沒區別，因為“博物館”和“博物院”是同壹個英文詞匯“museum”翻譯過來的，只是有的作者翻譯“museum”這個英文叫“博物館”，有的作者叫這個英文叫“博物院”，這倆詞意思表達完全壹致，隨時可以互換。
要理解這兩個詞語，博物館的起源肯定要了解。
博物館是人類社會的壹種文化現象，起源說白了就是大家收藏珍品，最早可追溯到古希臘、古羅馬時代。那時叫“mouseion”，意思就是供奉女神繆斯的處所。
公元前3世紀，托勒密王朝在亞歷山大城的宮殿裏建立的壹個mouseion，存放的是亞裏士多德學院裏的壹些珍品，不過它屬於壹所研究機構、圖書館及學院的聯合體。
到了羅馬***和時代，皇室、貴族私人收藏珍品開始興盛，有人還建造了陳列室供人觀賞。
中世紀時期，歐洲壹些大教堂有了專門的珍品室，主要用來保管和陳列珍奇物品及遺物。
14-16世紀，歐洲文藝復興時期，發現了很多希臘著作手抄本，還有古羅馬雕塑，以及對殖民地奇珍異寶的掠奪，壹定程度上促成了博物館的產生，那些收藏品就是現在博物館的基礎和核心。
1789年法國大革命，推翻了波旁王朝，大量歐洲藝術珍品變成了國家的，於是政府下令在盧浮宮建立中央藝術博物館，正式向外開放。隨之，歐洲各國紛紛建立了國家博物館。私人博物館也相繼開放。從而，開始了博物館社會化的進程。
時間到了19世紀，博物館在歐美國家已經很普遍了，集收集、保存、展示、研究人類文化遺產等功能為壹體的機構。
“二戰”之後，全世界博物館的數量極速增加，新類型不斷產生，博物館成了各國教育和文化服務的重要部分，也成了旅遊和國際交往的重要場所之壹。
當時眾多博物館主要分三類：藝術、歷史以及科學博物館。其中藝術博物館主要展示藏品的美學價值，例如繪畫、雕塑等，還有民俗、原始和現代藝術。歷史博物館，從歷史角度展示藏品。科學博物館主要是自然科學、實用科學、技術博物館等。
最後mouseion壹詞，演變為英文“museum”，意思就是上述各種場所的總稱。
那這個詞和中國有什麽關系呢？
19世紀後期，正值洋務運動、維新運動，那些去過西方的中國人提倡引進“Museum”。
這個時候就有壹個問題了，“Museum”的中文名叫什麽呢？
怎麽叫都不犯法，大家肯定都有自己的理解，比如古玩庫、萬種園、積寶院、集奇館、博古院、陳列所等。
其中幾個比較有代表性的叫法，比如清末思想家王韜在《漫遊隨錄》中以“博物院”形容法國盧浮宮博物館。“近代中國走向世界第壹人”黃遵憲在《日本雜事詩》中，以“博物館”來日本博物館。
1905年，實業家張謇自己出錢創建了南通博物苑，這是中國第壹座現代博物館，從此開啟中國現代博物館事業新紀元。
到了民國時期，是中國博物館發展的第壹個高峰。30年代中期，全國博物館的數量近八十座。而當時“Museum”的中文名字五花八門。
但叫“博物館”和“博物院”的還是少數，它們不相上下。當時討論叫法的時候只是著重功能性，並沒有在意“館”和“院”的差別。
1930年，國民政府《古物保存法》中使用了“國內各博物院”的說法，“博物院”在壹定程度上成為通稱；1935年“中國博物館協會”創建，選擇用“博物館”來稱呼“museum”。
1949年之後，國家文物事業管理局成立，在隨後的幾次座談會中，基本確立了博物館的性質、作用和意義，這個時候采用“博物館”這個通稱。
1982年《文物保護法》頒布，就是使用的“博物館”這個稱呼，最終“博物館”成為書面認可的通稱。
其實博物館和博物院本質上並沒有區別的，功能也都是壹樣的，比如文物、標本的收藏與保管，還有科學研究、陳列展覽等功能。而且，咱們國家對博物館機構的管理區分，只存在性質、分類和分級等方面的區別，沒有區分什麽博物館和博物院的說法。
至於壹些民間的說法，比如博物院聽著比博物館規模大、等級高，院長比館長地位高，都是壹種誤解，並不是業界權威說法。
總的來說，妳可以把“博物院”看作是“博物館”的壹個別稱。有人說北京故宮博物院、南京博物院是怎麽回事呢？很簡單的，這類博物院只是沿用民國時期的稱呼罷了。而壹些“博物館”改名為“博物院”，很多都是老館新建或多館合並，為了顯示新面貌而已。