黑倉鼠頭骨後緣的曲率較小。頭骨近圓形，顴骨不凸，從前向後略微向外傾斜，幾乎與頭骨平行。顴骨很薄，尤其是顴骨。鼻骨窄，前端寬，向後逐漸變窄。上門牙根部的突出在下顎和鼻突之間形成壹個淺的凹陷。顱骨各部分骨脊不明顯，顱骨光滑。頂骨前外角向前延伸至額骨後部兩側，形成較明顯的尖突。頂骨呈水平窄條狀，部分個體中央略向前突出，並非三角形。眶間寬度較大。門牙孔狹長，後緣幾乎與M1前緣連線平齊。聽泡較大且凸出。左右翼突較直，與聽泡前緣相接。翼孔深而長，其前端與最後壹顆臼齒(M3)後緣平行，甚至在左右最後壹顆臼齒之間達到65，438+0/3，後緣達到聽泡前緣。上門牙細長，兩顆門牙基本平行。臼齒有3顆，M1較大，越往後越小。M1有三對錐形齒狀突，前兩個齒狀突接近。M2有兩排齒狀突。最後壹顆磨牙的第壹對側齒狀突位置較低，第三對側齒狀突極不明顯，幾乎成為齒狀突。下頜門牙細長直。第壹磨牙較長，前端略窄，第二磨牙近方，第三磨牙較小，後端逐漸向內變窄。齒狀突數量與上頜骨相同，但第三個的最後壹個齒狀突更明顯。
黑倉鼠的嘴巴左右兩邊都有頰囊，眼睛又大又黑。雄性大鼠的睪丸很大，長約13mm，在尾部根部明顯突出，陰莖到陰囊的距離為25 ~ 30 mm，雌性大鼠大多有四對乳頭。黑倉鼠染色體大，數量少(2n=22)，容易相互識別，在小型哺乳動物中很有價值。倉鼠沒有膽囊，膽管直接通向十二指腸。