由古生物遺體或遺體的壹部分形成的化石稱為實體化石，如骨骼、牙齒等硬體完整保留的貴州龍化石、圖案精美的海百合等。根據石化程度又可進壹步分為未變實體（如琥珀裏的昆蟲，圖9.11）、微變實體（未完全石化、仍保留了相當多的有機質，如新生代後期的動物骨骼蹄爪、陰沈木）、變化實體（全部石化，又稱為石化實體，如多福硯上栩栩如生的蝙蝠石、年輪清晰的矽化木等）。
生物體的柔軟部分只有當它被埋在能夠阻止其柔軟部分分解的介質中時，才能得以保存。如埋藏在西伯利亞的第四紀冰期凍土層中的猛獁象化石、東波蘭斯大盧尼瀝青湖中的披毛犀化石，時隔萬年，這些動物遺體依然皮毛猶存，肌肉可食。
相對柔軟實體，生物體上的硬組織更容易被保存下來。因為堅硬部分是以能抵抗風化作用和化學作用的物質構成的，如主要由方解石、磷酸鈣等組成的外殼、骨頭和牙齒，極易發生石化作用，甚至幾乎沒有發生物理變化就被保存下來（圖9.12）。
實體化石數量眾多，為研究古生物形態和分類等提供了最直接的證據，同時也廣受化石愛好者和收藏家們的喜愛。
PermineralizationPermineralization occurs after burial,as the empty spaces within an organism（spaces filled with liquid or gas during life） become filled with mineral-rich groundwater and the minerals precipitate from the groundwater,thus occupying the empty spaces.This process can occur in very small spaces,such as within the cell wall of a plant cell.Small scale permineralization can produce very detailed fossils.For permineralization to occur,the organism must become covered by sediment soon after death or soon after the initial decaying process.The degree to which the remains are decayed when covered determines the later details of the fossil.Some fossils consist only of skeletal remains or teeth;other fossils contain traces of skin,feathers or even soft tissues.This is a form of diagenesis.