龔賢出生於昆山壹個家道中落的官宦之家，幼年隨家遷居南京。十歲前母親去世，十三歲開始習畫，與楊文驄同師董其昌。21歲左右在奉淮河畔參加了復社的活動，其時正值明崇禎末年，復社成員在這裏結社賦詩，講學論藝，挽救民族的危機。由於他正直不阿的人品，以及在詩，書，畫上的成就，龔賢在南京士大夫中顯露頭角。
南明弘光元年（1645），清兵攻陷南京，龔賢因野居北郊而幸免於難。這時，龔賢的生活非常貧困，為了生活他離開南京，途經揚州到泰州海安鎮擔任徐逸家的私塾教師，壹住五年。龔賢早年喪妻，在泰州孤身壹人。從泰州回來後，又在揚州住了幾年，約在順治十四年（1657年）再度婚配，並對這位夫人十分滿意。次年，便喜得貴子。在揚州除續弦之外，龔賢還做了兩次遠遊，1655年南下浙江，1657年北上京師。
龔賢再次返回南京居住，已年屆五十，戰亂洗劫後的家鄉呈現出壹幅慘景。國破家亡，他舉起悲憤的筆寫下了《登眺傷心處》壹詩：“登眺傷心處，臺城與石城。雄關迷虎踞，破寺入雞鳴。壹夕金笳引，天邊秋草生。橐駝為何物，驅入漢家營！”
在南京，龔賢壹家幾經搬遷，最後定居清涼山，生活清苦，與人落落難合。他於屋前半畝空地上，築園栽植，命為“半畝園”。龔賢曾經請王石谷畫了《半畝園圖》，並題了長跋來描寫“半畝園”的景色：“清涼山上有臺，亦名清涼臺。登臺而觀，大江橫於前，鐘阜橫於後。左有莫愁，勾水如鏡；右有獅嶺，撮土若眉；余家即在此臺之下。轉身東北，引客視之，則柴門犬吠，仿佛見之。”又自寫小照，著僧服，手持掃帚，作掃葉狀，懸於樓堂，以示與清朝統治者格格不入，後人因此將他的舊居稱為“掃葉樓”。龔賢晚年幽居於此，賦詩作畫，教學。“憶余十三便能畫，垂五十年而力硯田，朝耕暮獲，僅足糊口，可謂拙矣！”（《溪山無盡圖卷》跋語）。
定居半畝園後，龔賢仍與書畫界交往，除了與金陵畫家高岑、樊圻、鄒喆、吳宏等切磋畫藝，好友還有屈大均、呂潛、程正揆、王石谷、孫枝蔚、戴本孝、弘仁等。他的兩位摯友周亮工、孔尚任與他不僅有著誌趣上的投合，還是他的主要經濟資助者。龔賢是周亮工家常客，周氏豐富的書畫收藏令龔受益匪淺。周亮工去世時，龔賢極為悲痛，他為周寫的挽詩中有“哭公獨我頭全白，在世人誰更眼青”的悲嘆。文學家孔尚任小龔賢30歲，兩人藝術誌趣相投，相互欣賞。
康熙二年（1664）前後，龔賢的繼妻及其他親人相繼有八人去世，他受到沈重的打擊。人到暮年，日常生活依靠自己妹妹料理，“補衣煩老妹，依仗賴嬌兒”（王懋林《虎踞關訪龔半千半畝園》）。康熙二十八年（1689），龔賢病卒於南京半畝園，年約七十歲。在龔賢去世前，有壹個顯然是頗有權勢的“豪橫”向龔賢強索書畫，龔賢貧病交加，再逢精神磨難，致使臥床不起，不久便含恨長逝。死後因貧不能具棺葬，喪事全憑好友孔尚任料理，並幫其撫養遺子。龔賢遺柩後歸葬龔賢祖籍江蘇昆山邑西之渡橋鎮。
病中的龔賢曾向孔尚任講了許多官場上令人痛恨的事。孔尚任十年後完成的名劇《桃花扇》，其中許多內容就是龔賢在南京的親身經歷。孔尚任曾作《哭龔半千》詩四首，其三曰：“尺素忽相投，自言罹大病。緣有索書人，數來肆其橫。問我禦暴方，我有奚權柄？哀哉末俗人，見賢不知敬！郁郁聽其亡，誰辨邪與正?”