根據囊腫的大小、生長部位和並發癥，肝囊腫的臨床表現差異很大。壹般小肝囊腫不需要治療。對於較大的肝囊腫，引起壓迫癥狀、出血或感染的肝囊腫等。，經過手術治療，可以完全治愈，預後很好。
多囊肝是壹種先天性肝臟發育異常，具有家族性和遺傳性。多在40-50歲發病，壹般發展緩慢，病程較長。早期可能沒有臨床癥狀，只是肝臟腫大，肝臟內彌漫多個囊腫。逐漸發展，可出現上腹部脹滿疼痛、胃腸道壓迫、肝功能異常等。，後期可能會出現肝衰竭。約50%的多囊肝與多囊腎有關，少數與多囊脾和多囊胰腺有關。
沒有臨床癥狀，肝功能正常的患者，不需要治療，需要定期隨訪。日常生活中註意肝臟的保養，註意均衡飲食，多吃優質蛋白質、新鮮蔬菜和水果，少吃高脂肪食物，避免暴飲暴食、熬夜。如果有壓迫癥狀或肝功能異常，可以進行手術治療或超聲引導穿刺治療。目前提倡微創手術。晚期多囊肝患者可以選擇肝移植。