唐代，海上絲綢之路建成，石井港是古代泉州港的分支之壹。
南宋紹興十四年(1144)，在石井下坊村設立石井巡檢司，管理船只出入大海的事務。
明朝末年，鄭之龍以石井港為據點，編織了壹支多達千艘的船隊，進行海外貿易。
清初，鄭成功在金門、廈駐軍，並組建了東洋艦隊，航行於日本、臺灣省、呂宋等地。石井港也是其貨物集散和船隊停靠的主要港口之壹。鄭誌龍和鄭成功父子先後在南安石井創辦造船廠，建造軍民兩用船，壹年造35艘，修幾十艘。