柯南和他的朋友來圖書館看書，但是這些書對柯南來說很無聊。因為無聊，柯南翻箱倒櫃，在箱子裏找到了壹本國外進口的原著。問題是這些書被放回這裏並包好了。
壹只手從後面伸出來，把書拿走了。柯南回頭壹看，這個人就是圖書管理員。朋友們讓柯南去樓下看看，警車開了過來。
就在幾個人準備行動的時候，館長回來了。他打開柯南之前找過的盒子，然後自言自語道，玉田那個傻子要不是發現了這個就不會被殺了。這些傻警察找了半天也不知道玉田在這個圖書館。這些話讓柯南有了反應。
直到館長回去他們才出來，然後他們看了看箱子，裏面的書都不見了。於是大家決定去找書。找到後發現所有的書裏都有毒品，於是認定玉田壹定是在發現館長販賣毒品後被殺的。
情節:
主角工藤新壹原本是壹名高中生的知名偵探。在目睹了黑暗組織的地下交易後，他在準備追查時被突襲行動驚呆了，並被註射了壹種代號為“APTX4869”的不明藥物。
後來雖然死裏逃生，但身體萎縮成了小學生的樣子。後來，他化名為江戶川·柯南，並在鄰居阿笠博士的建議下，住進了偵探毛利小五郎，也就是女友毛利蘭的父親的家中，繼續秘密從事黑暗組織的工作，並私下探索獲取解藥的渠道，希望恢復新壹的本來面目。
與此同時，柯南憑借自己的推理天賦和阿笠博士發明的道具幫助毛利小五郎成為壹名著名的偵探。
故事中穿插了愛情、友情、犯罪、背叛、復仇等諸多情節。