法律部:負責綜合稅收調查研究和綜合稅收政策業務的協調；負責地方稅收普法的宣傳；組織實施對地方稅收法律、法規和規章執行情況的行政執法監督檢查；承辦重大稅收案件的審理和行政處罰；辦理地方稅務行政訴訟和行政復議。
工商稅務管理科:負責營業稅、資源稅、土地增值稅、城鎮土地使用稅、房產稅、城市維護建設稅、印花稅、車船稅、國際稅、國家新征收的地方稅和省(州)政府委托的基金(附加費、手續費)的征收(征收)管理；研究制定稅收和基金(附加費、手續費)征收管理的具體辦法並組織實施；處理有關稅收法律、法規、規章和國際稅收協定以及基金(附加費、費)條例和規章執行中的壹般性問題；組織辦理稅收和基金(附加費、手續費)減免的具體事宜。
所得稅管理科:負責地方企業所得稅和個人所得稅的征收管理，研究制定稅收征管的具體辦法並組織實施；處理有關稅收法律、法規和規章執行中的壹般性問題；組織處理稅收減免的具體事宜。
行為稅管理科:負責煙草稅、耕地占用稅、契稅的征收管理，研究制定稅收征管具體辦法並組織實施，處理有關稅收法律、法規、規章執行中的壹般性問題；組織處理稅收減免的具體事宜。
征管科:負責制定地方稅收綜合征管的具體辦法；組織實施稅收征管法律、法規和規章，處理稅收征管法律、法規和規章實施中的有關事項；負責地方稅收征管改革；負責地方稅務登記和申報，以及稅務信息和辦稅服務廳的管理；負責地方稅務發票的管理。
計劃財務部:執行國家稅收計劃、會計統計制度和國庫法規，管理系統的資金、財務、設備和固定資產；匯總分析地方稅務會計、統計信息數據，制定和分配地方稅收計劃；處理各種資金的籌集和分配；監督檢查地方稅收計劃和財務、會計、統計制度的執行情況；負責稅務信息的調查；組織清理欠稅；管理地方稅收憑證；負責信息系統的建設和管理。
人事教育科:行政機關及下屬單位的機構編制、幹部人事、勞動工資；承擔縣(區)地稅局及相應級別副局長、幹部的管理工作；研究制定幹部教育培訓規劃並組織實施；負責系統的思想政治工作和精神文明建設；指導基層單位開展創先爭優活動。
黨辦:負責國家局及直屬單位黨員管理工作。領導國家局機關、工會、* *團委、婦委會等群眾團體。
老幹部管理科:負責國家局離退休人員的管理和服務；指導地稅系統退休人員管理工作。組織國家局離退休人員的政治學習，向國內外國家局機關通報重大事項，做好地稅系統離退休幹部健康修養相關活動的組織實施工作。做好報表匯總上報工作；建立和完善全系統退休管理網絡。
監察室(審計科):負責紀檢、行政監察工作；負責黨風廉政教育和建設，受理對違反黨紀政紀行為的舉報和投訴，查處稅務案件；負責泉州地稅系統領導幹部經濟責任審計和內部審計；對下壹級地方稅務局紀檢監察部門負責人的任免提出意見和建議。