窩必須在48小時內完成整個加工程序，把燕窩風幹。建議：幹燕窩泡發後盡速燉煮食用。以下為壹年四季適用的各類燕窩儲存法。
壹、幹燕窩
讓燕窩徹底晾幹後用密封保鮮袋或保鮮盒密封，放到通風陰涼無潮的地方即可。燕窩不建議放在冰箱中冷藏，容易導致細菌滋生發黴（壹般變灰綠色）。
燕窩幹貨不要放在冰箱或微波爐的頂部，熱量會讓燕窩變質，也不要放在潮濕的地方，潮濕的地方會使燕窩發黴。在還沒有蔓延的情況下發黴的部分可以切掉，建議發黴的燕窩丟棄。保存燕窩最好不要超過2年。
二、濕燕窩
含水量多的燕窩即使放入冰箱也容易變質，所以壹定要吹幹再保存，否則榮易發黴。有濕氣的燕窩可放在空調下吹壹晚，濕氣就會消失。如看到黴點就是發黴了，發黴的部份要剔除扔掉，不能食用。若有發黴建議丟棄。
三、泡發好的燕窩
泡發好的燕窩，需要用保鮮膜包好，放入冰箱冷凍格且防生水防油可存7到15天，所以要盡快食用完。
四、 煮好的燕窩
煮熟的燕窩，沒有正確密封的48小時內吃完，正確方法密封真空燉煮的課放在冰箱7天到14天。
備註：新鮮燕窩忌泡發放在冰箱冷藏（尤其是尚未加工的毛燕），非常容易導致細菌滋生。