防潮
防潮的方法有很多，比如大量的藥材，可以放在密封的盒子裏保存；如果量少，藥材壹般，可以放冰箱保存；但是，如果是比較貴的藥材，比如蟲草、鹿茸等。，可以用密封袋包裝，也可以用防潮紙包裹，放在米缸底部(方法簡單但很實用)。
如發現藥材已受潮，應盡快曬幹，或用幹凈的鍋焙炒，以除去水分。珍貴藥材可平放，用防潮紙或幹凈的薄紙覆蓋，用高瓦數白熾燈照射除去水分，再按上述保存方法保存。
防黴
空氣中有大量黴菌孢子，藥材營養含量高，有壹定水分。在適當的溫度下，散布在藥材表面的孢子會吸收藥材的營養物質，萌發菌絲，分泌酶類，進壹步破壞藥材。
壹般情況下，藥材可以做好防潮工作，基本不會發黴。
發現藥材有黴變，應先去除菌絲。平時用軟刷或抹布蘸開水擦拭，能用水沾濕的藥材也可以直接用水沖洗。如果不方便刷，可與米糠混合敲掉菌絲，再用除潮的方法處理，但要延長時間，以有效消除藥材表面的孢子。
昆蟲預防
蟲蛀的主要原因是藥材的原卵在溫度達到壹定程度時可以孵化。有些蟲蛀的昆蟲可以分泌酶來分解不含水的藥材內部物質，以獲得生長所需的水分，同時造成藥材的變質。
害蟲防治的關鍵是防腐前的處理。高溫烘烤油炸可以有效殺死蟲卵，但對於不能油炸的藥材放冰箱保存也是壹種有效的方法。
當發現藥材被蟲蛀後，壹般情況下，藥材內部損傷已經嚴重，建議不要再食用。如果發現破碎的藥材蟲蛀不嚴重，應在除蟲後盡快使用，因為保存後會再次發生蟲蛀。