們毫不考慮朝向新島的神奇寶貝城出發！到底誰是最強的神奇寶貝訓練家？誰又是最強的神奇寶貝呢？
1999 洛基亞的爆誕:
穿梭在橘子群島間旅行的小智壹行人，某日搭乘船的時候，被暴風雨沖到橘子群島的邊境—亞西亞島，在那裏正逢慶典，他們遇見了少女芙羅拉等人，也因此得知了流傳在亞西亞島古老的傳說。收藏家吉拉爾頓，為了滿足自己的收藏欲望，捕捉了傳說中神聖不可侵犯的的火焰鳥與閃電鳥，甚至想進壹步捕捉急凍鳥，以引出傳說中的海之神—洛基亞，因此導致傳說成真，各處天災異變，世界步向毀滅，小智等人是否能阻止呢？
2000 結晶塔的帝王:
旅途中，遇見神奇寶貝訓練家小淩的小智壹行人，為了讓疲勞的神奇寶貝們休息，於是前往最近的神奇寶貝中心。該中心所在城市名為綠色草原。這本應該是個使人心境祥和的地方，卻因為少女小美在某夜，將下落不明的父親秀力所留下的奇妙文字卡排列，讓迷壹樣的未知圖騰出現。因為這樣，使得整個綠色草原開始結晶化。被突如其來的結晶化現象所嚇到的小智壹行人面前的，是夢幻的神奇寶貝—炎帝。不知怎麽回事，炎帝竟然將小智的媽媽帶往結晶塔去了！小智壹行人是否能夠將媽媽平安無事地解救回來呢？
2001 雪拉比—穿梭時空的相遇:
在森林的入口，雪成與少女永久相遇了。接受了永久說的“如果妳聽到了森林的聲音，就不能亂走動”的忠告後，雪成走進了森林。雪成在森林裏為了守護被獵人追捕的雪拉比，被穿梭時空的力量卷入，帶到了40年後的未來。在40年後的世界，雪成認識了小智他們。但是在這個世界裏，火箭隊史上最強的男人比夏斯正打算捕獵雪拉比。比夏斯擁有能將壹切神奇寶貝變得兇惡的黑暗球，將雪拉比從小智他們的身邊奪走。為了拯救被比夏比捕捉的雪拉比，小智與雪成拼命奮戰。可是，溫柔的雪拉比已經發生了很大的改變……激烈的對戰中，傳說中的神奇寶貝水君出現了！小智他們能否拯救雪拉比和森林呢？
2002 水都的守護神:
在這個布滿運河及迷宮的美麗水都奧多瑪雷，小智壹行人遇到了擁有不可思議力量的神奇寶貝拉帝歐斯和拉帝亞斯，這對感情非常要好的兄妹壹直默默地守護著奧多瑪雷與奧多瑪雷的秘寶心之水滴。但是，壹對怪盜姐妹看上心之水滴並開始進行搶奪行動。就在怪盜姐妹抓住了拉帝歐斯，啟動心之水滴的封印時，海水開始淹沒奧多瑪雷……小智壹行人該怎樣解決這場危機？
2003 七夕的許願星:
立誌成為出色的神奇寶貝訓練家，小智壹行人展開了新旅程。為了觀看千年彗星出現的剎那，來到法恩斯遊樂場，認識魔術師巴特勒與黛安。在魔術表演中，小勝聽到壹陣細微的呼喚聲……那是在沈眠之繭中沈睡了千年，可幫助人們達成願望的神奇寶貝—基拉祈。在千年彗星出現的夜晚，如果遇上了擁有純真心靈的夥伴便會蘇醒。 為了讓基拉祈醒來，巴特勒請小勝當基拉祈的夥伴，果然，基拉祈從萬花鏡般的光芒中蘇醒過來。 雖然基拉祈只能停留短暫的7日後便會消失，但是還沒有屬於自己的神奇寶貝的小勝，對基拉祈卻非常寵愛。充滿野心的魔術師巴特勒，因為知道基拉祈擁有神奇的力量，便把基拉祈給搶走，並且想利用他來完成願望……小智與小勝要如何克服困難，成功救出同伴呢？小勝與基拉祈又會面臨怎樣的生離死別呢？
2004 裂空的訪問者:
為了調查棲息在冰原地區的神奇寶貝，科學家倫多博士帶著兒子托伊和助手優子來到極地。突然，從遙遠的宇宙飛來的隕石撞擊到地表。這時仔細壹看，從隕石坑中出現了DNA神奇寶貝代歐奇希斯！他拿起壹顆裏面閃透著綠光的隕石正在端詳的時候，天空出現了天空神奇寶貝烈空坐的身影。以為代歐奇希斯是侵入者的烈空坐，二話不說就對著他來壹記破壞死光，整個冰原頓時變成大打出手的戰場！過了4年。來到高科技都市—拉魯斯市的小智壹行人，準備挑戰這城市裏最壯觀的建築物—戰鬥塔。正準備好好打壹場比賽的小智，偶然相遇壹位少年，那就是托伊。四年前目睹的恐怖體驗造成他心靈創傷而無法碰觸神奇寶貝。知道此事的小智壹行人便想幫托伊敞開封閉已久的心靈。正當他們努力想讓托伊克服恐懼時，突然，消失四年的代歐奇希斯又再度出現！小智壹行人和托伊再次經歷了驚心動魄的冒險。在這極光般的舞臺中，烈空坐和代歐奇希斯再度卯足全勁地互相激戰，可說是魄力百分百！最後會發生什麽令人意想不到的意外危機呢？
2005 夢幻與波導的勇者：
傳說在幾千年前，人類為了自己的利益，將神奇寶貝當做兵器而發動戰爭，而勇者亞倫使用了世界初始之樹的力量，平息了這場戰爭，但也付出了生命。幾千年後，小智壹行人來到了歐魯德朗城裏，參加了壹年壹度紀念亞倫的比賽，得到波導的勇者封號。同時，也舉行了盛大的歡迎儀式和舞會，就在這個時候夢幻突然出現了，並且把皮卡丘給帶走了，而此時路卡利歐也從封印中出來了，小智等人為了救皮卡丘，所以前往世界初始之樹。而就在小智等人到達時，世界初始之樹也發生了異變，到底小智等人有沒有辦法將這場危機解除？
2006 滄海的王子：
小智壹行人在旅行中碰到了以水中神奇寶貝表演而聞名的明星廣美壹行人，廣美是水之民的後裔，相傳他們以前的族人建造出壹個海之神殿，裏面放著隱藏的珍寶海之王冠，至今沒有人看過這個寶物的真面目。這時出現了神奇寶貝保育家的隊員傑克，他的任務是把滄海的王子瑪納霏的蛋安全送進神殿，於是廣美和小智壹行人便協助他完成任務。但是邪惡的海盜船長杜魯布出現了！他想要得到海之神殿裏面的海之王冠，為了阻止他的陰謀，小智壹行人努力的抵抗，務必讓瑪納霏能夠順利的回到海之神殿，後來因為海之結晶被破壞，海之神殿開始出現異樣！到底小智壹行人是否能夠化解這次危機呢？
2007 帝牙盧卡VS帕魯奇亞VS達庫萊伊：
最近在白楊鎮出現了壹個來歷不明的神奇寶貝，他能讓人們與神奇寶貝昏厥並做惡夢。在鎮裏的名士艾伯特男爵的帶領下，組成了討伐部隊。終於，它出現了，原來，它是夢幻的神奇寶貝達庫萊伊。在另壹方面，艾莉絲的青梅竹馬安東尼奧，身為科學家的他察覺到空間異常的現象。在白楊鎮的上空居然發生了時空的夾縫，被稱為神的兩只神奇寶貝帝牙盧卡與帕魯奇亞雙雙出現。絕對不能碰面的兩只神奇寶貝，與達庫萊伊相遇之時，就連時空都為之震撼，史上最大的戰鬥將就此拉開序幕！
2008 鬼翼龍與冰空的花束—雪米：
反轉世界。這是個和我們世界完全不同的，壹個不可思議的世界。 結束戰鬥的帝牙盧卡，被不知名的力量吸引到這未知的世界。但是，在那邊等待著的竟然是。。。。。。 和居住在反轉世界的神奇寶貝－鬼翼龍演繹了壹場壯烈的戰鬥！然後，橫跨兩個世界，蠢蠢欲動的野心是。。。。。。 小智壹行人的命運到底會如何？
雷公，雷的傳說：
火箭隊想要借由水晶的力量，來引誘出傳說的神奇寶貝雷公，來進行邪惡的計劃。而健太壹行人為了要阻止火箭隊的陰謀，不惜和席拉奴博士對抗，到底他們能不能成功呢？而水晶的神秘力量又是什麽呢？