康定的跑馬山聞名中外，青山綠水，景色宜人。它就像鑲嵌在雪域高原上的壹顆璀璨明珠，讓人神往。傳說康定的跑馬山等三座山是三大密宗(觀音、文殊、金剛乘)的聖地。公元1272年(宋憲春八年)，在跑馬山腳下修建了壹座承襲舊明尼阿波利斯學派的小廟，這就是孔戈基的前身。14世紀，鄭明土司的祖先和當地信徒將小廟遷至康定城西的山腳下，規模得到擴大。15世紀初，該寺毀於火後，在鄭明土司的主持下，遷至康定城西南的山腳下(即現在的寺址)。16世紀末，蓮花生大師的秘密化身、西藏大宗師曲傑旺修上師的轉世靈童江達紮西道吉大師及其弟子應鄭明土司之邀來到空果吉，弘法益生，空果吉成為馬寧教向北傳播西藏法度、空果吉的道場，隸屬於馬寧教六大道場之壹——維藏道場紮格寺的重要分支。寺廟的名字也要看主寺，俗稱康定空果吉——西天。該寺為四合壹院落，其中主殿為拱鬥式建築，藏漢合壁，氣勢恢宏。寺內楊樹參天，環境幽靜。與附近的南無寺共同構成康定南郊的雙壁。清康熙、乾隆年間，鄭明土司發布了《孔戈吉保護通告》(現藏康定縣檔案館)。原寺內有許多佛像、寶塔、器皿等珍貴文物，可惜在歷次運動中被毀。
18世紀初，在鄭明土司的長子加賽·白瑪特的支持下，孔戈吉得到了擴張。至今，該寺已有700多年的歷史，是甘孜州最早的馬寧學派學習和訓練的寺廟之壹。總面積1.55萬平方米，嘉賽白瑪特克大師所傳第五世活佛，目前為康定貢果吉布楚活佛，現有僧人60余人。歷史上，孔戈吉的主要恩人是鄭明土司(康區四大土司之壹)，孔戈吉也是鄭明土司的家廟，所以孔戈吉曾經有過上百年的輝煌。鼎盛時期占地5萬多平方米，僧人200多人。直到文化大革命前夕，每年每個月都有例行的佛教活動。
十年浩劫，孔戈吉遭受了前所未有的破壞，只剩下寺廟的廢墟，各種佛教活動被迫停止。實行宗教政策後，依靠政府落實宗教政策的資金，全寺僧人的努力，以及高僧和廣大信眾的關心和資助，孔戈吉逐漸得到恢復。7月1984，13，寺廟對外重新開放。中國佛教協會會長趙樸初先生和圖登尼瑪活佛為寺院題寫了漢藏寺的名稱。先後修建了釋迦牟尼的佛殿、蓮花生殿(正在重建)、玉佛殿、法堂、廖和尚和居士院，寺廟的佛教活動逐步恢復，並聘請色達縣多德·堪布為講解員，培訓年輕僧人。46660.66666666661僧人來自雲南，巴塘，本寺。