1987年，胡慶余堂創辦了第壹家古建築中醫主題博物館。中醫藥博物館以胡慶余堂古建築為依托，堅持“原址保護、原貌展示”的原則，以產地、陳列、手工作坊、營業廳、養生保健為重點，展示了大量中醫制藥儀器和數萬種中藥植物、動物、礦物標本，其中有浙江河姆渡文化時期、西漢長沙馬王堆、宋代泉州灣沈船等珍貴藥材。占地2700平方米，於1991開業。
1988年，“胡慶余堂”被國務院列為全國重點文物保護單位。
2002年，“胡慶余堂”被授予中國馳名商標。
2003年，“胡慶余堂”被認定為浙江省首家知名事務所。
2006年，“胡慶余堂”被商務部重新認定為“中華老字號”。
2006年5月20日，胡慶余堂中醫藥文化被國務院批準列入第壹批國家級非物質文化遺產名錄。2007年6月5日，浙江杭州的馮根生被文化部確認為該文化遺產項目的代表性傳承人，列入第壹批國家級非物質文化遺產項目226名代表性傳承人名單。