《石獅日報》實行編委會領導下的總編輯負責制。編委會成員由福建日報報業集團聘任，工作人員實行合同制。中層幹部實行內部任命制。
工資方面，所有記者、編輯實行零基薪計分考核制，管理人員實行零基薪效益獎勵制，徹底打破勞動報酬按年齡、資歷平均分配；其他人員實行結構工資制，勞動報酬會根據工齡、學歷和工作崗位、勞動表現拉大差距。
多年來，報社形成了壹套行之有效的考核和激勵機制，充分挖掘人的潛力，鼓勵人才脫穎而出，鼓勵有能力的人率先垂範。經過多年的探索，壹人多崗和內部激勵機制為報業發展增添了強大動力。報社的用人理念是:人盡其才，不拘壹格。
為了解除員工的後顧之憂，報社對員工實行社保、醫保、住房公積金制度。
自2000年以來，《石獅日報》廣告業務年增長率壹直保持在兩位數，經營業績位居國內同類報紙前列。