南京諸子藝術館的收藏有四個理念：學術性和市場性相結合、名家和新銳相結合、傳統藝術和當代藝術相結合、收藏和投資相結合。
李軍說：“作為壹個藝術館，妳要良性運營下去，就必須賺錢。壹件作品，如果學術性很強，無論畫院派還是學院派都很認可，但是市場表現乏力，買它的人少，諸子藝術館壹般是不會選擇收藏的。但如果我個人很欣賞，那這種收藏是出於自己的喜好，可納入純個人收藏，而不是藝術館的收藏。”
諸子藝術館除了持續不斷地辦藝術家展外，還辦館藏展、畫家藏品展和藏家藏品展，李軍說這是壹個讓小眾變得大眾的平臺。“收藏不是壹個人玩的東西，也不僅是壹個小圈子的東西。通過這些展覽讓大眾能看到不同的收藏理念和專業視角，也是逐漸培養和擴大收藏圈子的有益嘗試。”
收藏最忌性急。不能今天收藏壹幅畫，明天就把它賣掉，這樣得來的利潤往往不會太高。“收藏是壹個長期的過程，投資價值隨時間而增長。”李軍說。