行政編組分為司令部、大隊和中隊3級。司令部分為水面艦艇司令部和潛艇司令部。水面艦艇司令部統管除航母以外的所有水面艦艇，下轄7～ 9個大隊，各類大隊下轄1～4個中隊。潛艇司令部統管所有潛艇，司令部下轄3～4個潛艇大隊，每個大隊下轄1～ 2個中隊。常規潛艇中隊壹般由4～6艘潛艇編成，核潛艇中隊則由7～10艘潛艇編成。
任務編組編為9個特混編隊：第70、71、72、 73、74、75、76、77、79特混艦隊。另外，第七艦隊也可按需要組成各種特混艦隊：如應急特混艦隊、指揮特混艦隊、海岸支援特混艦隊、後勤支援特混艦隊、潛艇特混艦隊、水面作戰特混艦隊、兩棲特混艦隊等。艦隊下轄特混大隊，特混大隊是為完成特混艦隊規定的局部任務而組成的戰術編隊組織。特混大隊下轄特混中隊，中隊是為完成特混大隊所交付的具體任務而組成的基本戰術分隊，通常由 1～2艘同型艦艇組成。