館內圖書館還收藏了近6000份手稿和各種語言的書籍約7萬冊，是研究兩河流域文明不可或缺的文化瑰寶。其中，公元前4000年蘇美爾時期用楔形文字雕刻的文獻和史詩是絕世珍品。
伊拉克非常重視文物保護，在20世紀20年代頒布了《文物法》，對非法發掘、盜竊和走私文物有嚴格的法律規定。1990前，伊拉克文物部管理所有文化遺址和文物，全國未發現非法考古發掘和文物走私活動。
然而，戰爭改變了伊拉克國家博物館的命運。1990海灣危機期間，伊拉克政府轉移了壹些最精美的珍寶、雕像、陶器和其他珍貴的手工藝品來保護博物館裏的文物。此後，該博物館關閉了8年。
海灣戰爭期間和之後，博物館和其他考古遺址遭到搶劫，2264件文物和考古發現以及2萬份珍貴手稿丟失，其中包括公元前2000年亞述時代的雪花石雕。此外，由於聯合國的長期制裁，伊拉克經濟長期處於停滯狀態。博物館不僅疏於管理，而且壹些不法分子為牟取暴利，大肆盜竊走私，導致博物館文物損毀嚴重，大量珍貴文物流失國外。
伊拉克戰爭的爆發，讓伊拉克國家博物館又遭受了壹次搶劫。雖然戰前搬走了上千件展品，但2003年4月9日美英聯軍攻占巴格達後，博物館再次遭到洗劫，損失了1.4萬件珍貴文物，至今追回的不到4000件。
博物館裏的寶藏
2003年7月3日來自伊拉克巴格達的消息近日，壹頂古代純金王冠在伊拉克博物館展出，它是古代亞述王朝尼姆魯德的珍寶之壹。
尼姆魯德的珍寶舉世聞名，包括:金耳環、手鐲、腳鏈、項鏈和其他珠寶；盤子、碗和其他餐具；還有許多精美的石雕、琺瑯和長頸花瓶。據悉，這些寶藏是在伊拉克壹家中央銀行的密室中發現的。
展品中有壹個珍貴的瓦爾卡花瓶，大約有5200年的歷史。歸還博物館時是15件，還沒被觀眾看到就復原了。
尚未尋回的遺失寶物有:
公元前2300年前的阿卡德雕像
公元前4000年前的銅像
公元前3000年前尼姆魯德的壹個女人的肖像
公元前8世紀的壹尊獸臉雕像
公元720年前獅子攻擊努比亞人的雕像。
公元前2250年前的壹尊坐著的銅像