人類補完計劃的最終目的就是消除人與人之間的心之壁，實現人類的最終進化。背後也有壹個隱藏目的，那就是selee企圖通過人類的滅亡來贖罪。
前面十幾個使徒都擁有生命之果，而人類選擇了智慧之果，沒有能源維持巨大的整體，沒有永恒的生命，只能以壹個個個體形式存在，無論是使徒還是人類都是不完整的存在，所以幾方的目的都是人類補完，補完計劃就是把幾十億人合為壹個個體，這樣人類就只剩下壹個意誌了。
但是各方都處於自己利益的考慮，希望在補完是對自己最有利。
在聖經中人類被視為惡魔撒旦與莉莉絲的後代，所有也有了人生而有罪的說法，所以神秘組織selee希望以這種方式進行贖罪。
selee持有死海文書，上面記載了很多未知的信息，他們以此為指導，擬定了人類補完計劃。他們利用搭載著s2機關的EVA，對莉莉絲執行處刑儀式。
s2機關實際上就是生命之果，拒死海文書記載，所有使徒被消滅後，生命之樹會重新出現，它的果實也會出現。所以壹開始nerv造EVA打使徒並不是為了保護人類，而是為了讓生命之樹重新出現，從而實現自己的目的。