根據各方描述，有三種觀點。第壹，原來的永樂大典在八國聯軍侵華時被毀被搶。但根據各國保存下來的殘書來看，根本不是原著，只是節選。
二是有人認為原永樂大典已被焚毀，關於焚毀的時間和地點存在分歧。壹個是明末燒於文遠館，壹個是清嘉慶年間燒於幹青宮，但這兩個都經不起推敲。
再次，原永樂大典在嘉靖皇帝的玄宮，多數人相信這種說法，但證據不足，因為壹直不允許任何人進入永陵進行發掘。
據史料記載，嘉靖對《永樂大典》十分依賴，經常翻閱參考文獻。他還命人把《永樂大典》抄成兩冊，以備不時之需。然而，令人費解的是，在《永樂大典》復制完成後，原作卻消失了。
擴展數據:
《永樂大典》成書於永樂年間，由內閣首輔和太子主持。歷時五年(1403-1407)完成編纂。它是中國最著名的古籍，也是迄今為止世界上最大的百科全書。
其規模遠超前代編纂的各類書籍，堪稱萬卷之書，為後人留下了許多豐富的故事和謎團。它編纂於明代永樂年間，保存了14世紀以前中國的歷史地理、文學藝術、哲學宗教和百科全書式的文獻。***1110卷)，分裝成11095卷，全書約3.7億字。
保存了14世紀以前中國的歷史地理、文學藝術、哲學宗教等百科全書。與法國狄德羅和英國百科全書編纂的百科全書相比，早了300多年，是世界文化遺產的瑰寶。
據粗略統計，《永樂大典》選錄保存的古代典籍多達七八千種，是前代的五六倍，如《文藝》、《太蘭》、《元規》等，是清代編纂的大型叢書，但收藏的圖書只有三千多種。
參考資料:
百度百科-永樂大典