清代中後期金石學的興起，訪碑、拓碑、拓本鑒藏成為學界風氣，出現了阮元、張廷濟、翁方綱、吳榮光、吳雲、陳介祺等壹批著名人物，崇恩也是其中壹員。他曾在山東、廣東、江蘇、浙江等地任官，每到壹處，必以訪求金石為樂。由西藏返京後，“日追逐於琉璃廠廟市，物色法書名畫舊拓碑帖。偶有所得，賞奇析疑，亹亹不倦，往往上燈後始匆匆入城。人生賞心樂事，殆無有過於此者！”（31）崇恩收藏、鑒賞過的碑帖既多且精，在傳世的北宋拓《聖教序》墨皇本（天津博物館藏）、北宋拓《淳化閣帖》卷四（上海博物館藏）、《大觀帖》卷第二十四殘本（故宮博物院藏）、白玉蟾《足軒銘卷》（上海博物館藏）、元郭畀《日記》手稿本（上海圖書館藏）、趙孟頫《行書洛神賦卷》（天津博物館藏）上，都留有崇恩的題鑒、跋文，許多傳世品皆被列為國寶級文物，成為當今學術界研究、鑒賞歷代金石、碑帖必不可少的寶貴資料。
在崇恩的藏品中，使他最為得意的是《懷仁集王聖教序》宋拓本，居然有七種之多！經其鑒別，“墨皇本”為第壹，“空山堂本”第二，“寶嚴本”第三。崇恩對“墨皇本”最為珍愛，摩挲多年，題跋累累。如雲：“此本妙處全在腴潤。越精彩中越古厚，越生動中越渾淪。看去不覺其肥，而他宋本更未有肥於此拓者。此其所以足寶也。”“凡學行書當以《蘭亭》、《聖教》為宗，真書當以《廟堂》、《醴泉》為宗。《蘭亭》、《廟堂》真本久失，則《聖教》、《醴泉》尚矣。《聖教》須看其用筆之方，《醴泉》須看其用筆之圓。所謂方與圓者，以神不以跡，在氣不在力。顧非得北宋拓之精本，亦無由見之也。”崇恩赴西藏任職時，隨身攜帶此冊《墨皇本聖教序》，途徑山西、陜西、四川，接待他的官員紛紛借觀這本宋拓墨寶。他把沿途的所見所聞，也記錄在帖後的題跋裏。
崇恩對宋代蘇東坡的人格、詩文、書法都極為敬佩。他作詩，常疊東坡某詩之韻，他寫對聯，也常集東坡帖中之字。他對東坡書法經常臨習，深有研究。他在《行書論書冊》中寫道：
世謂坡公多偃筆，因以偃筆學之，真有毫厘千裏之謬。坡蓋善用逆鋒折筆，所謂回腕藏鋒是也。惟其筆筆折，是以筆筆方。惟其逆鋒，是以藏鋒。末學於此中甘苦既未親嘗，道聽途說輒敢訾議前賢，可嘆可嘆！
淳化閣帖第四卷有多種版本，現流傳至今的真正宋代舊拓祖本為崇恩題簽封面北宋拓閣帖卷四之版本。 1994年，佳士得公司組織中國古代書法拓本拍賣專場，其中就有淳化閣帖第四卷，此時，吳爾鹿建議美籍猶太收藏家安思遠競拍這本淳化閣帖。安思遠問吳爾鹿這件東西有什麽可比性，吳爾鹿告訴他，德國政府以300萬元美元購進有古登博戈插圖本《聖經》，可以與此類比。聽了吳爾鹿的建議，安思遠果然到場，將崇恩題簽封面的淳化閣帖第四卷拍進。安思遠拍得後，為進壹步考證此卷的真實性，對卷內歷代收藏家的題鑒、印跡進行了壹系列的鑒定、研究，其中崇恩題簽的封面及其印記自然成為鑒定的重中之重。