3DS部分的功能特色與前代機種（DSi、DSi LL）相同，都有著上下雙畫面屏幕、觸摸屏下畫面、麥克風、相機鏡頭等配置，也有向下兼容執行DS軟件的能力（但並沒有配置能插入GBA、DS震動卡等周邊配置的插入口），而在內建軟件、操作方式和無線通信方面卻有著顯著的不同。 任天堂電子商店（英文：Nintendo eShop、日文：ニンテンドーeショップ）是繼DSi和Wii在線商店之後推出的3DS專用在線商店，可以下載各式各樣的應用軟件、遊戲試玩、遊戲下載內容、懷舊遊戲等等。此外，擁有任天堂DSi或DSiLL（DSiXL）的玩家，可以將自己主機上的DSi Ware專用軟件轉移到3DS上。
購買點數卡時要特別註意的是先前使用於DSi和Wii的舊版點數卡並不能使用於3DS上。此外任天堂還發售過塞爾達傳說、馬裏奧和卡比等特別圖樣的點數卡以饗收藏玩家，必須特別註意的是點數壹經儲值就會和主機綁定不能退費，購買和使用時請做好財務規劃。 每壹臺3DS都會有壹組獨壹無二的“Friend Code”（好友代碼），可用於玩家之間的交流，並彼此加入到好友清單。但要註意的是Friend Code的產生是在創建Mii人物之後，因此沒有創建Mii人物的話是不會有Friend Code的。玩家可以上線來觀察好友的動態、信息、或者是正在玩和喜歡的遊戲。在部分的遊戲中，可以通過無線網絡和好友同樂。當有好友上線時，指示燈會變成橘燈來提醒玩家。