《黃帝內經》簡稱《內經》，原書18卷。其中9卷名《素問》；另外9卷無書名，漢晉時被稱為《九卷》或《針經》，唐以後被稱為《靈樞》，非壹人壹時之作，主要部分形成於戰國至東漢時期。每部分各為81篇，***162篇.《素問》主要論述了自然界變化的規律、人與自然的關系等；《靈樞》的核心內容為臟腑經絡學說。
素問》，在漢魏、六朝、隋唐各代皆有不同傳本。為張仲景、王叔和、孫思邈、王燾等在其著作中所引用。主要有：（1）齊梁間（公元6世紀）全元起註本，是最早的註本，但當時其中的第六卷已亡佚，實際只有八卷。這個傳本先後被唐王冰、宋林億等所引用，至南宋以後失傳。（2）唐、王冰註本，唐寶應元年（762），王冰以全元起註本為底本註《素問》，將已亡佚的第七卷，以自稱得自其師秘藏的七篇“大論”補入，到北宋嘉佑、治平（1057～1067）年間，設校正醫書局，林億等人在王冰註本的基礎上進行校勘，定名為《重廣補註黃帝內經素問》，雕版刊行，而定型。
《靈樞》，亦稱《九卷》、《針經》、《九靈》、《九墟》等。漢魏以後，由於長期抄傳出現多種不同名稱的傳本。唐·王冰所引用古本《針經》傳本佚文與古本《靈樞》傳本佚文基本相同，說明為壹***同的祖本。但與南宋史崧發現的《靈樞》傳本（即現存《靈樞》傳本）則不盡相同。史載北宋有高麗獻《針經》鏤版刊行，今無書可證。至南宋初期。《靈樞》和《針經》各種傳本均失傳。紹興二十五年（1155），史崧半其家藏《靈樞》九卷八十壹篇重新校正，擴展為二十四卷，附加音釋，鏤版刊行。至此，《靈樞》傳本基本定型，取代各種傳本，而壹再印行，流傳至今。