網站名稱雖然含有“萌娘”二字，但實際上不僅僅與“萌娘”有關，還包含了壹些二次元、三次元流行表達的出處和解釋，甚至還有與二次元聯系不大的詞幹。(註:部分條目不適合15以下兒童，但這些條目開頭都有明確提示。)
2010 10 15(5)17:21第壹頁1詞條由程序自動創建，萌娘百科開始運行。
萌娘百科以“萬物皆可萌”為口號，以ACGN(動畫、漫畫、遊戲、輕小說)為主題目標，收集動漫人物及內容信息。把所有的人物都改造成萌娘的樣子。萌娘百科是ACGN wiki網站，傾向於收錄女性角色，可愛的擬人作品，原創作品。
網站功能
《萌娘百科》條目分類包括人物、萌屬性、作品、軟件、音樂、活動、文化。
早期的萌娘百科專門收錄了擬人化的角色，並不是男性角色，而只是其性轉化後的女性版本和偽娘角色。後來擴展到動畫術語和所有動畫作品。
萌娘百科用各種方法增強幽默感:用流行動漫用語和惡搞內容來刻畫詞條中的形象；故意寫壹些字然後用刪除線劃掉；或者用黑色背景隱藏壹些單詞(“妳知道的太多了”)，用鼠標選中隱藏的單詞(高亮顯示)就能看到。這些詞大多與主項內容無關。
此外，有些物品還會使用特效或neta，如“阿卡林”相關內容通常會被稀釋，“無盡的八月”物品內容會重復八次，等等。
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