舉世聞名的“北京人”頭骨化石壹直保存在北京協和醫院的保險櫃裏，直到丟失。1937盧溝橋事變後，日軍入侵北京，但當時的協和醫院是美國的機構，北京人化石還安全地保存在這個“保險箱”裏。
1941年，日美關系日益緊張。為了防止北京人化石被侵華日軍搶走，協和醫院負責人準備轉移化石。然而，經過研究發現，在中國沒有安全的地方存放這些國寶。無奈，他們決定暫時把化石寄到美國。裝在兩個大木箱裏的化石被交給了即將離開北京回國的美國海軍陸戰隊隊員。然而，在部隊抵達秦皇島登船之前，珍珠港事件爆發，日軍迅速占領北京、天津等地。從此“北京人”頭骨下落不明，成為科學界的壹大損失。
二戰後，美國在日本進行了廣泛的搜索，但壹無所獲。直到1970，紐約的壹個女人給壹個正在搜尋北京人頭骨的科學家打電話，聲稱她的丈夫生前保存了這塊化石。看她提供的照片，基本可以斷定就是失蹤的珍貴化石。然而，沒過多久，科學家們就再也聯系不上這位女士了。1991曾因保存“北京人”頭骨化石入獄的佛利博士表示，已再次聯系該女子，希望盡快解開化石失蹤之謎。但是，福利博士在1992又去世了。
也有人說，化石是在前往美國的途中隨船沈入海底的。美國壹家報紙曾猜測，在“阿波丸”號上裝載的40箱藝術珍品和珍貴物品中，可能有“北京人”化石，並稱這些是戰爭期間日軍占領中國後走私出境的。